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- PDB-6f2k: Crystal structure of Hen Egg-White Lysozyme co-crystallized in pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f2k
タイトルCrystal structure of Hen Egg-White Lysozyme co-crystallized in presence of 100 mM Tb-Xo4 and 100 mM potassium phosphate monobasic.
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / Tb-Xo4 / crystallophore / nucleation / phasing
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TERBIUM(III) ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Engilberge, S. / Riobe, F. / Di Pietro, S. / Girard, E. / Dumont, E. / Maury, O.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号
French National Research AgencyANR-13-BS07-0007-01 フランス
引用ジャーナル: Chemistry / : 2018
タイトル: Unveiling the Binding Modes of the Crystallophore, a Terbium-based Nucleating and Phasing Molecular Agent for Protein Crystallography.
著者: Engilberge, S. / Riobe, F. / Wagner, T. / Di Pietro, S. / Breyton, C. / Franzetti, B. / Shima, S. / Girard, E. / Dumont, E. / Maury, O.
履歴
登録2017年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5965
ポリマ-14,3311
非ポリマー2654
3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area510 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area6600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.359, 78.359, 37.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-350-

HOH

21A-452-

HOH

31A-478-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Tb
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6, 200 to 800 sodium chloride, 100 mM Potassium phosphate monobasic. Tb-Xo4 was directly mixed with the protein solution at a final concentration of 100 mM prior to crystallization.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→39.18 Å / Num. obs: 19187 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 20.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 19.16
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2702 / CC1/2: 0.819 / Rpim(I) all: 0.32 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H87
解像度: 1.5→35.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.101 / SU Rfree Blow DPI: 0.101 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 944 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 18864 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7775 Å20 Å20 Å2
2---0.7775 Å20 Å2
3---1.555 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→35.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 4 194 1199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012032HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.023642HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d437SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes28HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes313HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2032HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd7SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion135SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2453SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 151 5.02 %
Rwork0.1944 2855 -
all0.1959 3006 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98341.30650.14170.7502-0.94021.5590.09590.2845-0.0192-0.1786-0.14490.25370.1445-0.05750.0490.10870.0423-0.0930.2042-0.09830.1159-6.627916.0459.4283
21.03210.25710.7380.80290.1921.2045-0.02690.0986-0.0620.20940.03730.31130.1494-0.0747-0.01040.07030.01220.02140.1876-0.04950.1243-11.618223.387820.5813
31.0671-0.3527-0.32961.4873-0.13291.0780.10090.1488-0.0262-0.0794-0.09210.0159-0.0506-0.0132-0.00880.08130.0349-0.0340.126-0.03080.04420.217321.699112.7985
40.95560.1617-0.91210.08830.4920.218-0.00550.0608-0.0252-0.0254-0.0425-0.1563-0.3936-0.24190.0480.113-0.0012-0.04210.1171-0.02110.079314.240119.579723.0608
50-0.5886-0.86610-0.63911.4662-0.14090.0763-0.14250.1130.16140.0049-0.275-0.1899-0.02050.08160.0273-0.02020.1214-0.02110.04995.546717.559320.3494
62.455-0.04050.70031.07790.07292.356-0.1165-0.2184-0.18720.1447-0.0140.14110.0894-0.07940.13040.10040.02520.00970.0976-0.00140.05454.852313.26527.4034
70.0026-0.1730.10410.3935-0.97620.4538-0.10030.0824-0.20440.23220.03590.30820.1422-0.12340.06440.07670.00150.01010.1203-0.02870.1076-5.328217.558124.8684
80.012-0.1429-0.35240.8257-0.78810.0002-0.0658-0.03050.05890.31630.0758-0.01510.12490.1961-0.010.1470.03250.00660.1511-0.01810.073-1.757327.994325.6142
90.5760.7939-0.01970.51310.72290.05750.0977-0.05-0.21020.0044-0.131-0.1138-0.18220.17390.03330.092-0.019-0.00310.1770.04360.1142.966931.509717.973
100.67590.8716-0.16510.08041.59121.4757-0.06910.16780.1039-0.129-0.05610.3297-0.1719-0.27380.12520.12820.0474-0.08030.22190.02340.1334-8.644328.37068.1307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|14 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|15 - A|24 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|25 - A|42 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|43 - A|50 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|51 - A|58 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|59 - A|88 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|89 - A|100 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|101 - A|108 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|109 - A|114 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|115 - A|129 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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