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- PDB-5swz: Crystal Structure of NP1-B17 TCR-H2Db-NP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5swz
タイトルCrystal Structure of NP1-B17 TCR-H2Db-NP complex
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • NP1-B17 TCR alpha chain
  • NP1-B17 TCR beta chain
  • influenza NP366 epitope
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / H2Db / influenza (インフルエンザ) / NP366 / reversed docking / naive T cell / NP1-B17 TCR / TCR / T cell (T細胞)
機能・相同性
機能・相同性情報


TAP1 binding / TAP2 binding / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell tolerance induction ...TAP1 binding / TAP2 binding / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell tolerance induction / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / cis-Golgi network membrane / positive regulation of natural killer cell activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of interleukin-13 production / helical viral capsid / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of membrane depolarization / positive regulation of natural killer cell proliferation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / positive regulation of immunoglobulin production / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / MHC class I protein binding / cellular defense response / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / Neutrophil degranulation / T cell receptor binding / 14-3-3 protein binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / viral penetration into host nucleus / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of T cell activation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein-folding chaperone binding / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / viral nucleocapsid / cellular response to lipopolysaccharide / intracellular iron ion homeostasis
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like ...Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β2-ミクログロブリン / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / 核タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Gras, S. / Del Campo, C.M. / Farenc, C. / Josephs, T.M. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Reversed T Cell Receptor Docking on a Major Histocompatibility Class I Complex Limits Involvement in the Immune Response.
著者: Gras, S. / Chadderton, J. / Del Campo, C.M. / Farenc, C. / Wiede, F. / Josephs, T.M. / Sng, X.Y. / Mirams, M. / Watson, K.A. / Tiganis, T. / Quinn, K.M. / Rossjohn, J. / La Gruta, N.L.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: influenza NP366 epitope
D: NP1-B17 TCR alpha chain
E: NP1-B17 TCR beta chain
F: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: influenza NP366 epitope
I: NP1-B17 TCR alpha chain
J: NP1-B17 TCR beta chain
K: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: influenza NP366 epitope
N: NP1-B17 TCR alpha chain
O: NP1-B17 TCR beta chain
P: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
R: influenza NP366 epitope
S: NP1-B17 TCR alpha chain
T: NP1-B17 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,18731
ポリマ－384,56820
非ポリマー61811
水9,584532
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: influenza NP366 epitope
D: NP1-B17 TCR alpha chain
E: NP1-B17 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3578
ポリマ－96,1425
非ポリマー2153
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: influenza NP366 epitope
I: NP1-B17 TCR alpha chain
J: NP1-B17 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1887
ポリマ－96,1425
非ポリマー462
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
L: Beta-2-microglobulin
M: influenza NP366 epitope
N: NP1-B17 TCR alpha chain
O: NP1-B17 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3578
ポリマ－96,1425
非ポリマー2153
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
Q: Beta-2-microglobulin
R: influenza NP366 epitope
S: NP1-B17 TCR alpha chain
T: NP1-B17 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2848
ポリマ－96,1425
非ポリマー1423
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.231, 100.185, 469.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 16分子 AFKPBGLQDINSEJOT

#1: タンパク質
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32470.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887
#4: タンパク質
NP1-B17 TCR alpha chain


分子量: 23117.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#5: タンパク質
NP1-B17 TCR beta chain


分子量: 27868.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 CHMR

#3: タンパク質・ペプチド
influenza NP366 epitope


分子量: 1026.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized
由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q9Q0U8*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 543分子

#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 % / Mosaicity: 0.15 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 17% 3350, 0.2 KNaTartrate, 0.1 BTP 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→38.8 Å / Biso Wilson estimate: 66.83 Å2
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 2.208 / Num. measured all: 272722 / Num. unique all: 18435 / CC1/2: 0.613 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.048 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I) obs: 2 / Rejects: 0 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HUU, 1KGC

4huu

1kgc


解像度: 2.65→38.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9015 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8738 / SU R Cruickshank DPI: 0.711 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.701 / SU Rfree Blow DPI: 0.298 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.303
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 6523 5.12 %RANDOM
Rwork0.2257 ---
obs0.2269 127456 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 72.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.0916 Å20 Å20 Å2
2---5.9491 Å20 Å2
3---12.0408 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.482 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→38.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26494 0 31 575 27100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00727272HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9537068HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9316SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes749HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3917HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it27272HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3410SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact27932SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3181 472 5.07 %
Rwork0.2952 8846 -
all0.2964 9318 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87340.0392-1.51340.3840.09452.57640.0188-0.01640.14750.05130.013-0.13540.04860.2911-0.0317-0.07920.03960.00810.00320.12-0.082763.8336-3.3582-26.5018
22.64990.11720.00070.3632-0.30873.11860.01550.1476-0.0533-0.10590.01450.0579-0.0001-0.0111-0.030.00780.13720.01060.09940.1273-0.13952.392-3.5179-42.5299
31.4198-0.2268-1.14720.47720.05953.2299-0.0343-0.0630.2571-0.02110.07770.0597-0.0851-0.0773-0.0433-0.06620.002-0.0026-0.0370.12620.06117.3678-6.594917.6841
41.0713-0.3324-1.00120.8671-1.31594.1351-0.0155-0.14390.09850.04670.06830.0067-0.14230.1259-0.0528-0.0778-0.0404-0.0347-0.0210.0366-0.12436.6774-8.708624.3642
50.0162-0.91060.72032.4644-2.29472.0406-0.05920.0361-0.08660.0297-0.10820.02430.26360.28130.1674-0.06650.14920.14940.21650.1447-0.19124.3263-47.7013-92.0446
60.9751-1.1724-0.93560.91840.33442.70670.0197-0.13770.09380.1707-0.0235-0.1022-0.00680.10760.0039-0.01240.14790.15190.24220.1516-0.164923.795-36.2468-75.9837
70.17570.02560.7811.3625-1.31122.76580.0314-0.09610.129-0.2062-0.04-0.0362-0.08170.0170.0086-0.04770.06410.1520.10490.0741-0.005126.5408-1.5613-135.191
82.01050.1901-2.42750.91920.55255.7657-0.0108-0.1518-0.1768-0.42250.159-0.082-0.2728-0.0271-0.1481-0.01760.10480.1275-0.03640.0181-0.232930.5188-19.6554-142.44
90.18390.21870.71260.8388-0.66372.9013-0.0455-0.1157-0.1291-0.25110.070.2420.1224-0.236-0.0245-0.02930.0352-0.03560.0122-0.0619-0.0539-13.0611-25.7993-118.511
101.44421.7329-0.92581.753-0.03872.8385-0.0140.07780.1116-0.1466-0.05610.1131-0.08230.00250.0701-0.01850.1071-0.07730.0352-0.0646-0.0834-2.3513-13.3744-129.717
110.5286-0.71650.65850.0356-0.62873.99520.0127-0.2478-0.0579-0.1540.0534-0.0631-0.04820.1428-0.066-0.0674-0.14730.03940.1945-0.0069-0.110511.8993-12.9284-60.826
120.1897-0.287-0.3340.26710.16655.18130.0162-0.1328-0.0268-0.05060.0348-0.06410.13420.0729-0.051-0.1693-0.00870.02670.15510.0274-0.0946-4.4496-24.7064-60.7412
130.7278-0.22320.12151.30660.75312.5656-0.0173-0.13920.2490.1209-0.02580.0358-0.11360.17470.0431-0.1005-0.07250.099-0.04380.0140.124439.827734.8247-5.2079
141.09410.2374-1.34110.0008-0.21321.8381-0.001-0.16130.05390.12290.01910.058-0.0246-0.117-0.0181-0.0549-0.09240.13110.16770.0145-0.042728.272523.172510.7948
150.5325-0.1149-1.15430.62460.63724.24510.02850.1283-0.1186-0.1351-0.0340.10430.0707-0.08520.0055-0.12250.0658-0.03310.07320.1090.075130.080110.2606-59.5446
160.3928-0.0081-1.32940.19290.42566.35710.11210.08930.0276-0.0771-0.1350.0534-0.22080.05460.0229-0.00370.14740.0191-0.05420.145-0.062442.545926.2469-57.4554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|277 }A1 - 277
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|1 - B|99 }B1 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|1 - D|216 }D1 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4{ E|3 - E|255 }E3 - 255
5X-RAY DIFFRACTION5{ F|1 - F|277 }F1 - 277
6X-RAY DIFFRACTION6{ G|1 - G|99 }G1 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7{ I|1 - I|205 }I1 - 205
8X-RAY DIFFRACTION8{ J|3 - J|255 }J3 - 255
9X-RAY DIFFRACTION9{ K|1 - K|277 }K1 - 277
10X-RAY DIFFRACTION10{ L|1 - L|99 }L1 - 99
11X-RAY DIFFRACTION11{ N|1 - N|217 }N1 - 217
12X-RAY DIFFRACTION12{ O|3 - O|256 }O3 - 256
13X-RAY DIFFRACTION13{ P|1 - P|271 }P1 - 271
14X-RAY DIFFRACTION14{ Q|2 - Q|99 }Q2 - 99
15X-RAY DIFFRACTION15{ S|1 - S|217 }S1 - 217
16X-RAY DIFFRACTION16{ T|3 - T|254 }T3 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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