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万見
- PDB-6a93: Crystal structure of 5-HT2AR in complex with risperidone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a93
タイトルCrystal structure of 5-HT2AR in complex with risperidone
要素5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoskeleton / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / serotonin receptor signaling pathway / セロトニン受容体 / artery smooth muscle contraction ...protein localization to cytoskeleton / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / serotonin receptor signaling pathway / セロトニン受容体 / artery smooth muscle contraction / cell body fiber / urinary bladder smooth muscle contraction / serotonin binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / temperature homeostasis / regulation of dopamine secretion / protein tyrosine kinase activator activity / behavioral response to cocaine / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / negative regulation of potassium ion transport / activation of phospholipase C activity / positive regulation of fat cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of vasoconstriction / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of glycolytic process / dendritic shaft / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / カベオラ / glycolytic process / intracellular calcium ion homeostasis / 記憶 / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / virus receptor activity / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / cytoplasmic vesicle / postsynaptic membrane / G alpha (q) signalling events / electron transfer activity / ペリプラズム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / 神経繊維 / 樹状突起 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2A receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8NU / コレステロール / パルミチン酸 / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kimura, T.K. / Asada, H. / Inoue, A. / Kadji, F.M.N. / Im, D. / Mori, C. / Arakawa, T. / Hirata, K. / Nomura, Y. / Nomura, N. ...Kimura, T.K. / Asada, H. / Inoue, A. / Kadji, F.M.N. / Im, D. / Mori, C. / Arakawa, T. / Hirata, K. / Nomura, Y. / Nomura, N. / Aoki, J. / Iwata, S. / Shimamura, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structures of the 5-HT2Areceptor in complex with the antipsychotics risperidone and zotepine.
著者: Kimura, K.T. / Asada, H. / Inoue, A. / Kadji, F.M.N. / Im, D. / Mori, C. / Arakawa, T. / Hirata, K. / Nomura, Y. / Nomura, N. / Aoki, J. / Iwata, S. / Shimamura, T.
履歴
登録2018年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
B: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,49311
ポリマ－83,8622
非ポリマー2,6319
水0
1
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5087
ポリマ－41,9311
非ポリマー1,5776
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9854
ポリマ－41,9311
非ポリマー1,0543
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)277.720, 42.150, 91.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 / 5-HT-2A / Serotonin receptor 2A / Cytochrome b-562


分子量: 41931.051 Da / 分子数: 2 / 変異: S162K, M164W, R120I, H124I, R128G, M29W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2A, HTR2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28223, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 5種, 9分子

#2: 化合物 ChemComp-8NU / 3-[2-[4-(6-fluoranyl-1,2-benzoxazol-3-yl)piperidin-1-yl]ethyl]-2-methyl-6,7,8,9-tetrahydropyrido[1,2-a]pyrimidin-4-one / リスペリドン / リスペリドン


分子量: 410.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27FN4O2 / コメント: 抗精神病薬*YM
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM MES, pH 6.0-6.5, 28-31% (v/v) PEG 400, 120-200 mM Am-formate, 1-2% (v/v) DMSO
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.707→46.241 Å / Num. obs: 29971 / % possible obs: 83.96 % / 冗長度: 22.4 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.63
反射 シェル解像度: 2.707→2.8 Å / CC1/2: 0.677

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3150)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RH1

2rh1


解像度: 3→46.241 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 26.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 1011 5.49 %
Rwork0.2435 --
obs0.2452 18429 83.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5723 0 166 0 5889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036018
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6518173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0153602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.15810.339620.29071095X-RAY DIFFRACTION38
3.1581-3.3560.32541140.27471851X-RAY DIFFRACTION63
3.356-3.6150.31511370.25652511X-RAY DIFFRACTION86
3.615-3.97860.28831800.24482927X-RAY DIFFRACTION100
3.9786-4.55390.25751680.22522965X-RAY DIFFRACTION100
4.5539-5.73570.24481680.23152976X-RAY DIFFRACTION100
5.7357-46.24630.24341820.23723093X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1936-1.16970.59051.8780.06481.1415-0.1091-1.34210.42840.45940.30770.10810.1091-0.2851-0.13250.5154-0.08690.19161.3779-0.55430.97820.68084.507670.7583
20.44970.00880.07430.86510.08151.22570.0286-0.22350.05840.2888-0.06920.4928-0.0268-0.86470.06870.21090.08720.1726-0.27130.06720.400241.8946-1.37553.2675
31.7848-0.7023-2.13473.7405-0.27192.9094-0.0123-0.7017-0.19770.28840.17190.32550.04620.1452-0.0980.3981-0.13960.20181.3501-0.00120.798124.5504-3.46169.6949
46.546-1.8029-0.90273.7576-0.37793.83120.3680.3353-0.04670.3171-0.02030.48780.7016-0.5326-0.33840.4906-0.10530.12530.7173-0.10530.30724.603-7.512229.8674
51.16420.5428-0.75271.05630.22820.91910.06030.33860.70290.0412-0.1023-0.1685-0.1471-0.09620.08830.4610.10310.35981.23190.35621.247823.09757.898820.9241
63.2142-0.081-0.9690.82590.18380.49750.2516-0.04890.4006-0.13740.2494-0.1415-0.2423-0.0994-0.27760.54660.0040.25131.63440.24050.75564.23436.03491.4453
73.3432-0.2925-1.96350.81750.09751.16610.0383-0.01520.2078-0.1792-0.0915-0.24370.0368-0.168-0.01780.48540.07820.23651.43830.08080.571847.5158-0.45839.8685
80.1001-0.19160.12515.6639-0.66330.23810.25581.19270.4267-0.6346-0.21871.03250.0815-0.55610.00720.4964-0.08760.04591.7777-0.1810.675518.1288-6.554715.568
90.8963-1.78790.87654.4756-2.18792.82690.28530.90820.05840.1828-0.0835-0.40920.72840.586-0.22480.3547-0.072-0.13930.7142-0.07950.37944.3721-7.126832.173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 69 through 144 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 145 through 265 ) or (resid 1001 through 1106 ) or (resid 313 through 348 ))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 349 through 399 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 72 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 102 through 243 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and ((resid 244 through 265 ) or (resid 1001 through 1083 ))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and ((resid 1084 through 1106 ) or (resid 313 through 348 ))
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 349 through 382 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 383 through 401 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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