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- PDB-7e6e: Crystal structure of PMP-bound form of cysteine desulfurase SufS ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7e6e | ||||||
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Title | Crystal structure of PMP-bound form of cysteine desulfurase SufS R376A from Bacillus subtilis in D-cycloserine-inhibition | ||||||
![]() | Cysteine desulfurase SufS | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / cysteine desulfurase / PLP-dependent enzyme / cysteine metabolism / cycloserine / inhibitor / Fe-S cluster biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nakamura, R. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Cycloserine enantiomers inhibit PLP-dependent cysteine desulfurase SufS via distinct mechanisms. Authors: Nakamura, R. / Ogawa, S. / Takahashi, Y. / Fujishiro, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 178 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 140.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6kfyC ![]() 7ceoC ![]() 7cepC ![]() 7ceqC ![]() 7cerC ![]() 7cesC ![]() 7cetC ![]() 7ceuC ![]() 7e6aC ![]() 7e6bC ![]() 7e6cC ![]() 7e6dC ![]() 7e6fC ![]() 5zs9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 46500.465 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R376A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 168 / Gene: sufS, csd, yurW, BSU32690 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 107 molecules ![](data/chem/img/PMP.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PMP / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-PG4 / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.41 Å3/Da / Density % sol: 63.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris-HCl, 50 mM Lithium sulfate, 50%(v/v) PEG200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.28→46.24 Å / Num. obs: 29583 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.721 % / Biso Wilson estimate: 58.813 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.881 / Net I/σ(I): 29.97 / Num. measured all: 583407 / Scaling rejects: 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5ZS9 Resolution: 2.28→46.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 8.653 / SU ML: 0.105 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.144 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 150.18 Å2 / Biso mean: 58.486 Å2 / Biso min: 33.98 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.28→46.24 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.28→2.339 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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