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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jen | ||||||
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タイトル | Structure of Phytolacca americana UGT2 complexed with UDP-2fluoro-glucose and pterostilbene | ||||||
要素 | Glycosyltransferaseグリコシルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Ozaki, S. / Inoue, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020 タイトル: An Ambidextrous Polyphenol GlycosyltransferasePaGT2 fromPhytolacca americana. 著者: Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Shimomura, N. / Nakayama, T. / Okimoto, Y. / Kawakami, K. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Inoue, T. / Ozaki, S.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jen.cif.gz | 266.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jen.ent.gz | 212.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jen.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/6jen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/6jen | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53829.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ) 遺伝子: PaGT2 / プラスミド: pCold / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B5MGN7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | 配列の詳細 | The sequence database with ID B5MGN7 contains residue TYR at position 211. However, after observing ...The sequence database with ID B5MGN7 contains residue TYR at position 211. However, after observing the discrepancy, authors confirmed that residue at 211 is ASN and not TYR. The depositors will soon correct the sequence in the database. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.11 M potassium citrate 0.06 M lithium citrate 0.11 M sodium phosphate 23-25% w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 47340 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4530 / CC1/2: 0.694 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2VCH 解像度: 2.65→49.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.848 / ESU R Free: 0.319 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.65→49.68 Å
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拘束条件 |
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