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万見
- PDB-5v59: Crystal structure of catalytic fragment of human AlaRS in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v59
タイトルCrystal structure of catalytic fragment of human AlaRS in complex with Aze-SA
要素Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Aminoacyl-tRNA synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) / Non-proteinogenic amino acid (タンパク質を構成しないアミノ酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytoplasmic translational fidelity / Ser-tRNA(Ala) hydrolase activity / アラニンtRNAリガーゼ / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / cerebellar Purkinje cell layer development / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA modification / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity ...regulation of cytoplasmic translational fidelity / Ser-tRNA(Ala) hydrolase activity / アラニンtRNAリガーゼ / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / cerebellar Purkinje cell layer development / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA modification / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA processing / amino acid binding / neuromuscular process controlling balance / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / tRNA binding / ミトコンドリア / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain ...Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8X1 / Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Zhou, H. / Song, Y. / Schimmel, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM23562 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Double mimicry evades tRNA synthetase editing by toxic vegetable-sourced non-proteinogenic amino acid.
著者: Song, Y. / Zhou, H. / Vo, M.N. / Shi, Y. / Nawaz, M.H. / Vargas-Rodriguez, O. / Diedrich, J.K. / Yates, J.R. / Kishi, S. / Musier-Forsyth, K. / Schimmel, P.
履歴
登録2017年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7442
ポリマ－53,3141
非ポリマー4291
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.330, 67.270, 86.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 136.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic / Alanyl-tRNA synthetase / AlaRS / Renal carcinoma antigen NY-REN-42


分子量: 53314.195 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (UNP residues 1-455) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AARS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49588, アラニンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-8X1 / 5'-O-{[(2S)-azetidine-2-carbonyl]sulfamoyl}adenosine


分子量: 429.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N7O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 25% PEG6000, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→59.734 Å / Num. obs: 27565 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 10.5 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.03-2.143.70.322.438000.1890.3730.3294.8
2.14-2.273.90.2193.50.1270.2540.219100
2.27-2.433.90.1684.50.0970.1950.168100
2.43-2.6240.1226.10.070.1410.122100
2.62-2.8740.0829.20.0470.0950.082100
2.87-3.2140.05313.70.030.0610.053100
3.21-3.7140.03619.50.020.0410.036100
3.71-4.5440.035170.020.0410.035100
4.54-6.4340.03516.40.020.040.035100
6.43-42.9243.90.02621.10.0150.030.02699.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4XEM

4xem


解像度: 2.03→59.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 8.107 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.158
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 1390 5 %RANDOM
Rwork0.1799 ---
obs0.1817 26163 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.87 Å2 / Biso mean: 26.974 Å2 / Biso min: 3.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å2-1.12 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→59.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2996 0 29 245 3270
Biso mean--20.63 23.53 -
残基数----379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.9694297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7165401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.80724.568162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34515525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1121521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212463
LS精密化 シェル解像度: 2.034→2.087 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 93 -
Rwork0.251 1803 -
all-1896 -
obs--93.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61950.85820.12371.8195-0.171.7358-0.0748-0.0701-0.3075-0.08950.1075-0.0470.1984-0.0337-0.03270.07790.0045-0.0060.0460.03250.0556-12.4958-9.427318.5329
21.22140.0649-0.09171.0861-0.01821.59240.0154-0.02840.0879-0.08240.0210.185-0.1435-0.3133-0.03640.07520.0457-0.01840.08690.02690.0689-22.74262.31139.4731
31.5653-0.1884-0.13443.30040.73252.5598-0.02570.17310.1188-0.2120.0514-0.0866-0.1638-0.0884-0.02570.05610.0079-0.01840.07310.0460.06-16.3936-0.15634.8469
41.34310.49040.07371.21520.531.02-0.022-0.24530.05320.00010.1049-0.1275-0.06030.1672-0.08290.06160.00990.00410.0982-0.03520.02513.58724.352223.5039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2A88 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3A170 - 236
4X-RAY DIFFRACTION4A237 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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