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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xwy | ||||||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / Cas13a / CRISPR / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||||||||
機能・相同性 | : / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Leptotrichia buccalis (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Wang, Y. / Ma, J. / Liu, L. / Li, X. / Li, Z. / You, L. / Wang, J. / Wang, M. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: The Molecular Architecture for RNA-Guided RNA Cleavage by Cas13a. 著者: Liang Liu / Xueyan Li / Jun Ma / Zongqiang Li / Lilan You / Jiuyu Wang / Min Wang / Xinzheng Zhang / Yanli Wang / 要旨: Cas13a, a type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, degrades invasive RNAs targeted by CRISPR RNA (crRNA) and has potential applications in RNA technology. To understand how Cas13a ...Cas13a, a type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, degrades invasive RNAs targeted by CRISPR RNA (crRNA) and has potential applications in RNA technology. To understand how Cas13a is activated to cleave RNA, we have determined the crystal structure of Leptotrichia buccalis (Lbu) Cas13a bound to crRNA and its target RNA, as well as the cryo-EM structure of the LbuCas13a-crRNA complex. The crRNA-target RNA duplex binds in a positively charged central channel of the nuclease (NUC) lobe, and Cas13a protein and crRNA undergo a significant conformational change upon target RNA binding. The guide-target RNA duplex formation triggers HEPN1 domain to move toward HEPN2 domain, activating the HEPN catalytic site of Cas13a protein, which subsequently cleaves both single-stranded target and collateral RNAs in a non-specific manner. These findings reveal how Cas13a of type VI CRISPR-Cas systems defend against RNA phages and set the stage for its development as a tool for RNA manipulation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xwy.cif.gz | 266.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xwy.ent.gz | 208.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xwy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xwy_validation.pdf.gz | 773.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xwy_full_validation.pdf.gz | 782.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5xwy_validation.xml.gz | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xwy_validation.cif.gz | 53.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/5xwy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138555.156 Da / 分子数: 1 / 変異: R1048A, H1053A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leptotrichia buccalis (strain ATCC 14201 / DSM 1135 / JCM 12969 / NCTC 10249 / C-1013-b) (バクテリア) 株: ATCC 14201 / DSM 1135 / JCM 12969 / NCTC 10249 / C-1013-b 遺伝子: Lebu_1799 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7NBY4 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 18869.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: LbuCas13a-crRNA binary complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Leptotrichia buccalis (バクテリア) / 株: ATCC 14201 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2411: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238758 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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