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万見
- PDB-6nf9: Structure of M. spretus Endogenous Virus Element (EVE) Virus-like... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nf9
タイトルStructure of M. spretus Endogenous Virus Element (EVE) Virus-like particle (VLP)
要素Mus Spretus Endogenous Viral Element
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / Mus spretus / VLP / EVE
機能・相同性Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Beta Complex / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus spretus (アルジェリアハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Callaway, H.M. / Subramanian, S.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI092571 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)GM080533 米国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12014/10 英国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2019
タイトル: Examination and Reconstruction of Three Ancient Endogenous Parvovirus Capsid Protein Gene Remnants Found in Rodent Genomes.
著者: Heather M Callaway / Suriyasri Subramanian / Christian A Urbina / Karen N Barnard / Robert A Dick / Carol M Bator / Susan L Hafenstein / Robert J Gifford / Colin R Parrish /
要旨: Parvovirus-derived endogenous viral elements (EVEs) have been found in the genomes of many different animal species, resulting from integration events that may have occurred from more than 50 million ...Parvovirus-derived endogenous viral elements (EVEs) have been found in the genomes of many different animal species, resulting from integration events that may have occurred from more than 50 million years ago to much more recently. Here, we further investigate the properties of autonomous parvovirus EVEs and describe their relationships to contemporary viruses. While we did not find any intact capsid protein open reading frames in the integrated viral sequences, we examined three EVEs that were repaired to form full-length sequences with relatively few changes. These sequences were found in the genomes of (brown rat), (Algerian mouse), and (wood mouse). The sequence was not present in the genomes of the closely related species , , , and , indicating that it was less than 2 million years old, and the and sequences were not found in the published genomes of other mouse species, also indicating relatively recent insertions. The VP2 sequence assembled into capsids, which had high thermal stability, bound the sialic acid -acetylneuraminic acid, and entered murine L cells. The 3.89-Å structure of the virus-like particles (VLPs), determined using cryo-electron microscopy, showed similarities to rodent and porcine parvovirus capsids. The repaired VP2 sequences from and did not assemble as first prepared, but chimeras combining capsid surface loops from with canine parvovirus assembled, allowing some of that capsid's structures and functions to be examined. Parvovirus endogenous viral elements (EVEs) that have been incorporated into the genomes of different animals represent remnants of the DNA sequences of ancient viruses that infected the ancestors of those animals millions of years ago, but we know little about their properties or how they differ from currently circulating parvoviruses. By expressing the capsid proteins of different parvovirus EVEs that were found integrated into the genomes of three different rodents, we can examine their structures and functions. A VP2 (major capsid protein) EVE sequence from a mouse genome assembled into capsids that had a similar structure and biophysical properties to extant parvoviruses and also bound sialic acids and entered rodent cells. Chimeras formed from combinations of canine parvovirus and portions of the parvovirus sequences from the brown rat genome allowed us to examine the structures and functions of the surface loops of that EVE capsid.
履歴
登録2018年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9363
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9363
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mus Spretus Endogenous Viral Element


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7611
ポリマ－63,7611
非ポリマー00
水0
1
A: Mus Spretus Endogenous Viral Element
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,825,63560
ポリマ－3,825,63560
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Mus Spretus Endogenous Viral Element
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 319 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,8035
ポリマ－318,8035
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Mus Spretus Endogenous Viral Element
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 383 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,5646
ポリマ－382,5646
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Mus Spretus Endogenous Viral Element


分子量: 63760.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus spretus (アルジェリアハツカネズミ)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Parvoviridaeパルボウイルス / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Parvoviridae (パルボウイルス) / 株: Mus spretus endogenous viral element
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Mus spretus
ウイルス殻直径: 250 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate buffered saline pH 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1137 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
21.7 mMpotassium chlorideKCl1
310 mMsodium phosphate dibasicNa2HPO41
41.8 mMpotassium phosphate monobasicKH2PO41
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 2082
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2.1粒子像選択Autopicking
4GctfCTF補正
10RELION2.1初期オイラー角割当
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 47
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6342 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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