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万見
- EMDB-0347: Apo form metabotropic glutamate receptor 5 with Nanobody 43 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0347
タイトルApo form metabotropic glutamate receptor 5 with Nanobody 43
マップデータApo form metabotropic glutamate receptor 5 with Nanobody 43, primary map
試料
  • 複合体: Metabotropic Glutamate Receptor 5 - Nb43 Complex
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic Glutamate Receptor 5
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 43
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) ...A2A adenosine receptor binding / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / protein tyrosine kinase activator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of calcium-mediated signaling / dendritic shaft / protein tyrosine kinase binding / learning / locomotory behavior / synapse organization / postsynaptic density membrane / G protein-coupled receptor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / dendritic spine / learning or memory / positive regulation of MAPK cascade / neuronal cell body / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å
データ登録者Koehl A / Hu H / Feng D / Zhang Y / Sun B / Kobilka TS / Pardon E / Steyaert J / Mathiesen JM / Skiniotis G / Kobilka BK
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the activation of metabotropic glutamate receptors.
著者: Antoine Koehl / Hongli Hu / Dan Feng / Bingfa Sun / Yan Zhang / Michael J Robertson / Matthew Chu / Tong Sun Kobilka / Toon Laeremans / Jan Steyaert / Jeffrey Tarrasch / Somnath Dutta / ...著者: Antoine Koehl / Hongli Hu / Dan Feng / Bingfa Sun / Yan Zhang / Michael J Robertson / Matthew Chu / Tong Sun Kobilka / Toon Laeremans / Jan Steyaert / Jeffrey Tarrasch / Somnath Dutta / Rasmus Fonseca / William I Weis / Jesper M Mathiesen / Georgios Skiniotis / Brian K Kobilka /
要旨: Metabotropic glutamate receptors are family C G-protein-coupled receptors. They form obligate dimers and possess extracellular ligand-binding Venus flytrap domains, which are linked by cysteine-rich ...Metabotropic glutamate receptors are family C G-protein-coupled receptors. They form obligate dimers and possess extracellular ligand-binding Venus flytrap domains, which are linked by cysteine-rich domains to their 7-transmembrane domains. Spectroscopic studies show that signalling is a dynamic process, in which large-scale conformational changes underlie the transmission of signals from the extracellular Venus flytraps to the G protein-coupling domains-the 7-transmembrane domains-in the membrane. Here, using a combination of X-ray crystallography, cryo-electron microscopy and signalling studies, we present a structural framework for the activation mechanism of metabotropic glutamate receptor subtype 5. Our results show that agonist binding at the Venus flytraps leads to a compaction of the intersubunit dimer interface, thereby bringing the cysteine-rich domains into close proximity. Interactions between the cysteine-rich domains and the second extracellular loops of the receptor enable the rigid-body repositioning of the 7-transmembrane domains, which come into contact with each other to initiate signalling.
履歴
登録2018年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年2月6日-
更新2019年2月20日-
現状2019年2月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.054
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.054
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Apo form metabotropic glutamate receptor 5 with Nanobody 43, primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.58 Å/pix.
x 120 pix.
= 309.6 Å		2.58 Å/pix.
x 120 pix.
= 309.6 Å		2.58 Å/pix.
x 120 pix.
= 309.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.58 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.054 / ムービー #1: 0.054
最小 - 最大-0.018538713 - 0.11647756
平均 (標準偏差)0.0010566172 (±0.0109877335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 309.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.582.582.58
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z309.600309.600309.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.0190.1160.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Metabotropic Glutamate Receptor 5 - Nb43 Complex

全体名称: Metabotropic Glutamate Receptor 5 - Nb43 Complex
要素
  • 複合体: Metabotropic Glutamate Receptor 5 - Nb43 Complex
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic Glutamate Receptor 5
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 43

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超分子 #1: Metabotropic Glutamate Receptor 5 - Nb43 Complex

超分子名称: Metabotropic Glutamate Receptor 5 - Nb43 Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Complex between metabotropic glutamate receptor 5 and Nb43
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換株: SF9
分子量理論値: 220 KDa

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分子 #1: Metabotropic Glutamate Receptor 5

分子名称: Metabotropic Glutamate Receptor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Polypeptide encoding metabotropic glutamate receptor 5
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: QSSERRVVAH MPGDIIIGAL FSVHHQPTVD KVHERKCGAV REQYGIQRV EAMLHTLERI NSDPTLLPNI TLGCEIRDSC WHSAVALEQS IEFIRDSLIS S EEEEGLVR CVDGSSSSFR SKKPIVGVIG PGSSSVAIQV QNLLQLFNIP QIAYSATSMD LS DKTLFKY ...文字列:
QSSERRVVAH MPGDIIIGAL FSVHHQPTVD KVHERKCGAV REQYGIQRV EAMLHTLERI NSDPTLLPNI TLGCEIRDSC WHSAVALEQS IEFIRDSLIS S EEEEGLVR CVDGSSSSFR SKKPIVGVIG PGSSSVAIQV QNLLQLFNIP QIAYSATSMD LS DKTLFKY FMRVVPSDAQ QARAMVDIVK RYNWTYVSAV HTEGNYGESG MEAFKDMSAK EGI CIAHSY KIYSNAGEQS FDKLLKKLTS HLPKARVVAC FCEGMTVRGL LMAMRRLGLA GEFL LLGSD GWADRYDVTD GYQREAVGGI TIKLQSPDVK WFDDYYLKLR PETNHRNPWF QEFWQ HRFQ CRLEGFPQEN SKYNKTCNSS LTLKTHHVQD SKMGFVINAI YSMAYGLHNM QMSLCP GYA GLCDAMKPID GRKLLESLMK TNFTGVSGDT ILFDENGDSP GRYEIMNFKE MGKDYFD YI NVGSWDNGEL KMDDDEVWSK KSNIIRSVCS EPCEKGQIKV IRKGEVSCCW TCTPCKEN E YVFDEYTCKA CQLGSWPTDD LTGCDLIPVQ YLRWGDPEPI AAVVFACLGL LATLFVTVV FIIYRDTPVV KSSSRELCYI ILAGICLGYL CTFCLIAKPK QIYCYLQRIG IGLSPAMSYS ALVTKTNRI ARILAGSKKK ICTKKPRFMS ACAQLVIAFI LICIQLGIIV ALFIMEPPDI M HDYPSIRE VYLICNTTNL GVVTPLGYNG LLILSCTFYA FKTRNVPANF NEAKYIAFTM YT TCIIWLA FVPIYFGSNY KIITMCFSVS LSATVALGCM FVPKVYIILA KPERNVRSAF TTS TVVRMH VGDGKSSSAA SRSSSLVNL

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分子 #2: Nanobody 43

分子名称: Nanobody 43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Nanobody 43 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQAGGSLRL SCAASGRTFT SYAMGWFRQA PGKERESVAA ISSSGGSTHY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVY LQMNSLKPED TAVYYCAAAM YGSRWPDWEY DYWGQGTQVT VSSAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPESHEPES
0.02 percentGDNGlyco Disogenin
0.002 percentCHSCholesteryl Hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Sample was mono disperse as assayed by gel filtration and SDS PAGE.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 58139 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: The apo structure was used as starting model.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 44831
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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