[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6coi: AtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L1... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6coi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | AtHNL enantioselectivity mutant At-A9-H7 Apo, Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,A209I with CYANIDE, benzaldehyde, MANDELIC ACID NITRILE | ||||||
![]() | Alpha-hydroxynitrile lyase | ||||||
![]() | LYASE / alpha beta hydrolase globular hydroxynitrile lyase | ||||||
Function / homology | ![]() mandelonitrile lyase activity / (R)-mandelonitrile lyase / jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process / methyl indole-3-acetate esterase activity / glycoside catabolic process / response to wounding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jones, B.J. / Kazlauskas, R.J. / Desrouleaux, R. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: AtHNL enantioselectivity mutants Authors: Jones, B.J. / Desrouleaux, R. / Kazlauskas, R.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 224 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 178.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 494.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 500.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6cobC ![]() 6cocC ![]() 6codC ![]() 6coeC ![]() 6cofC ![]() 6cogC ![]() 6cohC ![]() 3dqzS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 29476.996 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: AtHNL / Mutation: Y13C,Y121L,P126F,L128W,C131T,A209I Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 165 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CYN.gif)
![](data/chem/img/HBX.gif)
![](data/chem/img/MXN.gif)
![](data/chem/img/MNN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CYN.gif)
![](data/chem/img/HBX.gif)
![](data/chem/img/MXN.gif)
![](data/chem/img/MNN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GOL / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-CYN / | ||||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MXN / ( | #6: Chemical | ChemComp-MNN / ( | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.66 % / Mosaicity: 1.57 ° / Mosaicity esd: 0.016 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 / Details: 0.1 M bis-tris, 18% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Sep 8, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rigaku VariMax Confocal Max-Flux / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.024→50 Å / Num. obs: 35084 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdbid 3DQZ Resolution: 2.024→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 11.205 / SU ML: 0.149 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.195 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.65 Å2 / Biso mean: 34.112 Å2 / Biso min: 14.65 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.024→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.024→2.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|