PDB-5t8p: Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t8p

タイトル

Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) bound to benzoxepin compound 2

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / protein serine/threonine kinase /

NF-kappaB (NF-κB) /

MAP3K14

機能・相同性

機能・相同性情報

CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway /

MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / non-canonical NF-kappaB signal transduction /

MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction /

核小体 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Smith, M.A. / McEwan, P.A.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Design of Tricyclic NF-kappa B Inducing Kinase (NIK) Inhibitors That Have High Selectivity over Phosphoinositide-3-kinase (PI3K).
著者: Castanedo, G.M. / Blaquiere, N. / Beresini, M. / Bravo, B. / Brightbill, H. / Chen, J. / Cui, H.F. / Eigenbrot, C. / Everett, C. / Feng, J. / Godemann, R. / Gogol, E. / Hymowitz, S. / ...

履歴

登録	2016年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t8p.cif.gz	268.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t8p.ent.gz	219.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t8fC 5t8oC 5t8qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6myn-2 5t8q-2 4g3c-2 4nck-1 4dpf-d 4qsc-d 5f8u-1 4g3d-2 6prg-1 4k9h-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.850, 142.850, 45.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / Serine/threonine-protein kinase NIK 分子量: 38543.449 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 329-675 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, Nik / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WUL6, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-774 / 6,7-dihydrothieno[4,5]oxepino[1,2-~{c}]pyridine-2-carboxamide 分子量: 246.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀N₂O₂S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.3-0.9M ammonium sulphate, 0.05-0.1M sodium citrate, 0.7-1.0M Lithium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→71.43 Å / Num. obs: 40214 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.087 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.32→2.38 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.32→71.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 12.383 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	1920	4.8 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.183	38277	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→71.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5086	0	54	130	5270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	5269
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5150
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.989	7132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.974	3.004	11763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.488	5	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.588	23.379	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.417	15	909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.305	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5913
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.336	3.347	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.336	3.345	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.233	5.01	3263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.233	5.012	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.706	3.658	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.705	3.658	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.785	5.393	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.025	26.926	5781
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.025	26.93	5782
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	161	-
R_work	0.247	2836	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2961	0.7435	-0.7863	4.9512	-0.4981	4.9429	-0.0555	-0.1116	-0.0123	0.1019	0.0385	-0.2763	-0.0855	-0.0444	0.0169	0.0428	0.0536	-0.0403	0.0753	-0.073	0.1582	43.9123	43.084	2.4654
2	4.1639	-0.6086	0.3887	0.9129	0.4893	0.8413	-0.0071	0.1091	0.0991	0.0033	0.0462	-0.2563	0.0427	-0.028	-0.0391	0.0788	0.0307	0.0041	0.0812	-0.0332	0.1012	27.1008	49.2208	-0.1274
3	3.677	0.8839	1.2607	3.6846	1.4479	5.5029	-0.0553	-0.3787	0.1825	0.2853	-0.0858	0.0844	-0.2665	-0.1951	0.1411	0.0617	0.052	-0.0068	0.2138	-0.0311	0.0112	9.9	54.7894	6.6368
4	5.912	0.3376	0.0831	6.0121	-0.3125	4.3653	-0.063	-0.0383	0.1003	0.05	0.0158	-0.1958	-0.0804	0.0358	0.0471	0.0254	-0.0171	0.0446	0.0221	-0.0407	0.1116	71.9115	31.6462	-3.1898
5	3.6368	1.5956	0.1086	2.5181	0.4412	0.7534	-0.0179	0.0089	0.1874	-0.0616	0.0538	-0.1513	0.1059	-0.0515	-0.0359	0.0966	0.0109	0.0123	0.0415	-0.0035	0.0402	55.4106	23.778	-4.7349
6	3.2902	-0.5312	0.1851	3.273	-0.1511	5.3754	-0.0806	-0.0262	0.0787	0.004	0.1085	0.2746	0.0176	-0.5627	-0.0279	0.0441	-0.0525	-0.0183	0.1275	0.0315	0.0343	38.2288	16.545	-0.4928

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	334 - 410
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	411 - 543
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	544 - 675
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	334 - 410
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	411 - 554
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	555 - 674

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