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万見
- PDB-4cnt: CRYSTAL STRUCTURE OF WT HUMAN CRMP-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cnt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF WT HUMAN CRMP-4
要素DIHYDROPYRIMIDINASE-LIKE 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / NEUROGENESIS / AXONAL OUTGROWTH / DEVELOPMENTAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


filamin binding / chondroitin sulfate binding / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / actin crosslink formation / exocytic vesicle / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / CRMPs in Sema3A signaling / positive regulation of filopodium assembly / cellular response to cytokine stimulus / filamentous actin ...filamin binding / chondroitin sulfate binding / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / actin crosslink formation / exocytic vesicle / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / CRMPs in Sema3A signaling / positive regulation of filopodium assembly / cellular response to cytokine stimulus / filamentous actin / actin filament bundle assembly / neuron development / response to axon injury / negative regulation of cell migration / phosphoprotein binding / positive regulation of neuron projection development / SH3 domain binding / lamellipodium / negative regulation of neuron projection development / growth cone / cell body / synapse / extracellular space / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydropyrimidinase-related protein 3 / Dihydropyrimidinase-like 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Ponnusamy, R. / Lohkamp, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Human Crmp-4: Correction of Intensities for Lattice-Translocation Disorder
著者: Ponnusamy, R. / Lebedev, A. / Pahlow, S. / Lohkamp, B.
履歴
登録2014年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIHYDROPYRIMIDINASE-LIKE 3
B: DIHYDROPYRIMIDINASE-LIKE 3
C: DIHYDROPYRIMIDINASE-LIKE 3
D: DIHYDROPYRIMIDINASE-LIKE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,2826
ポリマ－248,1974
非ポリマー852
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-44.5 kcal/mol
Surface area62830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.370, 157.650, 86.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA12 - 49512 - 495
21PROPROBB12 - 49512 - 495
12ARGARGAA12 - 49612 - 496
22ARGARGCC12 - 49612 - 496
13ARGARGAA12 - 49612 - 496
23ARGARGDD12 - 49612 - 496
14PROPROBB12 - 49512 - 495
24PROPROCC12 - 49512 - 495
15PROPROBB12 - 49512 - 495
25PROPRODD12 - 49512 - 495
16ARGARGCC12 - 49612 - 496
26ARGARGDD12 - 49612 - 496

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
/ NCS oper: (Code: given)

-
要素

#1: タンパク質
DIHYDROPYRIMIDINASE-LIKE 3 / DIHYDROPYRIMIDINASE-RELATED PROTEIN 3


分子量: 62049.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q8IXW6, UniProt: Q14195*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 15% (W/V) PEG 6000, 100 MM NAHEPES PH 7.5, 100 MM KCL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.07068
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07068 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.685
11L, -K, H20.315
反射解像度: 2.66→43.79 Å / Num. obs: 61101 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.66→2.72 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CNS

4cns


解像度: 2.65→55.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 16.487 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23563 3047 5 %RANDOM
Rwork0.18675 ---
obs0.18913 58196 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.723 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--36.21 Å20 Å217.73 Å2
2--39.81 Å20 Å2
3----3.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→55.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14932 0 5 11 14948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01915247
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0214444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.9520679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.328333326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01851937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62424.97660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.59152584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8641564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.22316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02117367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.023345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.573.9487760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.573.9487759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4095.9189693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3684.1137487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A305770.08
12B305770.08
21A304700.09
22C304700.09
31A305690.09
32D305690.09
41B303690.08
42C303690.08
51B306060.08
52D306060.08
61C305330.08
62D305330.08
LS精密化 シェル解像度: 2.655→2.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 205 -
Rwork0.329 4236 -
obs--98.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42280.0232-0.07340.3352-0.05490.1415-0.0341-0.0192-0.05660.00390.0220.00060.047-0.00840.01210.1378-0.0107-0.02270.00380.00630.095-16.4719-15.2703-29.02
20.35760.1049-0.04450.26980.05390.11540.0040.0220.1576-0.02140.02460.03070.0153-0.0091-0.02850.0482-0.0015-0.00520.00560.02070.1885-7.849132.4407-34.6215
30.43960.1576-0.27970.19-0.14180.28930.0277-0.14540.0185-0.0284-0.04-0.0334-0.01330.08070.01230.0562-0.0116-0.05220.0532-0.01810.122723.799616.9563-19.0218
40.35280.1885-0.17410.32-0.03850.1794-0.0011-0.1093-0.00210.0313-0.01250.02770.00260.05810.01360.0981-0.0024-0.01270.1076-0.0070.0113-14.56470.04816.3749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 496
2X-RAY DIFFRACTION2B12 - 497
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 496
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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