PDB-6f2k: Crystal structure of Hen Egg-White Lysozyme co-crystallized in pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f2k

タイトル

Crystal structure of Hen Egg-White Lysozyme co-crystallized in presence of 100 mM Tb-Xo4 and 100 mM potassium phosphate monobasic.

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Tb-Xo4 / crystallophore / nucleation / phasing

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Engilberge, S. / Riobe, F. / Di Pietro, S. / Girard, E. / Dumont, E. / Maury, O.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Unveiling the Binding Modes of the Crystallophore, a Terbium-based Nucleating and Phasing Molecular Agent for Protein Crystallography.
著者: Engilberge, S. / Riobe, F. / Wagner, T. / Di Pietro, S. / Breyton, C. / Franzetti, B. / Shima, S. / Girard, E. / Dumont, E. / Maury, O.

履歴

登録	2017年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f2k.cif.gz	115.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f2k.ent.gz	89.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f2k_validation.pdf.gz	402.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f2k_full_validation.pdf.gz	402.6 KB	表示
XML形式データ	6f2k_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	6f2k_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/6f2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/6f2k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f2fC 6f2hC 6f2iC 6f2jC 6f2mC 6frmC 6frnC 6froC 6frqC 1h87S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	8lyz-d 4h92-d 4xji-d 5lio-d 4h8y-d 1lsd-d 1lsa-d 6qqc-d 1lz9-d 4owa-1 1bvx-d 4h93-d 4lgk-d 4lym-d 3exd-d 4nfv-d 5ole-d 6mqv-d 5lyt-d 6ig6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.359, 78.359, 37.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-350- HOH
2	1	A-452- HOH
3	1	A-478- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION 分子量: 158.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6, 200 to 800 sodium chloride, 100 mM Potassium phosphate monobasic. Tb-Xo4 was directly mixed with the protein solution at a final concentration of 100 mM prior to crystallization.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→39.18 Å / Num. obs: 19187 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 20.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 19.16
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2702 / CC_1/2: 0.819 / R_pim(I) all: 0.32 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H87

1h87

解像度: 1.5→35.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.101 / SU R_free Blow DPI: 0.101 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.092

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	944	5 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.2	18864	98.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7775 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7775 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.555 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→35.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	4	194	1199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2032	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	3642	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		437	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		28	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		313	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2032	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		7	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.23
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	14.92
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		135	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2453	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.59 Å / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	151	5.02 %
R_work	0.1944	2855	-
all	0.1959	3006	-
obs	-	-	99.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9834	1.3065	0.1417	0.7502	-0.9402	1.559	0.0959	0.2845	-0.0192	-0.1786	-0.1449	0.2537	0.1445	-0.0575	0.049	0.1087	0.0423	-0.093	0.2042	-0.0983	0.1159	-6.6279	16.045	9.4283
2	1.0321	0.2571	0.738	0.8029	0.192	1.2045	-0.0269	0.0986	-0.062	0.2094	0.0373	0.3113	0.1494	-0.0747	-0.0104	0.0703	0.0122	0.0214	0.1876	-0.0495	0.1243	-11.6182	23.3878	20.5813
3	1.0671	-0.3527	-0.3296	1.4873	-0.1329	1.078	0.1009	0.1488	-0.0262	-0.0794	-0.0921	0.0159	-0.0506	-0.0132	-0.0088	0.0813	0.0349	-0.034	0.126	-0.0308	0.0442	0.2173	21.6991	12.7985
4	0.9556	0.1617	-0.9121	0.0883	0.492	0.218	-0.0055	0.0608	-0.0252	-0.0254	-0.0425	-0.1563	-0.3936	-0.2419	0.048	0.113	-0.0012	-0.0421	0.1171	-0.0211	0.0793	14.2401	19.5797	23.0608
5	0	-0.5886	-0.8661	0	-0.6391	1.4662	-0.1409	0.0763	-0.1425	0.113	0.1614	0.0049	-0.275	-0.1899	-0.0205	0.0816	0.0273	-0.0202	0.1214	-0.0211	0.0499	5.5467	17.5593	20.3494
6	2.455	-0.0405	0.7003	1.0779	0.0729	2.356	-0.1165	-0.2184	-0.1872	0.1447	-0.014	0.1411	0.0894	-0.0794	0.1304	0.1004	0.0252	0.0097	0.0976	-0.0014	0.0545	4.8523	13.265	27.4034
7	0.0026	-0.173	0.1041	0.3935	-0.9762	0.4538	-0.1003	0.0824	-0.2044	0.2322	0.0359	0.3082	0.1422	-0.1234	0.0644	0.0767	0.0015	0.0101	0.1203	-0.0287	0.1076	-5.3282	17.5581	24.8684
8	0.012	-0.1429	-0.3524	0.8257	-0.7881	0.0002	-0.0658	-0.0305	0.0589	0.3163	0.0758	-0.0151	0.1249	0.1961	-0.01	0.147	0.0325	0.0066	0.1511	-0.0181	0.073	-1.7573	27.9943	25.6142
9	0.576	0.7939	-0.0197	0.5131	0.7229	0.0575	0.0977	-0.05	-0.2102	0.0044	-0.131	-0.1138	-0.1822	0.1739	0.0333	0.092	-0.019	-0.0031	0.177	0.0436	0.114	2.9669	31.5097	17.973
10	0.6759	0.8716	-0.1651	0.0804	1.5912	1.4757	-0.0691	0.1678	0.1039	-0.129	-0.0561	0.3297	-0.1719	-0.2738	0.1252	0.1282	0.0474	-0.0803	0.2219	0.0234	0.1334	-8.6443	28.3706	8.1307

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|14 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|15 - A\|24 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|25 - A\|42 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|43 - A\|50 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|51 - A\|58 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|59 - A\|88 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|89 - A\|100 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|101 - A\|108 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|109 - A\|114 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|115 - A\|129 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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