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- PDB-6frh: Crystal structure of Ssp DnaB Mini-Intein variant M86 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6frh
タイトルCrystal structure of Ssp DnaB Mini-Intein variant M86
要素Replicative DNA helicase,Replicative DNA helicase
キーワードSPLICING / intein / protein splicing / Hint domain fold / pre-splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / intein-mediated protein splicing / DNA replication, synthesis of primer / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA helicase activity / endonuclease activity / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / LAGLIDADG-like domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / LAGLIDADG-like domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Homing endonuclease / Hint domain superfamily / Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicative DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Popp, M.A. / Blankenfeldt, W. / Gazdag, M.E. / Matern, J.J.C. / Mootz, H.D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationMO1073/3-2 ドイツ
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2019
タイトル: A functional interplay between intein and extein sequences in protein splicing compensates for the essential block B histidine.
著者: Friedel, K. / Popp, M.A. / Matern, J.C.J. / Gazdag, E.M. / Thiel, I.V. / Volkmann, G. / Blankenfeldt, W. / Mootz, H.D.
履歴
登録2018年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _audit_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase,Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase,Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7742
ポリマ－37,7742
非ポリマー00
水3,189177
1
A: Replicative DNA helicase,Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8871
ポリマ－18,8871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Replicative DNA helicase,Replicative DNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8871
ポリマ－18,8871
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.635, 40.941, 57.906
Angle α, β, γ (deg.)84.370, 83.450, 65.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -5 through 35 or resid 37...
21(chain B and (resid -5 through 34 or (resid 35...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLUGLU(chain A and (resid -5 through 35 or resid 37...AA-5 - 352 - 41
12THRTHRALAALA(chain A and (resid -5 through 35 or resid 37...AA37 - 4343 - 49
13LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid -5 through 35 or resid 37...AA4450
14LEULEULYSLYS(chain A and (resid -5 through 35 or resid 37...AA-5 - 1602 - 166
15LEULEULYSLYS(chain A and (resid -5 through 35 or resid 37...AA-5 - 1602 - 166
16LEULEULYSLYS(chain A and (resid -5 through 35 or resid 37...AA-5 - 1602 - 166
17LEULEULYSLYS(chain A and (resid -5 through 35 or resid 37...AA-5 - 1602 - 166
21LEULEUASNASN(chain B and (resid -5 through 34 or (resid 35...BB-5 - 342 - 40
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid -5 through 34 or (resid 35...BB3541
23LEULEUGLNGLN(chain B and (resid -5 through 34 or (resid 35...BB-5 - 1582 - 164
24LEULEUGLNGLN(chain B and (resid -5 through 34 or (resid 35...BB-5 - 1582 - 164
25LEULEUGLNGLN(chain B and (resid -5 through 34 or (resid 35...BB-5 - 1582 - 164
26LEULEUGLNGLN(chain B and (resid -5 through 34 or (resid 35...BB-5 - 1582 - 164

-
要素

#1: タンパク質 Replicative DNA helicase,Replicative DNA helicase


分子量: 18886.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア), (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: dnaB, slr0833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55418, ヘリカーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.6, 22 % PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→37.05 Å / Num. obs: 18028 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.22 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.098 / Rrim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.03-2.083.50.75713290.7060.4750.89796.2
9.06-37.053.60.0862050.9910.0520.10198.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_2733精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Coot0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MI8

1mi8


解像度: 2.03→31.951 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2417 882 4.93 %
Rwork0.2218 --
obs0.2228 17875 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.35 Å2 / Biso mean: 35.3813 Å2 / Biso min: 9.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→31.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2378 0 0 177 2555
Biso mean---34.96 -
残基数----310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4923306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4091478
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1706X-RAY DIFFRACTION6.848TORSIONAL
12B1706X-RAY DIFFRACTION6.848TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.03-2.15720.32211360.29132836297296
2.1572-2.32370.27861640.26642804296897
2.3237-2.55750.26881270.24142864299196
2.5575-2.92730.26621540.23222831298597
2.9273-3.68720.21321540.20462815296997
3.6872-31.95520.21541470.19232843299097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02140.0002-0.02960.0384-0.02180.02630.0165-0.0734-0.164-0.0036-0.0930.00880.01660.0532-00.12860.0110.0110.1657-0.00950.2192.744813.1518-22.2811
20.1276-0.0428-0.09870.04690.00270.10550.1013-0.01530.03560.06740.0303-0.1099-0.0407-0.12430.02180.1099-0.0326-0.01140.1492-0.02070.12882.900917.2172-22.6037
30.0261-0.00770.0250.01840.01050.0301-0.0954-0.00120.0213-0.1139-0.0458-0.02490.1001-0.0483-00.16520.00880.02430.16090.00650.21240.44490.0329-9.484
40.228-0.00980.0290.018-0.10230.5468-0.2468-0.27680.39330.15250.0761-0.1805-0.4009-0.05910.00820.1821-0.0101-0.04440.2296-0.05620.26251.64169.29783.8642
50.03910.0266-0.00270.04790.03210.37180.091-0.06940.3314-0.0551-0.00790.12390.1211-0.1350.00740.1583-0.03-0.01580.1370.00970.2491-5.7731.0224-8.5138
60.07370.01620.12540.2391-0.20240.41060.0494-0.1415-0.0537-0.1924-0.0588-0.0520.4428-0.04130.0070.1804-0.01140.02950.1464-0.00640.15482.046-8.4398-0.5027
7-0.0003-0.0015-0.00230.00280.00620.0136-0.13540.06890.04470.12450.0150.0078-0.0020.189100.5246-0.04630.01280.4639-0.13040.37673.4736-1.237117.5958
80.08610.0189-0.10590.10760.05150.1684-0.0592-0.18890.06380.041-0.01050.10120.1235-0.1314-0.05240.2501-0.0493-0.03670.18160.03520.1662-3.9912-8.66460.299
90.0637-0.07580.03270.0743-0.04180.0224-0.0239-0.0480.1037-0.0090.0412-0.01730.0116-0.01720.00530.1127-0.0357-0.00820.13360.00450.25343.51064.5587-3.9864
100.1966-0.0196-0.23510.00720.03280.27510.03530.12770.02140.10450.0369-0.1732-0.1648-0.13230.02450.2055-0.0261-0.06440.15060.00190.20150.429719.1733-15.8137
110.46470.0851-0.30010.0623-0.11650.3392-0.23540.0948-0.4906-0.1136-0.18650.05350.45720.0685-0.25540.1699-0.02370.04760.2471-0.08430.2693-2.3728.5108-28.4172
120.0156-0.0029-0.01010.0138-0.01020.0049-0.09170.1408-0.32230.0654-0.00030.06170.12140.30.00010.1612-0.03270.03830.3015-0.03220.208211.364413.6855-30.7934
130.06430.01910.03710.10420.16040.22570.0014-0.0298-0.03410.0143-0.10720.10460.0229-0.0769-0.02570.1668-0.00060.020.10770.00780.1561-5.625218.6202-17.4147
140.29930.01710.11920.17970.03040.05020.37630.28140.1128-0.2171-0.07370.0231-0.0564-0.1690.2120.10720.312-0.1316-0.08180.2333-0.0523-3.673725.7198-25.8776
150.0429-0.0107-0.03210.0294-0.02430.05630.20960.08020.1248-0.0004-0.2224-0.262-0.46110.0365-0.00160.2552-0.0170.01990.22250.01940.16755.120128.4713-24.3045
160.01370.0139-0.01410.0189-0.00550.05360.0123-0.0205-0.00460.05680.04250.00730.0682-0.08420.07760.47350.15370.08870.3465-0.01960.089813.594420.5337-41.7489
170.02010.03370.02190.12670.03890.51390.13530.13040.0455-0.2206-0.12790.1062-0.1691-0.273-0.09530.27330.0630.06130.17420.0440.1192-4.083427.899-25.748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 134 through 147 )B134 - 147
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 148 through 158 )B148 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid -5 through 6 )A-5 - 6
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 7 through 45 )A7 - 45
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 46 through 60 )A46 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 61 through 96 )A61 - 96
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 97 through 117 )A97 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 118 through 133 )A118 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 134 through 160 )A134 - 160
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid -5 through 6 )B-5 - 6
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 7 through 34 )B7 - 34
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 35 through 45 )B35 - 45
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 46 through 60 )B46 - 60
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 61 through 73 )B61 - 73
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 74 through 96 )B74 - 96
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 97 through 117 )B97 - 117
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 118 through 133 )B118 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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