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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nk7 | ||||||
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タイトル | Electron Cryo-Microscopy of Chikungunya in Complex with Mouse Mxra8 Receptor | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Chikungunya / viral receptor / Mxra8 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 establishment of glial blood-brain barrier / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / ciliary membrane / bicellular tight junction / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / cell differentiation ...establishment of glial blood-brain barrier / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / ciliary membrane / bicellular tight junction / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / cell differentiation / cell adhesion / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / cell surface / proteolysis / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.99 Å | ||||||
データ登録者 | Basore, K. / Kim, A.S. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM Structure of Chikungunya Virus in Complex with the Mxra8 Receptor. 著者: Katherine Basore / Arthur S Kim / Christopher A Nelson / Rong Zhang / Brittany K Smith / Carla Uranga / Lo Vang / Ming Cheng / Michael L Gross / Jonathan Smith / Michael S Diamond / Daved H Fremont / 要旨: Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal ...Mxra8 is a receptor for multiple arthritogenic alphaviruses that cause debilitating acute and chronic musculoskeletal disease in humans. Herein, we present a 2.2 Å resolution X-ray crystal structure of Mxra8 and 4 to 5 Å resolution cryo-electron microscopy reconstructions of Mxra8 bound to chikungunya (CHIKV) virus-like particles and infectious virus. The Mxra8 ectodomain contains two strand-swapped Ig-like domains oriented in a unique disulfide-linked head-to-head arrangement. Mxra8 binds by wedging into a cleft created by two adjacent CHIKV E2-E1 heterodimers in one trimeric spike and engaging a neighboring spike. Two binding modes are observed with the fully mature VLP, with one Mxra8 binding with unique contacts. Only the high-affinity binding mode was observed in the complex with infectious CHIKV, as viral maturation and E3 occupancy appear to influence receptor binding-site usage. Our studies provide insight into how Mxra8 binds CHIKV and creates a path for developing alphavirus entry inhibitors. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nk7.cif.gz | 767.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nk7.ent.gz | 649.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nk7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nk7_validation.pdf.gz | 504.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6nk7_full_validation.pdf.gz | 601.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6nk7_validation.xml.gz | 109.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nk7_validation.cif.gz | 177 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/6nk7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-タンパク質 , 5種, 17分子 ABCDEFGHIJKLUVWXN
#1: タンパク質 | 分子量: 47497.906 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 810-1248 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) 株: 181/25 / 遺伝子: CHIKVgp2 / 細胞株 (発現宿主): Vero / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q88628, togavirin #2: タンパク質 | 分子量: 47077.719 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 330-748 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) 株: 181/25 / 遺伝子: CHIKVgp2 / 細胞株 (発現宿主): Vero / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q88628, togavirin #3: タンパク質 | 分子量: 16428.607 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 111-261 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) 株: 181/25 / 遺伝子: CHIKVgp2 / 細胞株 (発現宿主): Vero / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q88628, togavirin #4: タンパク質 | 分子量: 6955.070 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 266-325 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) 株: 181/25 / 細胞株 (発現宿主): Vero / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: D2KBQ2, togavirin #5: タンパク質 | | 分子量: 30022.596 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain (UNP residues 39-291) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mxra8, Asp3, Dicam / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9DBV4 |
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-糖 , 1種, 5分子
#6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: Mxra8 at pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Chikungunya virus grown in Vero cells + 15 mg/mL Mxra8 expressed in HEK293 cells | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 0.458 mbar.l/s O2 and 0.11 mbar.l/s H2 / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8357 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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