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- PDB-5oik: Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oik
タイトルStructure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex
要素
  • (DNA (43-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...ポリメラーゼ) x 5
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...RNAポリメラーゼ) x 4
  • (Transcription elongation factor ...) x 2
  • DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
  • Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D
  • RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3')
  • Uncharacterized protein
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / transcription elongation
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation ...Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA polymerase II, holoenzyme / : / mRNA Splicing - Major Pathway / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / : / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / tRNA transcription by RNA polymerase III / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / positive regulation of macroautophagy / organelle membrane / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / デオキシリボ核酸 / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / ユークロマチン / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / single-stranded DNA binding / chromatin organization / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / chromosome, telomeric region / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nuclear speck / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpes Virus-1 - #210 / : / Spt5, KOW domain repeat 6 / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger ...Herpes Virus-1 - #210 / : / Spt5, KOW domain repeat 6 / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / RNA-binding domain, S1 / N-terminal domain of TfIIb - #10 / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Herpes Virus-1 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Homeodomain-like / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / Transcription elongation factor SPT5 / Transcription elongation factor SPT4 ...デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / Transcription elongation factor SPT5 / Transcription elongation factor SPT4 / Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Bernecky, C. / Plitzko, J.M. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB860, SPP1935 ドイツ
European Research CouncilTRANSREGULON ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structure of a transcribing RNA polymerase II-DSIF complex reveals a multidentate DNA-RNA clamp.
著者: Carrie Bernecky / Jürgen M Plitzko / Patrick Cramer /
要旨: During transcription, RNA polymerase II (Pol II) associates with the conserved elongation factor DSIF. DSIF renders the elongation complex stable and functions during Pol II pausing and RNA ...During transcription, RNA polymerase II (Pol II) associates with the conserved elongation factor DSIF. DSIF renders the elongation complex stable and functions during Pol II pausing and RNA processing. We combined cryo-EM and X-ray crystallography to determine the structure of the mammalian Pol II-DSIF elongation complex at a nominal resolution of 3.4 Å. Human DSIF has a modular structure with two domains forming a DNA clamp, two domains forming an RNA clamp, and one domain buttressing the RNA clamp. The clamps maintain the transcription bubble, position upstream DNA, and retain the RNA transcript in the exit tunnel. The mobile C-terminal region of DSIF is located near exiting RNA, where it can recruit factors for RNA processing. The structure provides insight into the roles of DSIF during mRNA synthesis.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3817
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: Uncharacterized protein
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
N: DNA (43-MER)
P: RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3')
T: DNA (43-MER)
Y: Transcription elongation factor SPT4
Z: Transcription elongation factor SPT5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)694,73026
ポリマ－694,18317
非ポリマー5489
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis, microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 ACGIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / ポリメラーゼ


分子量: 217436.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: G3MZY8*PLUS, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit B3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit C


分子量: 31466.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3T0Q3
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit B7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit G


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q5E9B8
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I


分子量: 14507.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q32P73
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit B11 / DNA-directed RNA polymerase II subunit J


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q32P79

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タンパク質 , 3種, 3分子 BDH

#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: A5PJW8, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 Polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide D


分子量: 16347.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q1JQ91
#8: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F2Z4H3

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 4種, 4分子 EFJL

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24514.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q2T9T3
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNAポリメラーゼ


分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F2Z4C9, UniProt: Q32PE0*PLUS
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / DNA-directed RNA polymerase III subunit L


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q32P78
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNAポリメラーゼ / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q3ZBC0

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#13: DNA鎖 DNA (43-MER)


分子量: 13303.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 DNA (43-MER)


分子量: 13178.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#14: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3')


分子量: 16081.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 YZ

#16: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4 / hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor ...hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor small subunit / DSIF small subunit


分子量: 13210.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: P63272
#17: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: O00267

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非ポリマー , 2種, 9分子

#18: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#19: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

構成要素の詳細In order to illustrate the path of the nontemplate DNA, phosphate atoms (chain N residues 15-23) ...In order to illustrate the path of the nontemplate DNA, phosphate atoms (chain N residues 15-23) were placed in the center of the observed DNA density.
配列の詳細Chain A , corresponds to NCBI entry NP_001193242.1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA polymerase II-DSIF elongation complexCOMPLEX#1-#170MULTIPLE SOURCES
2RNA polymerase IIRNAポリメラーゼIICOMPLEX#1-#121NATURAL
3DSIFCOMPLEX#16-#171RECOMBINANT
4DNA-RNA synthetic constructCOMPLEX#13-#151RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
120.52 MDaNO
230.13 MDaNO
340.04 MDaNO
410.69 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Bos taurus (ウシ)9913
33Homo sapiens (ヒト)9606
44synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
23Escherichia coli (大腸菌)469008BL21(DE3)
34synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.25 / 詳細: pH was adjusted at 25 degrees Celsius
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
15 mMHEPES1
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
30.01 mMzinc chlorideZnCl21
41 mMdithiothreitolジチオトレイトール1
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Sample (four microliters) was applied to glow-discharged Quantifoil R 2/1 holey carbon grids, which were then blotted for 8.5s and plunge-frozen in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 37000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Calibrated defocus min: 600 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9.9 sec. / 電子線照射量: 33 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2549
詳細: Movies were aligned and binned to the physical pixel size of 1.35 angstroms.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 33 / 利用したフレーム数/画像: 1-33

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
2TOM Toolbox画像取得
4CTFFIND4.0.16CTF補正
7Rosetta3.6モデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4３次元再構成
13PHENIX1.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 687928
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101140 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01138891
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.05952944
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.91623475
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0615931
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0066516

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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