PDB-4nck: Crystal Structure of Pyrococcus furiosis Rad50 R797G mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nck

タイトル

Crystal Structure of Pyrococcus furiosis Rad50 R797G mutation

要素

DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Adenosine Triphosphatase / DNA Repair / Fungal Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

double-strand break repair / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Classen, S. / Williams, G.J. / Arvai, A.S. / Williams, R.S.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: ATP-driven Rad50 conformations regulate DNA tethering, end resection, and ATM checkpoint signaling.
著者: Deshpande, R.A. / Williams, G.J. / Limbo, O. / Williams, R.S. / Kuhnlein, J. / Lee, J.H. / Classen, S. / Guenther, G. / Russell, P. / Tainer, J.A. / Paull, T.T.

履歴

登録	2013年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nck.cif.gz	358.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nck.ent.gz	297.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nck.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nck_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nck_full_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示
XML形式データ	4nck_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	4nck_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nck	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nchC 4nciC 4ncjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t8p-1 5t8q-2 5ef4-2 4g3e-2 6zgy-1 1k47-6 2qoc-d 6vzh-3 5zv2-2 3zos-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

B: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

ヘテロ分子

77.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.669, 68.065, 202.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	DNA double-strand break repair Rad50 ATPase 分子量: 38508.473 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-177 AND 726-882 / 変異: R797G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF1167, rad50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: P58301
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 100 mM Bicine, 6-14% PEG 20000, 2 mM Dioxane, pH 8.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	90	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.97945
シンクロトロン	ALS	12.3.1	2	1.11583

検出器

タイプ	ID	検出器
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 DOUBLE CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97945	1
2	1.11583	1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 89299 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 42.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 16.22

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.99-2.05		0.784	1.4	1,2	95.5
2.05-2.11		0.655	1.81	1,2	99.8
2.11-2.17		0.479	2.5	1,2	99.9
2.17-2.23		0.329	3.64	1,2	99.8
2.23-2.31		0.266	4.42	1,2	99.9
2.31-2.39		0.213	5.56	1,2	99.9
2.39-2.48		0.156	7.26	1,2	99.9
2.48-2.58		0.116	9.7	1,2	99.9
2.58-2.69		0.092	12.06	1,2	99.7
2.69-2.82		0.071	15.79	1,2	99.7
2.82-2.98		0.056	19.72	1,2	99.4
2.98-3.16		0.042	24.93	1,2	98.8
3.16-3.38		0.033	30.2	1,2	98.6
3.38-3.65		0.027	37.07	1,2	98.4
3.65-3.99		0.024	40.17	1,2	97.2
3.99-4.47		0.022	44.59	1,2	97
4.47-5.16		0.021	45.75	1,2	97.2
5.16-6.32		0.021	44.34	1,2	97.4
6.32-8.93		0.019	46.87	1,2	97.7
	8.93	0.017	47.41	1,2	87.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	dev_1233	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→48.245 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 23.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	3760	4.21 %
R_work	0.181	-	-
obs	0.1831	89253	98.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.3288 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→48.245 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4629	0	7	324	4960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4738
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.274	6430
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.645	1695
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	776
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.0198	0.2968	120	0.3028	2717	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0198-2.0464	0.3154	139	0.2826	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0464-2.0744	0.3357	141	0.2833	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0744-2.1041	0.311	139	0.2571	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1041-2.1355	0.2451	140	0.2439	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1355-2.1688	0.2931	142	0.2299	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1688-2.2044	0.2721	132	0.2161	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2044-2.2424	0.2301	144	0.2019	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2424-2.2832	0.2848	142	0.2091	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2832-2.3271	0.2331	141	0.2101	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3271-2.3746	0.2398	145	0.2066	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3746-2.4262	0.2316	139	0.1892	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4262-2.4827	0.2113	146	0.1816	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4827-2.5447	0.2107	142	0.1705	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5447-2.6135	0.2243	145	0.1777	3247	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6135-2.6904	0.2367	139	0.1773	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6904-2.7773	0.2711	139	0.1764	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7773-2.8765	0.2702	130	0.1772	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8765-2.9917	0.2729	140	0.1884	3151	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9917-3.1278	0.2767	140	0.1893	3206	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1278-3.2927	0.2552	145	0.1904	3154	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2927-3.4989	0.2144	134	0.1697	3191	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4989-3.769	0.232	142	0.162	3143	X-RAY DIFFRACTION	98
3.769-4.1481	0.2413	140	0.1565	3114	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1481-4.7479	0.1802	135	0.1369	3090	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7479-5.9801	0.1952	140	0.1751	3148	X-RAY DIFFRACTION	97
5.9801-48.2586	0.214	139	0.2007	3037	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0988	1.102	0.6394	4.5646	-0.3539	4.1516	0.1317	-0.2728	0.4405	0.1377	-0.0294	0.0297	-0.5899	-0.083	-0.0987	0.2275	0.0076	-0.0121	0.1817	-0.0674	0.2403	23.623	4.9821	43.6789
2	2.2565	1.2757	0.9642	4.7541	0.5612	4.8822	0.0964	-0.2164	0.2999	0.4151	-0.0571	0.5489	-0.3376	-0.4899	-0.0057	0.2324	0.0469	0.0823	0.2297	-0.0314	0.363	16.8086	-1.1567	47.807
3	4.4392	0.9257	1.844	4.3054	-0.0947	4.5929	-0.0252	-0.8301	-0.3306	2.4308	-0.1724	-0.5809	-0.896	0.4989	-0.0707	1.3968	-0.1233	-0.3963	0.5473	-0.0002	0.2862	33.5029	-3.9372	70.5804
4	3.3289	-0.1164	1.5113	3.0206	-0.4451	3.4053	0.0113	-0.1217	0.2024	0.6225	0.013	-0.7848	-0.6085	0.6525	0.0207	0.3469	-0.0701	-0.0372	0.354	-0.1291	0.3807	36.998	5.1623	47.8661
5	5.0673	-0.0342	0.1411	2.8997	1.1351	2.2589	0.0616	0.6969	0.2362	-0.7009	0.4263	-0.5887	-0.6328	0.8347	-0.4047	0.425	-0.1451	0.1358	0.523	-0.1196	0.3593	-12.6933	-2.4842	20.8569
6	3.6151	-0.5341	0.673	2.894	1.448	3.7301	0.0316	0.1866	0.1087	-0.395	0.5104	-0.6922	-0.0581	1.3677	-0.4445	0.3566	-0.022	0.0736	0.6616	-0.2184	0.5425	-7.2463	-10.7127	19.9022
7	2.8717	-1.6833	-0.9437	5.5125	0.7429	4.7727	0.0974	1.0254	-0.7282	-1.0637	-0.1596	0.4772	0.174	-0.5036	0.0167	0.7008	-0.0649	-0.1064	0.6582	-0.2482	0.4982	-24.6642	-22.9345	1.0573
8	4.6755	0.0652	-0.287	4.7523	1.1288	4.838	0.0525	0.7097	0.2833	-1.1229	0.0528	0.4496	-0.7123	-0.3374	-0.0887	0.4844	0.0175	-0.0438	0.3929	0.0028	0.2713	-26.6441	-3.5696	16.412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:55)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 56:162)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 732:815)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 816:882)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 1:55)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 56:162)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 730:815)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 816:882)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)