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Yorodumi- PDB-4g1b: X-ray structure of yeast flavohemoglobin in complex with econazole -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g1b | ||||||
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Title | X-ray structure of yeast flavohemoglobin in complex with econazole | ||||||
Components | Flavohemoglobin | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / three domains: globin fold / antiparallel beta-barrel / alpha/beta fold / resp. / HEM / FAD / ECONAZOLE | ||||||
Function / homology | Function and homology information nitric oxide dioxygenase / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to chemical stress / oxygen binding / nucleotide binding / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | El Hammi, E. / Warkentin, E. / Demmer, U. / Baciou, L. / Ermler, U. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2012 Title: Active site analysis of yeast flavohemoglobin based on its structure with a small ligand or econazole. Authors: El Hammi, E. / Warkentin, E. / Demmer, U. / Marzouki, N.M. / Ermler, U. / Baciou, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4g1b.cif.gz | 660.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4g1b.ent.gz | 552 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4g1b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/4g1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/4g1b | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4g1vSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 44716.230 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: YJM789 / Gene: YHB1, SCY_2125 / Plasmid: pRSET 6A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: A6ZUP2 #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-FAD / #4: Chemical | ChemComp-ECN / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 16% PEG 4000; 0.1 M Tris HCl pH 8.5 and 0.2 M lithium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.99985 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si(111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99985 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→40 Å / Num. all: 37179 / Num. obs: 37179 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.3 Å / % possible all: 91.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4G1V Resolution: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 47.63 / SU ML: 0.429 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.52 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.541 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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