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- PDB-6a94: Crystal structure of 5-HT2AR in complex with zotepine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a94
タイトルCrystal structure of 5-HT2AR in complex with zotepine
要素5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of heat generation / protein localization to cytoskeleton / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / Serotonin receptors / serotonin receptor activity ...positive regulation of heat generation / protein localization to cytoskeleton / 1-(4-iodo-2,5-dimethoxyphenyl)propan-2-amine binding / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / neurofilament / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / cell body fiber / G protein-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / artery smooth muscle contraction / positive regulation of cytokine production involved in immune response / serotonin receptor signaling pathway / sensitization / urinary bladder smooth muscle contraction / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of DNA biosynthetic process / temperature homeostasis / regulation of dopamine secretion / behavioral response to cocaine / negative regulation of potassium ion transport / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of execution phase of apoptosis / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of fat cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of vasoconstriction / release of sequestered calcium ion into cytosol / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / dendritic shaft / positive regulation of glycolytic process / glycolytic process / electron transport chain / caveola / memory / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2A receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...5-Hydroxytryptamine 2A receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / CHOLESTEROL / PALMITIC ACID / Chem-ZOT / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kimura, T.K. / Asada, H. / Inoue, A. / Kadji, F.M.N. / Im, D. / Mori, C. / Arakawa, T. / Hirata, K. / Nomura, Y. / Nomura, N. ...Kimura, T.K. / Asada, H. / Inoue, A. / Kadji, F.M.N. / Im, D. / Mori, C. / Arakawa, T. / Hirata, K. / Nomura, Y. / Nomura, N. / Aoki, J. / Iwata, S. / Shimamura, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structures of the 5-HT2Areceptor in complex with the antipsychotics risperidone and zotepine.
著者: Kimura, K.T. / Asada, H. / Inoue, A. / Kadji, F.M.N. / Im, D. / Mori, C. / Arakawa, T. / Hirata, K. / Nomura, Y. / Nomura, N. / Aoki, J. / Iwata, S. / Shimamura, T.
履歴
登録2018年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
B: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,21610
ポリマ－83,8622
非ポリマー2,3548
水00
1
A: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9535
ポリマ－41,9311
非ポリマー1,0224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2635
ポリマ－41,9311
非ポリマー1,3314
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)279.180, 42.220, 91.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 5-hydroxytryptamine receptor 2A,Soluble cytochrome b562 / 5-HT-2A / Serotonin receptor 2A / Cytochrome b-562


分子量: 41931.051 Da / 分子数: 2 / 変異: S162K, M164W,R120I, H124I, R128G, M29W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2A, HTR2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28223, UniProt: P0ABE7

-
非ポリマー , 6種, 8分子

#2: 化合物 ChemComp-ZOT / 2-(3-chloranylbenzo[b][1]benzothiepin-5-yl)oxy-N,N-dimethyl-ethanamine / ゾテピン


分子量: 331.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18ClNOS / コメント: 抗精神病薬*YM
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#7: 化合物 ChemComp-A6L / 2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / monoolein / モノオレイン


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM MES, pH 6.0, or HEPES, pH 7.0, 30% (v/v) PEG400, 100 mM Li-chloride, Na-acetate, or 14 other various salts from StockOptions Salt (Hampton Research)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.822 Å / Num. obs: 30115 / % possible obs: 86.66 % / 冗長度: 21.1 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.48
反射 シェル解像度: 2.71→2.86 Å / CC1/2: 0.677

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RH1

2rh1


解像度: 2.9→45.822 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 27.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1064 5.04 %
Rwork0.236 --
obs0.2378 21132 86.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.822 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5723 0 147 0 5870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6298141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1243606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04967
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004978
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.0320.3687460.26831021X-RAY DIFFRACTION35
3.032-3.19180.2683990.26331900X-RAY DIFFRACTION67
3.1918-3.39170.34491450.26912577X-RAY DIFFRACTION91
3.3917-3.65350.29171460.24292870X-RAY DIFFRACTION100
3.6535-4.0210.25331530.22762892X-RAY DIFFRACTION100
4.021-4.60230.21941540.20592907X-RAY DIFFRACTION100
4.6023-5.79660.24181540.23162879X-RAY DIFFRACTION100
5.7966-45.82810.27751670.23313022X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2709-0.7377-0.65090.9383-0.26680.68220.0612-0.91350.25840.23060.03270.0778-0.059-0.008-0.08920.378-0.02450.13011.4088-0.54920.893421.22724.144470.4427
20.53130.28280.16620.6859-0.04080.990.09-0.19950.12640.18060.08710.1949-0.0994-0.53920.11450.20650.00020.0585-0.02090.03220.239542.2713-2.017552.9519
35.4240.3031-1.77013.2623-0.36231.24160.0976-0.96130.270.2463-0.04330.3860.00180.0369-0.03030.3325-0.1530.11651.255-0.02770.619724.9273-3.406769.0742
44.502-0.7884-0.73722.42490.40011.478-0.1830.62290.2863-0.02610.19320.15570.2922-0.32520.040.2686-0.09330.06540.710.01530.30525.1056-2.246828.0341
54.75472.1441-3.05653.5089-0.59542.89930.22570.56071.0591-0.1535-0.04320.0299-0.3028-0.103-0.19770.43930.01160.02681.16940.41640.901727.689612.594919.7663
62.09130.0108-0.6450.10080.07480.2568-0.04110.42150.0897-0.110.20840.1475-0.0167-0.1929-0.08360.5046-0.03660.20371.66290.36020.846236.30065.73246.7995
79.8327-0.1414-1.70137.2245-1.84510.77840.34070.12020.9797-0.16150.0117-0.3207-0.0594-0.0383-0.33710.5063-0.00120.22981.6768-0.12310.910477.331311.220.762
80.03770.17640.06680.830.19410.2524-0.05120.84210.3274-0.2075-0.0339-0.13440.0148-0.31890.09290.34580.01340.05891.40910.08010.479238.7504-2.387215.4287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 69 through 144 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resid 145 through 265 ) or (resid 1001 through 1106 ) or (resid 313 through 348 ))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 349 through 399 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 72 through 144 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 145 through 216 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and ((resid 217 through 265 ) or (resid 1001 through 1018 ))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1019 through 1083 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and ((resid 1084 through 1106 ) or (resid 313 through 401 ))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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