PDB-6fd2: Radical SAM 1,2-diol dehydratase AprD4 in complex with its substr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fd2

タイトル

Radical SAM 1,2-diol dehydratase AprD4 in complex with its substrate paromamine

要素

Putative apramycin biosynthetic oxidoreductase 4

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) /

Radical SAM / FeS-cluster containing enzyme / 1 / 2-diol dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

iron-sulfur cluster binding /

catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptoalloteichus tenebrarius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Liu, W.Q. / Amara, P. / Mouesca, J.M. / Ji, X. / Renoux, O. / Martin, L. / Zhang, C. / Zhang, Q. / Nicolet, Y.

資金援助

中国,

フランス, 5件

組織	認可番号	国
National Key Research and Development Program	2016 Y F A0501302	中国
National Natural Science Foundation of China	1500028	中国
National Natural Science Foundation of China	31670060	中国
French National Research Agency	ANR-10-INSB-05-02	フランス
French National Research Agency	ANR-10-LABX-49-01	フランス

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: 1,2-Diol Dehydration by the Radical SAM Enzyme AprD4: A Matter of Proton Circulation and Substrate Flexibility.
著者: Liu, W.Q. / Amara, P. / Mouesca, J.M. / Ji, X. / Renoux, O. / Martin, L. / Zhang, C. / Zhang, Q. / Nicolet, Y.

履歴

登録	2017年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fd2.cif.gz	372 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fd2.ent.gz	308.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fd2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fd2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jc0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6iff-2 6r3d-d 5t5u-d 2qb7-1 3clw-3 4ff6-2 6koz-1 5x8i-2 2b9x-d 6i5r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Putative apramycin biosynthetic oxidoreductase 4

A: Putative apramycin biosynthetic oxidoreductase 4

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Putative apramycin biosynthetic oxidoreductase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Putative apramycin biosynthetic oxidoreductase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.820, 121.820, 233.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-614- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 BA

#1: タンパク質	Putative apramycin biosynthetic oxidoreductase 4 分子量: 50382.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptoalloteichus tenebrarius (strain ATCC 17920 / DSM 40477 / NCIB 11028) (バクテリア) 株: ATCC 17920 / DSM 40477 / NCIB 11028 / 遺伝子: aprD4 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2MFI7
#2: 糖	ChemComp-D5E / paromamine / パロマミンタイプ: D-saccharide / 分子量: 323.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₂H₂₅N₃O₇

-
非ポリマー , 4種, 49分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#5: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン / デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.25 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% polyethylene glycol 6000, 0.1 M MES buffer pH 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→48.1 Å / Num. obs: 65691 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 12.22
反射シェル	解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 4.77 % / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique all: 4494 / R_sym value: 0.795 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11rc3_2542: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: 4JC0

4jc0

解像度: 2.55→48.081 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2625	3207	4.88 %
R_work	0.2275	-	-
obs	0.2292	65660	99.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.081 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7010	0	108	43	7161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7296
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	9955
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.896	4369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1141
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.5881	0.479	131	0.4651	2479	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5881-2.6285	0.4404	129	0.4297	2541	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6285-2.6716	0.4637	142	0.4281	2637	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6716-2.7177	0.4176	141	0.3941	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7177-2.7671	0.4129	142	0.3909	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7671-2.8203	0.3549	118	0.3771	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8203-2.8778	0.3916	138	0.3438	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8778-2.9404	0.3455	147	0.3537	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9404-3.0088	0.3894	143	0.3262	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0088-3.084	0.3584	143	0.3183	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.084-3.1674	0.2887	139	0.3137	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1674-3.2606	0.3427	113	0.2943	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2606-3.3658	0.3229	146	0.2841	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3658-3.4861	0.3075	142	0.2512	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4861-3.6256	0.2719	142	0.236	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6256-3.7905	0.2545	146	0.2353	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7905-3.9903	0.259	141	0.2198	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9903-4.2402	0.2408	142	0.1864	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2402-4.5673	0.1671	145	0.1612	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5673-5.0265	0.1718	145	0.1568	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0265-5.7528	0.2094	144	0.1822	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7528-7.2439	0.2514	143	0.2037	2798	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2439-48.089	0.2434	145	0.1779	2944	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1277	0.6764	0.6698	1.3232	0.127	2.1544	-0.2424	0.3174	0.1823	-0.0463	0.0224	-0.4506	-0.4221	1.0058	0.1069	0.8785	-0.0412	-0.0173	1.2177	0.1269	0.704	68.3176	-31.6321	-45.4989
2	2.831	-0.1333	1.1506	2.668	1.6339	5.717	0.04	1.0044	-0.3205	-0.5271	-0.0887	-0.1485	0.1921	0.7146	0.0212	0.8051	0.1122	-0.0228	1.0564	-0.1084	0.5538	63.1343	-41.4182	-55.6302
3	1.2449	-0.0231	0.7253	2.1362	0.4987	3.6231	-0.2849	0.0603	-0.1833	0.0235	0.2507	-0.0778	-0.3145	0.4525	-0.0339	0.7294	0.1164	-0.0307	0.4815	0.0508	0.4977	53.1361	-37.7502	-37.4051
4	3.0241	-1.1686	1.3778	3.2461	1.134	2.9907	0.3288	-0.3803	-0.4289	0.7009	0.0266	0.2583	0.8333	-0.0534	-0.046	0.861	-0.0634	-0.0398	0.5874	0.0341	0.5069	43.8794	-41.2129	-31.0152
5	2.2009	-0.0413	-0.0919	2.4459	1.1446	3.2214	-0.1554	0.1667	0.045	0.3118	0.1486	0.6328	-0.11	-0.0188	0.1337	0.7419	0.0484	-0.0246	0.616	0.0036	0.6398	36.157	-27.7102	-37.958
6	2.7531	-0.2877	-0.1442	2.3334	-0.1828	3.7194	-0.3002	0.1775	0.6211	0.0642	0.038	0.3878	-0.7571	0.4816	0.2401	1.1082	-0.0703	-0.196	0.6095	0.1042	0.8393	42.6669	-13.8761	-46.5452
7	1.4884	-0.5392	0.3421	0.4183	-0.1746	1.1662	-0.3796	-1.1929	1.6491	0.309	0.8408	-0.8495	-0.5248	0.3871	-0.3038	0.7073	0.012	-0.1643	1.0936	-0.4739	1.2261	97.3703	-47.8087	-17.3827
8	3.8615	-2.1674	1.2463	3.1168	1.4014	2.4729	-0.216	-0.8396	0.9489	0.2341	0.3586	-0.6557	0.2201	0.417	-0.4252	0.6824	-0.031	-0.1194	0.7799	-0.2902	0.8702	95.1206	-51.9413	-21.1259
9	0.6372	-0.5658	-0.0783	0.753	0.4695	2.4702	0.3444	-0.8285	0.9337	-0.0223	0.5051	-1.0913	-0.8008	0.1484	-0.3592	0.8363	0.0206	-0.241	1.3093	-0.9061	1.9323	104.0126	-43.7479	-14.606
10	2.9429	-1.1935	-2.1781	1.7985	-0.5707	3.2406	0.893	-0.4368	1.8132	-0.4862	-0.4158	-1.36	-0.8949	0.0827	-0.4732	1.0103	-0.1111	0.0797	0.709	-0.177	1.6565	94.8264	-37.4922	-26.6337
11	3.5799	-2.3669	-2.1087	2.1561	0.7974	2.6981	-0.2479	0.049	-0.0368	-0.0799	0.1535	0.0498	0.1407	-0.1233	0.1038	0.7128	-0.0125	-0.0592	0.5512	-0.0335	0.5192	79.5631	-56.4996	-25.3614
12	3.8929	-1.2187	-1.6001	2.9744	1.8385	2.8947	-0.6145	-0.7339	0.4777	0.3985	0.5401	-0.1047	0.0597	0.0684	0.0705	0.7	0.1667	-0.1689	0.7806	-0.0859	0.5176	69.6956	-47.6422	-9.098
13	3.7774	-0.5	-3.2749	1.0105	1.9428	4.7774	-0.9341	-1.8553	0.1035	0.7963	0.5902	-0.5221	0.998	0.9092	0.0675	1.2787	0.42	-0.2045	1.3719	-0.0982	0.77	72.3204	-47.7735	4.2984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 5 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 115 through 178 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 179 through 257 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 258 through 287 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 288 through 353 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 354 through 457 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 4 through 29 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 30 through 64 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 65 through 102 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 103 through 181 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 182 through 296 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 297 through 402 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 403 through 457 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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