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- PDB-4ff6: Mycobacterium tuberculosis DprE1 in complex with CT325 - monoclin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ff6
タイトルMycobacterium tuberculosis DprE1 in complex with CT325 - monoclinic crystal form
要素Probable decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / alpha+beta / oxidoreductase / decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan biosynthetic process / cell wall polysaccharide biosynthetic process / decaprenylphospho-beta-D-ribofuranose 2-dehydrogenase / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / capsule polysaccharide biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / periplasmic space / oxidoreductase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
D-arabinono-1,4-lactone oxidase, C-terminal domain / D-arabinono-1,4-lactone oxidase / L-gulonolactone/D-arabinono-1,4-lactone oxidase / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0T4 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase / Decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Batt, S.M. / Besra, G.S. / Futterer, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis of inhibition of Mycobacterium tuberculosis DprE1 by benzothiazinone inhibitors.
著者: Batt, S.M. / Jabeen, T. / Bhowruth, V. / Quill, L. / Lund, P.A. / Eggeling, L. / Alderwick, L.J. / Futterer, K. / Besra, G.S.
履歴
登録2012年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
B: Probable decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,2109
ポリマ－104,7832
非ポリマー2,4277
水2,198122
1
A: Probable decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6395
ポリマ－52,3911
非ポリマー1,2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5704
ポリマ－52,3911
非ポリマー1,1793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.260, 84.530, 80.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and resid 7:260 and backbone
211chain 'B' and resid 7:260 and backbone
112chain 'A' and resid 303:314 and backbone
212chain 'B' and resid 303:314 and backbone
113chain 'A' and resid 332:461 and backbone
213chain 'B' and resid 332:461 and backbone

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Probable decaprenylphosphoryl-beta-D-ribose oxidase


分子量: 52391.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: dprE1, MT3898, Rv3790 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P72056, UniProt: P9WJF1*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-0T4 / 3-(hydroxyamino)-N-[(1R)-1-phenylethyl]-5-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 324.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15F3N2O2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M imidazole, 31% v/v polypropylene glycol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月13日
放射モノクロメーター: MULTILAYER FOCUSSING OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.926 Å / Num. all: 31582 / Num. obs: 31582 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FDP

4fdp


解像度: 2.6→29.926 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 1581 5.01 %
Rwork0.1933 --
obs0.1959 31565 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.35 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1595 Å20 Å2-12.3622 Å2
2--5.2705 Å20 Å2
3----10.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.926 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6338 0 159 122 6619
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2789052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4672343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0861015
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061155
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1008X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1008X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
21A48X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B48X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
31A520X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B520X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.68380.31481400.2712648X-RAY DIFFRACTION98
2.6838-2.77970.29521440.25032701X-RAY DIFFRACTION100
2.7797-2.89090.34161440.2452728X-RAY DIFFRACTION100
2.8909-3.02240.30161430.25372718X-RAY DIFFRACTION100
3.0224-3.18150.29841420.23572704X-RAY DIFFRACTION100
3.1815-3.38060.34451450.23232745X-RAY DIFFRACTION100
3.3806-3.64120.24861420.21212706X-RAY DIFFRACTION100
3.6412-4.00690.23591440.18132728X-RAY DIFFRACTION100
4.0069-4.58490.16411450.15342748X-RAY DIFFRACTION100
4.5849-5.76970.21811460.15472757X-RAY DIFFRACTION100
5.7697-29.92780.20911460.16532801X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6223-0.15161.46680.96990.1992.58820.0639-0.1231-0.10670.03630.0754-0.02710.1126-0.0682-0.06610.1836-0.00740.06230.1574-0.0150.249212.4032-11.85636.561
23.46931.12651.94941.9050.23132.36150.12290.6111-0.2708-0.06980.22250.02990.49250.241-0.15890.32720.03930.01580.3073-0.01050.3-21.5328-18.5940.6185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND (RESID 7:461 OR RESID 501:501 ) )A7 - 461
2X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND (RESID 7:461 OR RESID 501:501 ) )A501
3X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND (RESID 7:461 OR RESID 501:501 ) )B7 - 461
4X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B AND (RESID 7:461 OR RESID 501:501 ) )B501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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