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- PDB-5tpk: Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC7-8 V875A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tpk
タイトルCrystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC7-8 V875A
要素Protocadherin-15
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / hearing (聴覚) / mechanotransduction / adhesion (接着) / calcium-binding protein (カルシウム結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / 平衡感覚 / sensory perception of light stimulus / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / non-motile cilium assembly / photoreceptor cell maintenance ...detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / 平衡感覚 / sensory perception of light stimulus / inner ear receptor cell stereocilium organization / righting reflex / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / inner ear auditory receptor cell differentiation / stereocilium / non-motile cilium assembly / photoreceptor cell maintenance / auditory receptor cell stereocilium organization / adult walking behavior / startle response / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / 視覚 / locomotory behavior / actin filament organization / morphogenesis of an epithelium / sensory perception of sound / multicellular organism growth / response to calcium ion / 細胞接着 / シナプス / calcium ion binding / extracellular space / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Extracellular cadherin domain / Protocadherin-15 / Extracellular Cadherin domain / カドヘリン / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like ...Extracellular cadherin domain / Protocadherin-15 / Extracellular Cadherin domain / カドヘリン / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chen, C. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R00 DC012534 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural determinants of protocadherin-15 mechanics and function in hearing and balance perception.
著者: Choudhary, D. / Narui, Y. / Neel, B.L. / Wimalasena, L.N. / Klanseck, C.F. / De-la-Torre, P. / Chen, C. / Araya-Secchi, R. / Tamilselvan, E. / Sotomayor, M.
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protocadherin-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3995
ポリマ－24,2391
非ポリマー1604
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.796, 22.990, 70.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protocadherin-15 /


分子量: 24239.008 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain residues 715-924 / 変異: V875A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pcdh15 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99PJ1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M AMMONIUM CHLORIDE, 10% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo-Jet crystal cryocoolers
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70.17 Å / Num. obs: 15280 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 23.12
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 82.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XHZ

4xhz


解像度: 2→70.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.663 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22897 711 4.8 %RANDOM
Rwork0.18995 ---
obs0.19177 14026 96.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.95 Å2-0 Å2-1.37 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→70.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1572 0 4 121 1697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.9492223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8833483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3595204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74324.30479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.30215245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.062159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9162.529810
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9172.527809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6033.7771010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6023.7781011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8482.669814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8482.667812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4333.9631211
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.00630.4061705
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.90329.9661682
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 48 -
Rwork0.211 877 -
obs--81.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5490.1162-0.02442.45690.112.9710.02270.0865-0.026-0.35420.05020.12470.0746-0.3883-0.07290.0559-0.0227-0.01640.0943-0.00530.0212-30.6925-15.9745-10.603
26.28920.01832.27521.76050.13974.2247-0.0684-0.34130.15290.2009-0.04380.0574-0.0679-0.24560.11220.107-0.00360.03380.024-0.01320.04847.2615-9.595619.4973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A691 - 791
2X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1002
3X-RAY DIFFRACTION2A792 - 897
4X-RAY DIFFRACTION2A1003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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