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- PDB-6jv9: Crystal Structure of Human CRMP2 1-532, unmodified -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jv9
タイトルCrystal Structure of Human CRMP2 1-532, unmodified
要素Dihydropyrimidinase-related protein 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Microtubule associated protein / GAP activity / Neuronal protein (神経細胞)
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / エンドサイトーシス / nervous system development / 細胞分化 / 細胞骨格 ...dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / エンドサイトーシス / nervous system development / 細胞分化 / 細胞骨格 / シグナル伝達 / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIMバレル ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / TRIETHYLENE GLYCOL / Dihydropyrimidinase-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Jiang, X. / Ogawa, T. / Hirokawa, N.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18dm0908001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18dm0107083 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101070 日本
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2019
タイトル: Enhanced carbonyl stress induces irreversible multimerization of CRMP2 in schizophrenia pathogenesis.
著者: Toyoshima, M. / Jiang, X. / Ogawa, T. / Ohnishi, T. / Yoshihara, S. / Balan, S. / Yoshikawa, T. / Hirokawa, N.
履歴
登録2019年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropyrimidinase-related protein 2
B: Dihydropyrimidinase-related protein 2
C: Dihydropyrimidinase-related protein 2
D: Dihydropyrimidinase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,5999
ポリマ－237,0404
非ポリマー5595
水10,287571
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13120 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area62550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.088, 158.425, 88.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPTYRTYRAA15 - 49923 - 507
21ASPASPTYRTYRBB15 - 49923 - 507
12ASPASPARGARGAA15 - 49623 - 504
22ASPASPARGARGCC15 - 49623 - 504
13ASPASPPROPROAA15 - 49523 - 503
23ASPASPPROPRODD15 - 49523 - 503
14ASPASPARGARGBB15 - 49623 - 504
24ASPASPARGARGCC15 - 49623 - 504
15SERSERPROPROBB14 - 49522 - 503
25SERSERPROPRODD14 - 49522 - 503
16ASPASPPROPROCC15 - 49523 - 503
26ASPASPPROPRODD15 - 49523 - 503

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dihydropyrimidinase-related protein 2 / DRP-2 / Collapsin response mediator protein 2 / CRMP-2 / N2A3 / Unc-33-like phosphoprotein 2 / ULIP-2


分子量: 59259.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPYSL2, CRMP2, ULIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K19 / 参照: UniProt: Q16555

-
非ポリマー , 5種, 576分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT / ジチオトレイトール


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES (pH 6.0), 15% (v/v) PEG 400, 0.1 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 102278 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5113 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.375 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MKV

5mkv


解像度: 2.26→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.552 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19337 5112 5 %RANDOM
Rwork0.17066 ---
obs0.17181 97166 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.953 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å20 Å2-0.19 Å2
2---0.83 Å2-0 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.26→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14883 0 32 571 15486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01915219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0214376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.9520646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.849333136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79851943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33424.612657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.734152522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8931580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02117308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.023348
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0722.9177784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0722.9167783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1274.3659723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1274.3659724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.033.2567435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0213.2537431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7224.72810918
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.01423.03816529
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.00922.98716387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A606920.05
12B606920.05
21A607380.04
22C607380.04
31A603600.05
32D603600.05
41B607860.03
42C607860.03
51B605100.05
52D605100.05
61C606660.04
62D606660.04
LS精密化 シェル解像度: 2.257→2.315 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 349 -
Rwork0.221 7053 -
obs--98.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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