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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kfy | ||||||
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タイトル | SufS from Bacillus subtilis in a resting state at 1.96 angstrom resolution | ||||||
要素 | Cysteine desulfurase SufS | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Iron (鉄) / sulfur (硫黄) / cysteine desulfurase / resting state | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamura, R. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2022 タイトル: Cycloserine enantiomers inhibit PLP-dependent cysteine desulfurase SufS via distinct mechanisms. 著者: Nakamura, R. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kfy.cif.gz | 186 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kfy.ent.gz | 143.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kfy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/6kfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/6kfy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7ceoC 7cepC 7ceqC 7cerC 7cesC 7cetC 7ceuC 7e6aC 7e6bC 7e6cC 7e6dC 7e6eC 7e6fC 5zs9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46814.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PGE / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Tris-HCl, 50mM lithium sulfate, 50 % (v/v) PEG 200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月10日 / 詳細: Si(111) double crystal monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.97→43.067 Å / Num. obs: 46158 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.062 % / Biso Wilson estimate: 43.543 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 1.163 / Net I/σ(I): 9.23 / Num. measured all: 445987 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ZS9 解像度: 1.97→43.067 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.14
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.05 Å2 / Biso mean: 45.998 Å2 / Biso min: 23.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.97→43.067 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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