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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n55 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human uridine-cytidine kinase 2 complexed with 2'-azidouridine | ||||||
要素 | Uridine-cytidine kinase 2 | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / Uridine-cytidine kinase 2 / UCK2 / Kinase / Complex / Azide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uridine/cytidine kinase / CTP salvage / uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.085 Å | ||||||
データ登録者 | Cuthbert, B.J. / Nainar, S. / Spitale, R.C. / Goulding, C.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2020 タイトル: An optimized chemical-genetic method for cell-specific metabolic labeling of RNA. 著者: Nainar, S. / Cuthbert, B.J. / Lim, N.M. / England, W.E. / Ke, K. / Sophal, K. / Quechol, R. / Mobley, D.L. / Goulding, C.W. / Spitale, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6n55.cif.gz | 342.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n55.ent.gz | 274.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n55.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6n55_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6n55_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6n55_validation.xml.gz | 61.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6n55_validation.cif.gz | 81.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/6n55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/6n55 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28520.283 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCK2, UMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZX2, uridine/cytidine kinase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50 mM BIS-TRIS pH 6.5, 25 mM ammonium sulfate, 32% pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 198 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 43747 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 1.878 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 2171 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 0.723 / Rsym value: 0.607 / Χ2: 0.724 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UJ2 解像度: 3.085→38.5 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.085→38.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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