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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b4w | |||||||||
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タイトル | TTK in Complex with Inhibitor | |||||||||
要素 | Dual specificity protein kinase TTK | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Protein kinase (プロテインキナーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to meiotic spindle midzone / meiotic spindle assembly checkpoint signaling / kinetochore binding / female meiosis chromosome segregation / protein localization to kinetochore / dual-specificity kinase / spindle organization / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / mitotic spindle organization ...protein localization to meiotic spindle midzone / meiotic spindle assembly checkpoint signaling / kinetochore binding / female meiosis chromosome segregation / protein localization to kinetochore / dual-specificity kinase / spindle organization / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle / 動原体 / protein tyrosine kinase activity / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Delker, S. / Chamberlain, P.P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: The Discovery of a Dual TTK Protein Kinase/CDC2-Like Kinase (CLK2) Inhibitor for the Treatment of Triple Negative Breast Cancer Initiated from a Phenotypic Screen. 著者: Riggs, J.R. / Nagy, M. / Elsner, J. / Erdman, P. / Cashion, D. / Robinson, D. / Harris, R. / Huang, D. / Tehrani, L. / Deyanat-Yazdi, G. / Narla, R.K. / Peng, X. / Tran, T. / Barnes, L. / ...著者: Riggs, J.R. / Nagy, M. / Elsner, J. / Erdman, P. / Cashion, D. / Robinson, D. / Harris, R. / Huang, D. / Tehrani, L. / Deyanat-Yazdi, G. / Narla, R.K. / Peng, X. / Tran, T. / Barnes, L. / Miller, T. / Katz, J. / Tang, Y. / Chen, M. / Moghaddam, M.F. / Bahmanyar, S. / Pagarigan, B. / Delker, S. / LeBrun, L. / Chamberlain, P.P. / Calabrese, A. / Canan, S.S. / Leftheris, K. / Zhu, D. / Boylan, J.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b4w.cif.gz | 69 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b4w.ent.gz | 49.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b4w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34872.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 515-795 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTK, MPS1, MPS1L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33981, dual-specificity kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CQ7 / |
#3: 化合物 | ChemComp-CAC / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM Sodium Cacodylate, 200mM Potassium Thiocyanate, 15% PEG 4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50.01 Å / Num. obs: 10272 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 14 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 14.587 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.724 / ESU R Free: 0.348 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.947 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→50.01 Å
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拘束条件 |
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