PDB-4jei: Nonglycosylated Yarrowia lipolytica LIP2 lipase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4jei

タイトル

Nonglycosylated Yarrowia lipolytica LIP2 lipase

要素

Lipase 2

キーワード

HYDROLASE / alpha beta hydrolase fold / lipolytic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Yarrowia lipolytica (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Aloulou, A. / Benarouche, A. / Puccinelli, D. / Spinelli, S. / Cavalier, J.-F. / Cambillau, C. / Carriere, F.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Biochemical and structural characterization of non-glycosylated Yarrowia lipolytica LIP2 lipase
著者: Aloulou, A. / Benarouche, A. / Puccinelli, D. / Spinelli, S. / Cavalier, J.-F. / Cambillau, C. / Carriere, F.

履歴

登録	2013年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4jei.cif.gz	127.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4jei.ent.gz	100.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4jei.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/4jei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/4jei	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dteS 3o0d S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mj3-3 6fj4-d 4mj3-4 1dm4-d 4bau-d 1wb6-2 2dhe-d 2wj6-1 1edd-d 4hfp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase 2

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.693, 116.693, 170.272
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Lipase 2 分子量: 33443.676 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-334 / 変異: N113Q, N134Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: LIP2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E0A7J0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THR88 AND THR96 ARE VARIENTS OF THE PROTEIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.0034 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.4167 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1M Li2SO4, 2% PEG 8000 (pH 6.5)., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月29日
放射	モノクロメーター: bent cylindrical mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 21708 / Num. obs: 21708 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 67.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.73 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 56 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2809 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DTE

1dte

解像度: 2.6→27.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.88 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8419 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.277 / SU R_free Blow DPI: 0.222 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.218 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2497	1112	5.14 %	RANDOM
R_work	0.2238	-	-	-
all	0.2251	21618	-	-
obs	0.2251	21618	99.51 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.61 Å² / B_iso mean: 66.08 Å² / B_iso min: 29.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.4177 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-13.4177 Å²	0 Å²
3-	-	-	26.8354 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.373 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→27.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2334	0	0	110	2444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	2399	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.15	3272	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	788	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0	65	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0	349	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	0	2399	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.93
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.22
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	310	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	2960	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.73 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2734	147	5.26 %
R_work	0.2636	2650	-
all	0.2641	2797	-
obs	-	-	99.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.404	-0.1876	-0.0147	0.0142	0.0916	0	-0.0018	0.0008	0.0002	0	0.0023	0.0021	0.0073	-0.0068	-0.0005	-0.0059	0.0063	0.0297	-0.0021	-0.0024	0.0026	5.5216	48.2069	22.4226
2	0.0174	-0.0071	0.0321	0.0315	0.1218	0.0958	-0.0005	0.0004	0.0041	0.0011	0.0009	-0.0024	-0.0039	0.0019	-0.0004	-0.0006	0.0102	0.0056	0.0091	-0.0059	-0.0125	19.7613	59.4022	33.7561
3	0.2986	-0.2047	-0.0143	0.1189	0.1102	0.0449	-0.003	0	0.0015	0.0023	0.0036	-0.0038	0.001	0.0036	-0.0006	-0.0072	0.009	0.0144	0.0009	0.0055	-0.0142	22.7682	54.1969	24.9924
4	0.1865	-0.0443	-0.2829	-0.0739	0.0434	0.1473	0.0009	0	-0.0005	-0.0012	-0.0001	-0.001	0.0003	0.0039	-0.0008	-0.0002	0.0054	0.0047	0.0056	0.0033	-0.0006	24.7949	49.293	8.2665
5	0.5024	-0.3169	-0.0522	-0.4097	0.1762	0	-0.0015	-0.0026	-0.0056	0.0039	0.0027	-0.0119	0.0019	0.0041	-0.0011	-0.0098	0.0096	0.0181	0.0101	-0.0024	-0.014	28.6356	46.6851	19.3255
6	0.2262	-0.1797	-0.2817	-0.0558	-0.0493	0.1258	0.0027	-0.0055	-0.0068	0.0051	-0.0017	-0.0046	0.005	0.0003	-0.0009	-0.0045	0.0168	0.019	0.0066	0.0031	-0.0058	21.4088	43.7213	24.035
7	0.1145	-0.0904	-0.1904	-0.0304	-0.0107	0.036	-0.0011	0.0033	-0.0049	-0.0007	0.0024	0.0015	0.0024	-0.0007	-0.0013	-0.0014	0.0125	0.0171	-0.0083	0.001	-0.0017	15.788	39.4067	13.51
8	0.1872	-0.1948	-0.1215	0.1278	0.2549	0.0673	-0.0028	0.0059	-0.0043	-0.0036	0.0017	0.0048	-0.0005	0.0002	0.0011	0	0.0069	0.0177	-0.0017	-0.0098	-0.0041	8.8161	45.5791	12.9869
9	-0.0628	0.0303	-0.1428	0.0839	-0.099	0	-0.0001	0.0005	-0.0058	-0.0014	0.001	0.0011	0.0009	-0.0052	-0.0008	-0.0115	0.0048	0.0174	-0.0012	-0.0049	-0.0066	2.8354	48.3098	14.3453
10	0.7983	-0.2559	-0.3366	0.6325	-0.0398	0.2286	-0.0033	0.0153	0.0114	-0.0122	0.0045	0.0087	-0.0038	-0.0053	-0.0013	0.0191	0.0083	-0.0055	0.0192	-0.0036	0.0248	5.332	58.0454	12.649

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|2 - A\|30}	A	2 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|31 - A\|60}	A	31 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|61 - A\|90}	A	61 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|91 - A\|120}	A	91 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|121 - A\|150}	A	121 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|151 - A\|180}	A	151 - 180
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|181 - A\|210}	A	181 - 210
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|211 - A\|240}	A	211 - 240
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|241 - A\|270}	A	241 - 270
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|271 - A\|300}	A	271 - 300

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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