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- PDB-6in7: Crystal structure of AlgU in complex with MucA(cyto) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6in7
タイトルCrystal structure of AlgU in complex with MucA(cyto)
要素
  • RNA polymerase sigma-H factor
  • Sigma factor AlgU negative regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Sigma factor (シグマ因子)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular response to heat / regulation of polysaccharide biosynthetic process / positive regulation of response to oxidative stress / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / alginic acid biosynthetic process / sigma factor antagonist activity / cellular response to antibiotic / DNA-binding transcription activator activity ...positive regulation of cellular response to heat / regulation of polysaccharide biosynthetic process / positive regulation of response to oxidative stress / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / alginic acid biosynthetic process / sigma factor antagonist activity / cellular response to antibiotic / DNA-binding transcription activator activity / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / sigma factor activity / デオキシリボ核酸 / DNA-templated transcription initiation / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal domain / RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. ...Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal domain / RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ニコチンアミド / Sigma factor AlgU negative regulatory protein / RNA polymerase sigma-H factor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Li, S. / Zhang, Q. / Bartlam, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570128 中国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the recognition of MucA by MucB and AlgU in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Li, S. / Lou, X. / Xu, Y. / Teng, X. / Liu, R. / Zhang, Q. / Wu, W. / Wang, Y. / Bartlam, M.
履歴
登録2018年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sigma factor AlgU negative regulatory protein
B: RNA polymerase sigma-H factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2573
ポリマ－31,1352
非ポリマー1221
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.784, 72.256, 81.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sigma factor AlgU negative regulatory protein


分子量: 8908.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: mucA, PA0763 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38107
#2: タンパク質 RNA polymerase sigma-H factor / Sigma-30


分子量: 22227.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: algU, algT, PA0762 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06198
#3: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate,0.1 M cacodylate pH 6.5, 0.2M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.977853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 23934 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique obs: 1053 / Rpim(I) all: 0.276 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OR7

1or7


解像度: 1.96→45.505 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 1153 4.83 %
Rwork0.1777 --
obs0.1789 23861 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→45.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2018 0 9 327 2354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062057
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7792775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7511271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9595-2.04870.22261590.17262717X-RAY DIFFRACTION98
2.0487-2.15670.2041370.16942796X-RAY DIFFRACTION100
2.1567-2.29180.19541280.16112826X-RAY DIFFRACTION100
2.2918-2.46880.20761600.17022790X-RAY DIFFRACTION100
2.4688-2.71720.20081170.17982871X-RAY DIFFRACTION100
2.7172-3.11030.20961430.1882848X-RAY DIFFRACTION100
3.1103-3.91830.18691640.16672862X-RAY DIFFRACTION100
3.9183-45.51720.20371450.19122998X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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