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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mnc | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH ESTRONE | ||||||
要素 | Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 17BETA-HSD1 / ESTRONE (エストロン) / FUNCTIONAL ANALYSES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process ...estradiol binding / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / adipose tissue development / catalytic activity / skeletal muscle tissue development / steroid binding / 骨 / NADP binding / 遺伝子発現 / protein homodimerization activity / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
Model details | 17beta-HSD1-E1 complex | ||||||
データ登録者 | Li, T. / Stephen, P. / Zhu, D.W. / Lin, S.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2019 タイトル: Crystal structures of human 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 complexed with estrone and NADP+reveal the mechanism of substrate inhibition. 著者: Li, T. / Stephen, P. / Zhu, D.W. / Shi, R. / Lin, S.X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mnc.cif.gz | 120.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6mnc.ent.gz | 90.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mnc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/6mnc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34989.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: HSD17B1, E17KSR, EDH17B1, EDH17B2, EDHB17, SDR28C1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-PEG / | #3: 化合物 | ChemComp-J3Z / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 % / Mosaicity: 1.18 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MgCl2, PEG3350, Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.01 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.01 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→49.793 Å / Num. obs: 21966 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.056 / Net I/av σ(I): 7.6 / Net I/σ(I): 12.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.608
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JTV 解像度: 2.4→49.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 11.141 / SU ML: 0.254 / SU R Cruickshank DPI: 0.5428 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.543 / ESU R Free: 0.321 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.32 Å2 / Biso mean: 57.524 Å2 / Biso min: 20.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→49.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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