PDB-6h6w: Molybdenum storage protein- H156A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h6w

タイトル

Molybdenum storage protein- H156A

要素

(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / polyoxometalate cluster assembly / molybdenum storage protein / bionanolab

機能・相同性

機能・相同性情報

nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ermler, U. / Bruenle, S.

引用

ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2018
タイトル: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters.
著者: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U.

履歴

登録	2018年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h6w.cif.gz	219.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h6w.ent.gz	173.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h6w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h6w_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h6w_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6h6w_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	6h6w_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gwbC 6h73C 6h74C 6h8bC 6h8hC 4ndoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gx4-1 6h8h-1 6h73-1 6h74-1 4ndq-1 4f6t-1 2ogx-1 6gu5-2 4ndo-1 4ndp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
186 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.270, 114.270, 234.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-304- MOO
2	1	A-426- HOH

-
Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta 分子量: 28247.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: mosB, Avin_43210 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha 分子量: 29178.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: mosA, Avin_43200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84308

-
非ポリマー , 8種, 362分子

#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-FUQ / Mo5 Cluster 分子量: 899.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂₀Mo₅O₂₅
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-8M0 / bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) / Octamolybdate [Mo(VI)8O28]8- 分子量: 1215.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo₈O₂₈
#8: 化合物	ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE 分子量: 159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO₄
#9: 化合物	ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン分子量: 95.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1 M ammonium phosphate, 10% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.738 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.738 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 144386 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ndo

4ndo

解像度: 1.9→49.48 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 20.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2031	7170	4.97 %
R_work	0.1758	-	-
obs	0.1772	144293	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3795	0	172	350	4317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4113
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.979	5786
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.32	3283
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	643
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	709

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.871	0.7668	222	0.6702	3972	X-RAY DIFFRACTION	86
1.871-1.893	0.6705	241	0.6201	4222	X-RAY DIFFRACTION	92
1.893-1.9161	0.4669	226	0.4933	4464	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9161-1.9404	0.3661	195	0.3944	4539	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9404-1.9659	0.3585	223	0.3179	4514	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9659-1.9929	0.2899	235	0.2597	4535	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9929-2.0213	0.2615	229	0.2193	4588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0213-2.0515	0.2157	223	0.1998	4624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0515-2.0836	0.2485	249	0.1929	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0836-2.1177	0.2035	246	0.1846	4603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1177-2.1542	0.247	219	0.1751	4660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1542-2.1934	0.2095	246	0.1716	4601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1934-2.2356	0.1943	204	0.1693	4661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2356-2.2812	0.2201	277	0.1741	4579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2812-2.3308	0.211	250	0.1672	4630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3308-2.385	0.2167	179	0.1606	4681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.385-2.4447	0.1923	254	0.159	4601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4447-2.5108	0.204	267	0.1617	4595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5108-2.5847	0.1843	218	0.1529	4643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5847-2.6681	0.1687	254	0.1491	4602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6681-2.7634	0.187	248	0.1627	4629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7634-2.8741	0.1876	249	0.1672	4651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8741-3.0049	0.2147	251	0.163	4621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0049-3.1632	0.1738	231	0.1606	4613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1632-3.3614	0.1915	274	0.1553	4615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3614-3.6209	0.1596	241	0.1477	4606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6209-3.9851	0.1808	250	0.1439	4626	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9851-4.5614	0.1525	260	0.13	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5614-5.7455	0.1537	258	0.1517	4601	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7455-49.498	0.2386	251	0.2175	4620	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6357	-0.6453	0.7696	7.8017	-0.9353	8.5248	-0.1575	0.5135	-0.0728	-0.6379	0.0276	1.0199	-0.4058	-0.8418	0.1604	0.3068	0.0885	-0.0725	0.4866	-0.0344	0.4886	19.6786	32.4508	22.5269
2	0.5853	-0.0984	0.0382	0.4692	0.029	0.6326	-0.0166	0.1173	-0.0363	-0.1065	-0.0012	0.0128	0.0842	-0.0494	0.0186	0.2233	-0.0233	-0.0156	0.1846	-0.0348	0.1774	51.4669	14.9499	17.9304
3	4.576	-0.8117	3.1206	8.0982	-3.7548	3.4169	0.0294	-0.2568	0.5151	0.5336	0.138	0.6639	-0.8629	-0.3614	-0.1342	0.354	0.035	0.0421	0.2731	-0.0467	0.3129	53.6664	25.3998	11.6404
4	1.6351	-0.5814	0.8007	0.3588	0.3756	3.4378	-0.0521	0.0101	-0.0643	0.0457	0.0184	0.056	0.0115	-0.0277	0.0316	0.2258	-0.019	0.0037	0.1643	-0.0365	0.2284	44.8615	13.7307	26.1901
5	2.4433	-0.2528	-0.9528	1.6807	0.9548	1.6132	-0.128	-0.1493	-0.2179	0.0877	-0.0194	0.1711	0.304	-0.1108	0.1309	0.3366	-0.0282	-0.0029	0.245	-0.0302	0.2429	43.7383	2.5568	11.5841
6	2.8288	-2.1368	0.3696	2.6606	-0.7451	1.7761	0.0019	-0.0398	-0.0968	0.0837	0.0117	0.1371	-0.0012	-0.1117	0.0021	0.1563	-0.0312	0.0107	0.2029	-0.002	0.1633	37.0807	29.9794	47.551
7	0.2391	-0.1165	0.2113	0.7748	-0.1217	1.213	0.0149	0.0021	0.0038	-0.0453	-0.0098	0.0548	0.0262	-0.0644	-0.0055	0.1462	-0.0069	0.0087	0.187	-0.0069	0.1694	37.6763	28.2946	36.8263
8	2.138	-0.2865	-0.3891	2.0549	0.6567	1.7588	-0.0458	-0.0005	-0.2343	0.0076	0.0383	0.3139	0.2431	-0.2934	-0.0108	0.1688	-0.0591	-0.0013	0.2309	0.0194	0.207	27.4487	17.7775	45.2552

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 3 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 15 through 121 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 122 through 147 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 148 through 180 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 181 through 270 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 33 through 68 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 69 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 205 through 276 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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