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- PDB-6n50: Metabotropic Glutamate Receptor 5 Extracellular Domain in Complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n50
タイトルMetabotropic Glutamate Receptor 5 Extracellular Domain in Complex with Nb43 and L-quisqualic acid
要素
  • Metabotropic glutamate receptor 5
  • Nanobody 43ナノボディ
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cell Surface Receptor (細胞表面受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / regulation of translational elongation / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / : / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway ...A2A adenosine receptor binding / regulation of translational elongation / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / : / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / protein tyrosine kinase activator activity / : / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / protein tyrosine kinase binding / dendritic shaft / locomotory behavior / 学習 / G protein-coupled receptor activity / postsynaptic density membrane / synapse organization / regulation of protein phosphorylation / Schaffer collateral - CA1 synapse / 認識 / cellular response to amyloid-beta / regulation of translation / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / 樹状突起スパイン / positive regulation of MAPK cascade / learning or memory / glutamatergic synapse / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QUS / Metabotropic glutamate receptor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.751 Å
データ登録者Koehl, A. / Hu, H. / Feng, D. / Sun, B. / Chu, M. / Weis, W.I. / Skiniotis, G. / Mathiesen, J.M. / Kobilka, B.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS092695 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS028471 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the activation of metabotropic glutamate receptors.
著者: Antoine Koehl / Hongli Hu / Dan Feng / Bingfa Sun / Yan Zhang / Michael J Robertson / Matthew Chu / Tong Sun Kobilka / Toon Laeremans / Jan Steyaert / Jeffrey Tarrasch / Somnath Dutta / ...著者: Antoine Koehl / Hongli Hu / Dan Feng / Bingfa Sun / Yan Zhang / Michael J Robertson / Matthew Chu / Tong Sun Kobilka / Toon Laeremans / Jan Steyaert / Jeffrey Tarrasch / Somnath Dutta / Rasmus Fonseca / William I Weis / Jesper M Mathiesen / Georgios Skiniotis / Brian K Kobilka /
要旨: Metabotropic glutamate receptors are family C G-protein-coupled receptors. They form obligate dimers and possess extracellular ligand-binding Venus flytrap domains, which are linked by cysteine-rich ...Metabotropic glutamate receptors are family C G-protein-coupled receptors. They form obligate dimers and possess extracellular ligand-binding Venus flytrap domains, which are linked by cysteine-rich domains to their 7-transmembrane domains. Spectroscopic studies show that signalling is a dynamic process, in which large-scale conformational changes underlie the transmission of signals from the extracellular Venus flytraps to the G protein-coupling domains-the 7-transmembrane domains-in the membrane. Here, using a combination of X-ray crystallography, cryo-electron microscopy and signalling studies, we present a structural framework for the activation mechanism of metabotropic glutamate receptor subtype 5. Our results show that agonist binding at the Venus flytraps leads to a compaction of the intersubunit dimer interface, thereby bringing the cysteine-rich domains into close proximity. Interactions between the cysteine-rich domains and the second extracellular loops of the receptor enable the rigid-body repositioning of the 7-transmembrane domains, which come into contact with each other to initiate signalling.
履歴
登録2018年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 5
B: Metabotropic glutamate receptor 5
C: Metabotropic glutamate receptor 5
E: Nanobody 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,21512
ポリマ－215,5424
非ポリマー1,6738
水0
1
A: Metabotropic glutamate receptor 5
E: Nanobody 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3825
ポリマ－80,7502
非ポリマー6323
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area27410 Å2
手法PISA
2
B: Metabotropic glutamate receptor 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8063
ポリマ－67,3961
非ポリマー4102
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
3
C: Metabotropic glutamate receptor 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0274
ポリマ－67,3961
非ポリマー6323
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area23010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.433, 157.159, 208.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 25 through 67 or (resid 68...
21(chain C and (resid 25 through 116 or resid 141...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGGLNGLN(chain A and (resid 25 through 67 or (resid 68...AA25 - 6742 - 84
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 25 through 67 or (resid 68...AA6885
13ARGARGPROPRO(chain A and (resid 25 through 67 or (resid 68...AA25 - 56942 - 586
14ARGARGPROPRO(chain A and (resid 25 through 67 or (resid 68...AA25 - 56942 - 586
15ARGARGPROPRO(chain A and (resid 25 through 67 or (resid 68...AA25 - 56942 - 586
16ARGARGPROPRO(chain A and (resid 25 through 67 or (resid 68...AA25 - 56942 - 586
21ARGARGSERSER(chain C and (resid 25 through 116 or resid 141...CC25 - 11642 - 133
22LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 25 through 116 or resid 141...CC141 - 185158 - 202
23LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 25 through 116 or resid 141...CC186203
24ARGARGPROPRO(chain C and (resid 25 through 116 or resid 141...CC25 - 56942 - 586
25ARGARGPROPRO(chain C and (resid 25 through 116 or resid 141...CC25 - 56942 - 586
26ARGARGPROPRO(chain C and (resid 25 through 116 or resid 141...CC25 - 56942 - 586
27ARGARGPROPRO(chain C and (resid 25 through 116 or resid 141...CC25 - 56942 - 586

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 5 / / mGluR5


分子量: 67395.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM5, GPRC1E, MGLUR5 / プラスミド: pACGP67 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41594
#2: 抗体 Nanobody 43 / ナノボディ


分子量: 13354.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: PE SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-QUS / (S)-2-AMINO-3-(3,5-DIOXO-[1,2,4]OXADIAZOLIDIN-2-YL)-PROPIONIC ACID / QUISQUALATE / キスカル酸 / キスカル酸


分子量: 189.126 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7N3O5 / コメント: アゴニスト*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM NaCl 50 mM ADA pH 7.0 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→39.29 Å / Num. obs: 25207 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.916 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.75-4.013.40.84844870.7860.541.0198.1
10.61-39.293.10.02611730.9970.0180.03296.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3211精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LMK

3lmk


解像度: 3.751→39.29 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3001 1996 7.94 %
Rwork0.2657 --
obs0.2683 25151 98.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 249.2 Å2 / Biso mean: 151.3731 Å2 / Biso min: 85.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.751→39.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12039 0 109 0 12148
Biso mean--175.75 --
残基数----1596
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4514X-RAY DIFFRACTION7.228TORSIONAL
12C4514X-RAY DIFFRACTION7.228TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.7515-3.84520.42831450.36591577172296
3.8452-3.94910.3851370.33441654179199
3.9491-4.06520.34481490.31541634178399
4.0652-4.19620.32631260.29871660178699
4.1962-4.3460.32571350.27441649178499
4.346-4.51980.27211450.25241648179399
4.5198-4.72520.31371390.24471648178798
4.7252-4.97380.27281450.2531600174597
4.9738-5.28480.31381340.24951653178799
5.2848-5.69170.26891520.270316821834100
5.6917-6.26240.2941580.26811663182199
6.2624-7.16380.30451460.27871659180598
7.1638-9.00770.26291290.23481685181498
9.0077-39.29190.29021560.2521743189997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.552-0.0291-0.66180.68850.00110.6072-0.14420.13540.2313-0.13570.1621-0.1330.0437-0.1246-0.0179-0.1313-0.06850.1174-0.0221-0.0747-0.127911.189621.3282-15.0843
22.26260.11960.8082.6513-0.07580.3399-0.0583-0.03780.33730.2540.0064-0.2089-0.1477-0.36890.05190.26250.1520.0016-0.3040.1512-0.1217-1.496918.834154.3304
31.5334-0.2723-0.07071.54610.38070.3443-0.1149-0.024-0.5380.12160.1089-0.23850.47060.18690.006-0.03-0.07230.152-0.2673-0.09960.290319.3552-14.0667-20.3686
44.10651.9829-0.89384.2285-2.04181.1487-0.0218-0.0593-0.01140.0332-0.0043-0.01220.1226-0.03610.0262-0.21370.06820.11480.07320.14860.1218-29.163412.71549.7051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A25 - 569
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B23 - 496
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C25 - 569
4X-RAY DIFFRACTION4{ E|* }E3 - 125

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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