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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fj4 | ||||||
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タイトル | Structure of FAE solved by SAD from data collected at the peak of the Selenium absorption edge on ID30B | ||||||
要素 | Endo-1,4-beta-xylanase Y | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium thermocellum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | McCarthy, A.A. / Mueller-Dieckmann, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Synchrotron Radiat / 年: 2018 タイトル: ID30B - a versatile beamline for macromolecular crystallography experiments at the ESRF. 著者: McCarthy, A.A. / Barrett, R. / Beteva, A. / Caserotto, H. / Dobias, F. / Felisaz, F. / Giraud, T. / Guijarro, M. / Janocha, R. / Khadrouche, A. / Lentini, M. / Leonard, G.A. / Lopez Marrero, ...著者: McCarthy, A.A. / Barrett, R. / Beteva, A. / Caserotto, H. / Dobias, F. / Felisaz, F. / Giraud, T. / Guijarro, M. / Janocha, R. / Khadrouche, A. / Lentini, M. / Leonard, G.A. / Lopez Marrero, M. / Malbet-Monaco, S. / McSweeney, S. / Nurizzo, D. / Papp, G. / Rossi, C. / Sinoir, J. / Sorez, C. / Surr, J. / Svensson, O. / Zander, U. / Cipriani, F. / Theveneau, P. / Mueller-Dieckmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fj4.cif.gz | 75.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fj4.ent.gz | 58.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fj4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fj4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6fidC 6fj2C 6fj6C 6fj8C 6fj9C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/543 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32757.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 遺伝子: xynY / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P51584, キシラナーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 50 mM CdSO4, 5% (v/v) glycerol, and 1 M Na-acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月5日 詳細: Be CRL (vertical) and Rh Elliptical mirror (horizontal) |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→79.21 Å / Num. obs: 46013 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2462 / CC1/2: 0.318 / Rpim(I) all: 0.84 / Rrim(I) all: 1.83 / % possible all: 96.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→79.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 3.498 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.906 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→79.21 Å
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拘束条件 |
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