PDB-7e6a: Crystal structure of cysteine desulfurase SufS C361A from Bacillu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e6a

タイトル

Crystal structure of cysteine desulfurase SufS C361A from Bacillus subtilis

要素

Cysteine desulfurase SufS

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / cysteine desulfurase / PLP-dependent enzyme / cysteine metabolism / cycloserine / inhibitor / Fe-S cluster biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Nakamura, R. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Cycloserine enantiomers inhibit PLP-dependent cysteine desulfurase SufS via distinct mechanisms.
著者: Nakamura, R. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T.

履歴

登録	2021年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年10月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e6a.cif.gz	187.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e6a.ent.gz	145.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/7e6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/7e6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kfyC 7ceoC 7cepC 7ceqC 7cerC 7cesC 7cetC 7ceuC 7e6bC 7e6cC 7e6dC 7e6eC 7e6fC 5zs9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ceq-1 7e6c-1 7ces-1 7cer-1 5j8q-1 7ceo-1 2hp0-d 221 5zsq-d 5zss-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine desulfurase SufS

ヘテロ分子

48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine desulfurase SufS

ヘテロ分子

A: Cysteine desulfurase SufS

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
95.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.600, 92.600, 129.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Cysteine desulfurase SufS 分子量: 46782.637 Da / 分子数: 1 / 変異: C361A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: sufS, csd, yurW, BSU32690 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O32164, cysteine desulfurase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 50 mM Lithium sulfate, 50%(v/v) PEG200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日

放射

モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.96→46.34 Å / Num. obs: 46459 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 18.653 % / B_iso Wilson estimate: 43.776 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.043 / R_rim(I) all: 0.044 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 39.84 / Num. measured all: 866617

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.96-2.06	12.158	0.371	6.46	76596	6369	6300	0.961	0.387	98.9
2.06-2.2	19.115	0.209	14.34	134932	7059	7059	0.993	0.215	100
2.2-2.5	20.874	0.118	25.96	216857	10389	10389	0.998	0.121	100
2.5-3	19.984	0.063	45.45	188268	9421	9421	0.999	0.065	100
3-4	18.995	0.039	70.74	143770	7569	7569	1	0.041	100
4-6	19.278	0.032	84.24	76072	3946	3946	1	0.033	100
6-10	17.214	0.029	81.02	23566	1369	1369	1	0.03	100
10-46.34	16.148	0.029	79.94	6556	412	406	1	0.029	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZS9

5zs9

解像度: 1.96→46.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 4.196 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1786	2323	5 %	RANDOM
R_work	0.1548	-	-	-
obs	0.156	44136	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.85 Å² / B_iso mean: 43.84 Å² / B_iso min: 23.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.96→46.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3229	0	78	206	3513
B_iso mean	-	-	69.97	48.57	-
残基数	-	-	-	-	412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.012	3410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.378	1.635	4605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.553	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.427	23.353	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.265	15	562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.055	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.192	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	2540

LS精密化シェル

解像度: 1.96→2.011 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.171	167	-
R_work	0.167	3182	-
all	-	3349	-
obs	-	-	98.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0935	0.1446	-0.0614	0.97	0.2206	0.5797	0.1111	-0.0408	-0.0146	0.0134	-0.0691	-0.0289	-0.0682	0.1927	-0.042	0.2035	-0.0618	0.012	0.1725	-0.0249	0.1749	-26.9744	11.6425	-15.2891
2	0.1461	0.1177	0.0851	0.5227	0.2989	0.2397	0.1514	0.0037	-0.0024	0.1439	-0.1784	0.1168	0.0977	-0.0269	0.027	0.2268	-0.0244	0.0266	0.1676	-0.0427	0.1736	-45.5676	-5.7023	-11.4313
3	0.1872	0.0411	0.1714	0.7331	0.1152	0.4034	0.0949	-0.0369	0.0326	0.1524	-0.1475	0.1626	-0.0524	-0.0426	0.0526	0.2095	-0.0385	0.1104	0.1367	-0.0837	0.2018	-56.044	11.3615	-5.9431
4	0.5671	-0.0027	0.7307	0.1855	0.2745	2.0923	0.1032	0.0409	-0.0471	0.1554	-0.0741	0.1313	0.2443	-0.0456	-0.0292	0.227	-0.0859	0.0537	0.1069	-0.0593	0.2525	-56.3842	-14.1889	-16.8524
5	0.7101	0.6513	1.1531	0.6101	1.0466	2.1323	0.1234	-0.0507	-0.069	0.1204	-0.0804	-0.0338	-0.0108	0.0002	-0.0429	0.2366	-0.0436	-0.0098	0.1582	-0.0162	0.1723	-36.9457	-1.5658	-11.8379
6	0.1437	0.1784	0.04	8.1061	-0.2799	0.5672	0.1294	-0.0522	0.0262	0.2617	-0.0494	0.0449	-0.0145	0.0897	-0.08	0.2593	-0.0702	0.0127	0.1406	-0.0575	0.1011	-32.7894	15.2581	0.3446
7	0.2455	0.3118	0.4575	1.9971	0.2094	0.9817	-0.0654	-0.0211	0.0772	-0.1817	-0.0304	0.1513	-0.1892	0.0405	0.0958	0.2844	-0.134	0.0139	0.1477	-0.0953	0.1676	-36.0941	34.7261	-6.1633
8	1.002	0.6344	-0.52	1.1539	-0.027	0.6907	-0.032	-0.0802	0.07	-0.105	-0.0925	0.1507	-0.2253	0.0982	0.1245	0.3012	-0.0571	0.0011	0.0669	-0.0313	0.1716	-39.6378	29.9243	-15.7188
9	0.8619	-0.0961	-0.1513	0.3625	0.3839	0.4532	0.0093	-0.0181	-0.0243	-0.0646	-0.0501	0.0833	-0.1721	-0.0059	0.0408	0.2969	-0.057	0.0401	0.0772	-0.0794	0.1835	-44.5351	24.548	-13.9303
10	2.1148	-0.8294	2.3154	3.0781	-1.5344	2.6775	-0.3021	0.1105	0.2716	-0.2008	-0.002	-0.1459	-0.258	0.1119	0.3041	0.4014	-0.1571	0.0413	0.0669	-0.0377	0.1981	-32.6779	40.4873	-20.6463

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	46 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	110 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	248 - 272
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	273 - 292
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	293 - 306
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	307 - 321
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	322 - 356
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	357 - 385
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	386 - 412

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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