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- PDB-6d88: Tubulin-RB3_SLD-TTL in complex with compound 13f -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d88
タイトルTubulin-RB3_SLD-TTL in complex with compound 13f
要素
  • Stathmin-4スタスミン
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
  • Tubulin tyrosine ligase
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Microtubule Inhibitor / Colchicine (コルヒチン) / Cancer (悪性腫瘍)
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / 成長円錐 / 微小管 / neuron projection / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Stathmin family ...Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Dna Ligase; domain 1 / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-G9K / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / Tubulin beta chain / Tubulin tyrosine ligase / Tubulin beta chain / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.853 Å
データ登録者Kumar, G. / Wang, Y. / Li, W. / White, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA148706 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural Modification of the 3,4,5-Trimethoxyphenyl Moiety in the Tubulin Inhibitor VERU-111 Leads to Improved Antiproliferative Activities.
著者: Wang, Q. / Arnst, K.E. / Wang, Y. / Kumar, G. / Ma, D. / Chen, H. / Wu, Z. / Yang, J. / White, S.W. / Miller, D.D. / Li, W.
履歴
登録2018年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,03320
ポリマ－261,3056
非ポリマー3,72814
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.536, 157.894, 182.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 2 through 273 or resid 284...
21(chain D and (resid 2 through 121 or (resid 122...
12(chain A and (resid 1 through 279 or (resid 280...
22(chain C and (resid 1 through 162 or (resid 163...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGLEULEU(chain B and (resid 2 through 273 or resid 284...BB2 - 2732 - 273
121LEULEUPROPRO(chain B and (resid 2 through 273 or resid 284...BB284 - 358284 - 358
131ARGARGARGARG(chain B and (resid 2 through 273 or resid 284...BB359359
141ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 273 or resid 284...BB2 - 4282 - 428
151ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 273 or resid 284...BB2 - 4282 - 428
161ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 273 or resid 284...BB2 - 4282 - 428
171ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 273 or resid 284...BB2 - 4282 - 428
211ARGARGARGARG(chain D and (resid 2 through 121 or (resid 122...DD2 - 1212 - 121
221LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 2 through 121 or (resid 122...DD122122
231METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 121 or (resid 122...DD1 - 4311 - 431
241METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 121 or (resid 122...DD1 - 4311 - 431
251METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 121 or (resid 122...DD1 - 4311 - 431
261METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 121 or (resid 122...DD1 - 4311 - 431
112METMETGLUGLU(chain A and (resid 1 through 279 or (resid 280...AA1 - 2791 - 279
122LYSLYSALAALA(chain A and (resid 1 through 279 or (resid 280...AA280 - 281280 - 281
132METMETVALVAL(chain A and (resid 1 through 279 or (resid 280...AA1 - 4371 - 437
142METMETVALVAL(chain A and (resid 1 through 279 or (resid 280...AA1 - 4371 - 437
152METMETVALVAL(chain A and (resid 1 through 279 or (resid 280...AA1 - 4371 - 437
162METMETVALVAL(chain A and (resid 1 through 279 or (resid 280...AA1 - 4371 - 437
212METMETGLYGLY(chain C and (resid 1 through 162 or (resid 163...CC1 - 1621 - 162
222LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 1 through 162 or (resid 163...CC163163
232METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 162 or (resid 163...CC1 - 4401 - 440
242METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 162 or (resid 163...CC1 - 4401 - 440
252METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 162 or (resid 163...CC1 - 4401 - 440
262METMETVALVAL(chain C and (resid 1 through 162 or (resid 163...CC1 - 4401 - 440

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AGU7, UniProt: P02554*PLUS
#3: タンパク質 Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin tyrosine ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 106分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-G9K / [2-(1H-indol-3-yl)-1H-imidazol-4-yl](8-methoxy-1,4-benzodioxin-6-yl)methanone


分子量: 373.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H15N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 6% PEG 4000, 5% Glycerol, 0.1 M MES, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 71390 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 51.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.227 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.246 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.927.10.83647110.7380.3380.9020.992100
2.92-2.9970.72446670.8030.2950.7830.985100
2.99-3.0770.58646810.8430.2380.6331.01100
3.07-3.166.90.48147340.8820.1970.521.034100
3.16-3.266.80.42346880.8740.1750.4591.028100
3.26-3.386.60.35247120.9250.1480.3821.007100
3.38-3.516.30.29847580.9360.1280.3251.021100
3.51-3.6770.26247040.9480.1060.2831.014100
3.67-3.8770.23347500.960.0950.2520.967100
3.87-4.116.90.21347290.9580.0870.230.937100
4.11-4.436.60.19447600.9560.0810.2110.9100
4.43-4.876.60.18147760.9590.0760.1970.859100
4.87-5.5870.18248230.9640.0740.1960.829100
5.58-7.026.40.17248620.9620.0730.1870.808100
7.02-506.50.2150350.9180.0890.2291.21499.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.853→45.65 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 4083 5.88 %
Rwork0.1919 --
obs0.1952 69423 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 183.89 Å2 / Biso mean: 59.2183 Å2 / Biso min: 19.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.853→45.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17202 0 250 92 17544
Biso mean--62.22 43.29 -
残基数----2178
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B3950X-RAY DIFFRACTION11.459TORSIONAL
12D3950X-RAY DIFFRACTION11.459TORSIONAL
21A3871X-RAY DIFFRACTION11.459TORSIONAL
22C3871X-RAY DIFFRACTION11.459TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8531-2.88670.3592950.28831679177473
2.8867-2.92190.32751320.26742011214387
2.9219-2.95890.33851220.27032102222492
2.9589-2.99780.32621190.26492200231995
2.9978-3.03890.33291440.25632237238198
3.0389-3.08230.34181410.25012254239598
3.0823-3.12830.331410.24642261240299
3.1283-3.17710.27411470.23882264241199
3.1771-3.22920.30511380.23892268240699
3.2292-3.28490.32721510.2332303245499
3.2849-3.34460.26861370.22462262239999
3.3446-3.40890.29041380.21832281241999
3.4089-3.47850.28771540.20842264241899
3.4785-3.55410.30431350.20382288242399
3.5541-3.63670.27171570.19642284244199
3.6367-3.72760.25321330.183422972430100
3.7276-3.82840.22171370.18362292242999
3.8284-3.9410.24531570.17242271242899
3.941-4.06810.21031460.16632303244999
4.0681-4.21340.24861350.161123262461100
4.2134-4.38190.19811590.15722285244499
4.3819-4.58120.21831390.14412288242798
4.5812-4.82250.17271300.14562301243199
4.8225-5.12420.18671470.14762322246999
5.1242-5.51930.20631420.169223492491100
5.5193-6.07360.21891370.182623432480100
6.0736-6.94980.23451490.18912363251299
6.9498-8.74590.19961570.17952351250899
8.7459-45.6560.24221640.21042291245592
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.2047 Å / Origin y: -44.289 Å / Origin z: -26.6618 Å
111213212223313233
T0.1436 Å2-0.0281 Å2-0.002 Å2-0.2706 Å2-0.0106 Å2--0.3166 Å2
L0.225 °20.0295 °20.1791 °2-0.7413 °20.6571 °2--1.182 °2
S-0.064 Å °-0.0141 Å °-0.0161 Å °-0.0516 Å °0.1073 Å °0.0076 Å °-0.0476 Å °0.0686 Å °-0.0361 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 437
2X-RAY DIFFRACTION1allA501
3X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 428
4X-RAY DIFFRACTION1allB501
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 440
6X-RAY DIFFRACTION1allC501
7X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 431
8X-RAY DIFFRACTION1allE6 - 141
9X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 380
10X-RAY DIFFRACTION1allL1
11X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 2
12X-RAY DIFFRACTION1allN1 - 2
13X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 3
14X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 126
15X-RAY DIFFRACTION1allO1 - 2
16X-RAY DIFFRACTION1allG1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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