[日本語] English
万見
- PDB-5vki: Crystal structure of P[19] rotavirus VP8* complexed with mucin core 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vki
タイトルCrystal structure of P[19] rotavirus VP8* complexed with mucin core 2
要素Outer capsid protein VP4
キーワードVIRAL PROTEIN / complex / P[19]VP8* / mucin core 2
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THREONINE / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Human rotavirus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Xu, S. / Liu, Y. / Woodruff, A. / Zhong, W. / Jiang, X. / Kennedy, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R56AI11483-01A1 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of glycan specificity of P[19] VP8*: Implications for rotavirus zoonosis and evolution.
著者: Liu, Y. / Xu, S. / Woodruff, A.L. / Xia, M. / Tan, M. / Kennedy, M.A. / Jiang, X.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP4
B: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,12010
ポリマ－36,3322
非ポリマー1,7888
水3,639202
1
A: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0605
ポリマ－18,1661
非ポリマー8944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer capsid protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0605
ポリマ－18,1661
非ポリマー8944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.861, 115.861, 101.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 64 - 223 / Label seq-ID: 1 - 160

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.000217, 1, -0.000318), (1, -0.000217, 0.000254), (0.000254, -0.000318, -1)-9.0E-5, 0.00383, -18.764669

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Outer capsid protein VP4 / VP8*


分子量: 18166.168 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 64-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus A (ウイルス) / 遺伝子: VP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7YCM0
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3[DGlcpNAcb1-6]DGalpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 208分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 1.0 M lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月22日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32.55 Å / Num. all: 52865 / Num. obs: 52865 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.195 / Rsym value: 0.182 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 401407
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-27.50.7945793277360.8310.0230.0620.0572.4100
6.01-32.557.30.0571229916940.9970.0280.0760.0716.898.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5GJ6

5gj6


解像度: 1.9→32.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.335 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 2640 5 %RANDOM
Rwork0.2208 ---
obs0.2218 50115 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.63 Å2 / Biso mean: 26.892 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å2-0 Å20 Å2
2---1.46 Å2-0 Å2
3---2.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→32.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2562 0 116 202 2880
Biso mean--47.07 34.2 -
残基数----320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5121.933744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7652.9535582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4485318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.16624.615130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.79815428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6591510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02532
Refine LS restraints NCS数: 1281 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 0.97 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.523 185 -
Rwork0.507 3657 -
all-3842 -
obs--98.41 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る