登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vx9 |
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タイトル | VP8* of P[6] Human Rotavirus RV3 in complex with LNFP1 |
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要素 | Outer capsid protein VP4 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Glycan (糖鎖) / HBGA / rotavirus (ロタウイルス) |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / 生体膜類似検索 - 分子機能 Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta類似検索 - ドメイン・相同性 |
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生物種 | Human rotavirus A (ウイルス) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.822 Å |
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データ登録者 | Hu, L. / Venkataram Prasad, B.V. |
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資金援助 | 米国, 2件 組織 | 認可番号 | 国 |
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National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) | AI36040 | 米国 | Robert A. Welch Foundation | Q1279 | 米国 |
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Glycan recognition in globally dominant human rotaviruses. 著者: Hu, L. / Sankaran, B. / Laucirica, D.R. / Patil, K. / Salmen, W. / Ferreon, A.C.M. / Tsoi, P.S. / Lasanajak, Y. / Smith, D.F. / Ramani, S. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Ferreon, J.C. / Prasad, B.V.V. |
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履歴 | 登録 | 2017年5月23日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2018年7月18日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2019年12月11日 | Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization |
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改定 2.0 | 2020年7月29日 | Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation |
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改定 2.1 | 2023年10月4日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag |
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