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万見
- PDB-6k79: Glycerol kinase form Thermococcus kodakarensis, complex structure... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k79
タイトルGlycerol kinase form Thermococcus kodakarensis, complex structure with substrate.
要素(Glycerol kinase) x 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Glycerol (グリセリン) / Kinase (キナーゼ) / ATP (アデノシン三リン酸) / Archaea (古細菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / リン酸化 / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain ...FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Glycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Koga, Y. / Angkawidjaja, C. / Matsumura, H. / Hokao, R.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP22780091 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of hexameric structure of glycerol kinase from Thermococcus kodakaraeinsis KOD1
著者: Hokao, R. / Matsumura, H. / Katsumi, R. / Angkawidjaja, C. / Takano, K. / Kanaya, S. / Koga, Y.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glycerol kinase
C: Glycerol kinase
D: Glycerol kinase
A: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,86212
ポリマ－223,8934
非ポリマー9698
水8,233457
1
A: Glycerol kinase
ヘテロ分子

B: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4386
ポリマ－111,9542
非ポリマー4854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area36940 Å2
手法PISA
2
C: Glycerol kinase
ヘテロ分子

D: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4236
ポリマ－111,9392
非ポリマー4854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_644x+1,y-1,z-11
Buried area4330 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area37210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.041, 72.128, 115.994
Angle α, β, γ (deg.)103.43, 94.96, 99.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glycerol kinase / / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK


分子量: 55984.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: glpK, TK1396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93623, glycerol kinase
#2: タンパク質 Glycerol kinase / / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK


分子量: 55969.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: glpK, TK1396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O93623, glycerol kinase
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Imidazole, PEG1000, Calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 109477 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 14.42
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 5423

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→46.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.661 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23776 5226 5 %RANDOM
Rwork0.1846 ---
obs0.18724 99716 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.575 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20.01 Å2
2--0 Å2-0.01 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.19→46.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15585 0 64 457 16106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01515969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01714581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.73221607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4961.70734062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.60151957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.92218.05559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.872152282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.53615112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22069
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.373.1627840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.373.1627841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5534.7359793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5524.7359794
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2893.6468129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2893.6468129
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1755.28611815
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.55338.8617698
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.55338.86117699
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 381 -
Rwork0.258 7350 -
obs--97.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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