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- PDB-5xog: RNA Polymerase II elongation complex bound with Spt5 KOW5 and Elf1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xog
タイトルRNA Polymerase II elongation complex bound with Spt5 KOW5 and Elf1
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (RNA polymerase II ...) x 4
  • (RNA polymerase subunit ...) x 5
  • DNA (30-MER)
  • DNA (39-MER)
  • RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U)-3')
  • Spt4/5 complex component
  • Transcription elongation factor 1 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / DSIF complex / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription ...regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / DSIF complex / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / pericentric heterochromatin / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translation initiation factor binding / transcription-coupled nucleotide-excision repair / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / mRNA binding / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #190 / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 ...N-terminal domain of TfIIb - #190 / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Enzyme I; Chain A, domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / NusG, N-terminal domain superfamily / Rubrerythrin, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / Homeodomain-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit / Transcription elongation factor SPT5
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella pastoris (菌類)
Komagataella phaffii (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ehara, H. / Shirouzu, M. / Sekine, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structure of the complete elongation complex of RNA polymerase II with basal factors.
著者: Haruhiko Ehara / Takeshi Yokoyama / Hideki Shigematsu / Shigeyuki Yokoyama / Mikako Shirouzu / Shun-Ichi Sekine /
要旨: In the early stage of transcription, eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) exchanges initiation factors with elongation factors to form an elongation complex for processive transcription. Here we ...In the early stage of transcription, eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) exchanges initiation factors with elongation factors to form an elongation complex for processive transcription. Here we report the structure of the Pol II elongation complex bound with the basal elongation factors Spt4/5, Elf1, and TFIIS. Spt4/5 (the Spt4/Spt5 complex) and Elf1 modify a wide area of the Pol II surface. Elf1 bridges the Pol II central cleft, completing a "DNA entry tunnel" for downstream DNA. Spt4 and the Spt5 NGN and KOW1 domains encircle the upstream DNA, constituting a "DNA exit tunnel." The Spt5 KOW4 and KOW5 domains augment the "RNA exit tunnel," directing the exiting nascent RNA. Thus, the elongation complex establishes a completely different transcription and regulation platform from that of the initiation complexes.
履歴
登録2017年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, and III
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit ABC10-alpha
P: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U)-3')
T: DNA (39-MER)
N: DNA (30-MER)
M: Transcription elongation factor 1 homolog
W: Spt4/5 complex component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)556,71728
ポリマ－555,59817
非ポリマー1,11811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area78600 Å2
ΔGint-399 kcal/mol
Surface area168130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)155.250, 159.910, 268.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit Rpb1


分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit Rpb2


分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit Rpb9


分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1) (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
参照: UniProt: F2QPE6

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RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

#3: タンパク質 RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / RNA polymerase II subunit Rpb3


分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2
#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit B32 / RNA polymerase II subunit Rpb4


分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9
#7: タンパク質 RNA polymerase II subunit / RNA polymerase II subunit Rpb7


分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1
#11: タンパク質 RNA polymerase II subunit B12.5 / RNA polymerase II subunit Rpb11


分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5

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RNA polymerase subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC27, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase II subunit Rpb5


分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3P8
#6: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase II subunit Rpb6


分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1
#8: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC14.5, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase II subunit Rpb8


分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273
#10: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / RNA polymerase II subunit Rpb10


分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009
#12: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-alpha / RNA polymerase II subunit Rpb12


分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1) (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
参照: UniProt: F2QMI1

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RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#13: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*U)-3')


分子量: 5384.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 TN

#14: DNA鎖 DNA (39-MER)


分子量: 11909.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 DNA (30-MER)


分子量: 9315.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 2種, 2分子 MW

#16: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog / Transcription elongation factor Elf1


分子量: 9414.886 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-82 / Mutation: N53G, L54Q, S55R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / 遺伝子: ELF1, ATY40_BA7504229 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2JER8
#17: タンパク質 Spt4/5 complex component / Transcription elongation factor Spt5


分子量: 9201.514 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 736-815 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
遺伝子: SPT5, PP7435_Chr3-0027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QUC3

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非ポリマー , 3種, 11分子

#18: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#19: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#20: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.06 %
解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM potassium malonate (pH 6.0), 150 mM Tris malonate (malonic acid titrated with Tris(hydroxymethyl) aminomethane, pH 6.0), 6.67% (v/v) glycerol, 6.67% (w/v) trehalose dihydrate and 10% PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.552 Å / Num. obs: 134084 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.733 % / Biso Wilson estimate: 84.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 15.48
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.086.41.2891.5298410.5151.40599.9
3.08-3.166.7841.0142.0595620.6741.09999.9
3.16-3.257.120.7532.993100.810.812100
3.25-3.357.0860.5793.7890570.8790.625100
3.35-3.467.0010.4245.1487880.9290.458100
3.46-3.596.8680.3096.984970.9620.335100
3.59-3.726.6740.2418.6882380.9740.26199.9
3.72-3.876.2950.17610.9978760.9830.19299.9
3.87-4.057.0450.14114.5276110.9910.153100
4.05-4.246.9430.10618.6372700.9950.115100
4.24-4.476.8380.08222.6969340.9960.089100
4.47-4.746.6810.07125.4265660.9970.07799.9
4.74-5.076.0710.06425.7561750.9970.0799.9
5.07-5.486.9760.06627.2557610.9970.07199.9
5.48-66.9080.06427.7153200.9970.06999.9
6-6.716.7250.05929.1648450.9980.064100
6.71-7.756.020.04434.0442810.9980.04899.7
7.75-9.496.6340.03246.0536510.9990.03599.8
9.49-13.426.2420.02750.7628770.9990.0399.8
13.42-49.5525.9820.02650.8916240.9990.02897.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.552 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 21.98
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 2987 1.15 %
Rwork0.1953 --
obs0.1956 134077 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 348.62 Å2 / Biso mean: 92.111 Å2 / Biso min: 23.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.552 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32352 1319 41 0 33712
Biso mean--85.56 --
残基数----4131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00534460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88946814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0555229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6620878
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3-3.04910.36881250.33441221312338
3.0491-3.10170.33181460.32071212812274
3.1017-3.15810.31971470.29811222012367
3.1581-3.21880.28321350.27061210112236
3.2188-3.28450.27821410.26281222812369
3.2845-3.35590.29481410.26461218912330
3.3559-3.4340.29871450.26351213712282
3.434-3.51980.26811510.24461218212333
3.5198-3.6150.20491400.231220212342
3.615-3.72130.28821420.21771219512337
3.7213-3.84140.2581410.21131220912350
3.8414-3.97860.23881530.20191216712320
3.9786-4.13780.22391410.1841213612277
4.1378-4.3260.18041420.16391220112343
4.326-4.5540.22161440.15731215212296
4.554-4.83910.1531430.15341219712340
4.8391-5.21230.21561360.16651214012276
5.2123-5.73620.20011500.17831220912359
5.7362-6.56460.23371320.18871215912291
6.5646-8.26440.2151480.17131216212310
8.2644-49.55870.18361440.16671214612290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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