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- PDB-5tdx: Resurrected Ancestral Hydroxynitrile Lyase from Flowering Plants -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tdx
タイトルResurrected Ancestral Hydroxynitrile Lyase from Flowering Plants
要素Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1
キーワードLYASE / HNL Ancestral Hydroxynitrile lyase
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Jones, B.J. / Evans, R. / Wilmot, C.M. / Kazlauskas, R.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM102205 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Larger active site in an ancestral hydroxynitrile lyase increases catalytically promiscuous esterase activity.
著者: Jones, B.J. / Evans 3rd, R.L. / Mylrea, N.J. / Chaudhury, D. / Luo, C. / Guan, B. / Pierce, C.T. / Gordon, W.R. / Wilmot, C.M. / Kazlauskas, R.J.
履歴
登録2016年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1
B: Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1
C: Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1
D: Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,02910
ポリマ－124,4774
非ポリマー5536
水3,459192
1
A: Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1
B: Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5155
ポリマ－62,2382
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
2
C: Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1
D: Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5155
ポリマ－62,2382
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.265, 108.265, 201.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Ancestral Hydroxynitrile Lyase 1


分子量: 31119.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: (S)-hydroxynitrile lyase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 % / 解説: Octohedral, 220 um point to point
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1:1 mix of protein (in 5mM BES buffer) with mother liquor (1.1 Molar Ammonium Citrate, 50 mM bis-tris propane, pH 6.8) Crystals formed after 2-3 weeks at 20 degrees C. Crystals were cryo- ...詳細: 1:1 mix of protein (in 5mM BES buffer) with mother liquor (1.1 Molar Ammonium Citrate, 50 mM bis-tris propane, pH 6.8) Crystals formed after 2-3 weeks at 20 degrees C. Crystals were cryo-protected in 5% glycerol in mother liquor for 10 seconds then flash frozen in LN2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→29.32 Å / Num. obs: 86348 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / CC1/2: 0.772 / % possible all: 88.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.42 Å29.32 Å
Translation2.42 Å29.32 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YB6

1yb6


解像度: 1.96→29.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.339 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 4319 5 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.1792 81902 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.94 Å2 / Biso mean: 38.133 Å2 / Biso min: 15.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→29.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8396 0 36 192 8624
Biso mean--54.09 33.12 -
残基数----1044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0198775
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3461.96111924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.207319050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.53951072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.48325.181415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.665151512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1611526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1650.21301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0219887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9912.4984234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9912.4984233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7893.7295306
LS精密化 シェル解像度: 1.956→2.007 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 277 -
Rwork0.253 5496 -
all-5773 -
obs--91.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9679-0.5459-0.24651.07540.26491.1769-0.1002-0.0970.03960.13050.05130.04210.05850.12380.04890.07360.0513-0.00220.0471-0.00360.0097121.634583.57220.7366
20.6682-0.01170.09890.3592-0.05030.9359-0.08950.0170.07770.00390.03450.051-0.0417-0.04820.0550.04040.015-0.0210.04080.01860.0372111.101786.5046-12.67
30.73560.01390.02890.7736-0.12730.80630.03670.1149-0.0639-0.0115-0.01950.01430.18220.1859-0.01720.10120.0949-0.00410.0987-0.01140.0061139.044857.3076-7.8936
41.1433-0.760.43091.727-0.41171.5623-0.15430.11970.36180.2611-0.0641-0.4947-0.32480.5030.21840.0923-0.1022-0.10290.22890.07350.1925153.362789.5048-4.9648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 261
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 260
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 266
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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