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- PDB-4iar: Crystal structure of the chimeric protein of 5-HT1B-BRIL in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iar
タイトルCrystal structure of the chimeric protein of 5-HT1B-BRIL in complex with ergotamine (PSI Community Target)
要素Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 1B and E. Coli soluble cytochrome b562
キーワードSIGNALING PROTEIN / ELECTRON TRANSPORT / ergotamine / Novel protein engineering / GPCR Network / Membrane protein / PSI-Biology / Structural Genomics / GPCR / GPCR Dock
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / serotonergic synapse / Gi/o-coupled serotonin receptor activity / regulation of behavior / G protein-coupled serotonin receptor complex / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion / Serotonin receptors ...negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / serotonergic synapse / Gi/o-coupled serotonin receptor activity / regulation of behavior / G protein-coupled serotonin receptor complex / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / drinking behavior / G protein-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / bone remodeling / serotonin binding / vasoconstriction / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to alkaloid / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of dopamine secretion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calyx of Held / response to cocaine / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / response to ethanol / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / dendrite / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 1B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...5-Hydroxytryptamine 1B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ergotamine / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, C. / Jiang, Y. / Ma, J. / Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Han, G.W. / Liu, W. / Huang, X. / Vardy, E. ...Wang, C. / Jiang, Y. / Ma, J. / Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Han, G.W. / Liu, W. / Huang, X. / Vardy, E. / McCorvy, J.D. / Gao, X. / Zhou, E.X. / Melcher, K. / Zhang, C. / Bai, F. / Yang, H. / Yang, L. / Jiang, H. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Xu, H.E. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structural basis for molecular recognition at serotonin receptors.
著者: Wang, C. / Jiang, Y. / Ma, J. / Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Han, G.W. / Liu, W. / Huang, X.P. / Vardy, E. / McCorvy, J.D. / Gao, X. / Zhou, X.E. / Melcher, K. / Zhang, C. / Bai, F. / ...著者: Wang, C. / Jiang, Y. / Ma, J. / Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Han, G.W. / Liu, W. / Huang, X.P. / Vardy, E. / McCorvy, J.D. / Gao, X. / Zhou, X.E. / Melcher, K. / Zhang, C. / Bai, F. / Yang, H. / Yang, L. / Jiang, H. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Xu, H.E.
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22013年5月15日Group: Database references
改定 1.32013年12月18日Group: Derived calculations
改定 1.42017年6月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.52017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.62022年2月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq ...database_2 / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.82024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 1B and E. Coli soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2113
ポリマ－45,2731
非ポリマー9382
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.290, 45.500, 74.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 1B and E. Coli soluble cytochrome b562


分子量: 45272.680 Da / 分子数: 1 / 変異: L138W, M29W, H124I, R128L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR1B, HTR1DB, cybC / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P28222, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-ERM / Ergotamine / エルゴタミン


分子量: 581.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35N5O5 / コメント: 神経伝達物質, alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 47

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris pH 7.5, 30% (v/v) PEG400, 400 mM lithium chloride , Lipid Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.033
シンクロトロンAPS 21-ID-D21.033
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2012年8月1日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年8月1日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 16979 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 56.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 64.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC精密化
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EIY

4eiy


解像度: 2.7→25.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9373 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9137 / SU R Cruickshank DPI: 0.485 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 871 5.17 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.2249 16860 92.39 %-
原子変位パラメータBiso mean: 81.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.563 Å20 Å21.6727 Å2
2---12.4672 Å20 Å2
3---4.9042 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.463 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2933 0 57 9 2999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013072HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.024216HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1343SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes443HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3072HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion428SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3656SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.89 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3322 109 4.76 %
Rwork0.2369 2183 -
all0.2415 2292 -
obs--92.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00750.09041.20790.41670.20183.4459-0.0383-0.0165-0.056-0.0124-0.0611-0.06280.0785-0.51770.0994-0.3290.0148-0.07320.3376-0.0708-0.25631.9397-18.032219.7124
26.45471.2405-0.09330.87550.6231.5313-0.04260.2053-0.1141-0.07770.0003-0.00070.05410.23840.0423-0.2838-0.0201-0.11420.20920.0612-0.066344.0764-10.109230.2923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|38 - A|387 }A38 - 387
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001- A|1106 }A1001 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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