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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xog | ||||||
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タイトル | RNA Polymerase II elongation complex bound with Spt5 KOW5 and Elf1 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of septum digestion after cytokinesis / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / RPB4-RPB7 complex / RNA polymerase III activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / : / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA polymerase I activity ...regulation of septum digestion after cytokinesis / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / RPB4-RPB7 complex / RNA polymerase III activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / : / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / pericentric heterochromatin / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / protein dimerization activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Komagataella pastoris (菌類) Komagataella phaffii (菌類) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Ehara, H. / Shirouzu, M. / Sekine, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structure of the complete elongation complex of RNA polymerase II with basal factors. 著者: Haruhiko Ehara / Takeshi Yokoyama / Hideki Shigematsu / Shigeyuki Yokoyama / Mikako Shirouzu / Shun-Ichi Sekine / 要旨: In the early stage of transcription, eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) exchanges initiation factors with elongation factors to form an elongation complex for processive transcription. Here we ...In the early stage of transcription, eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) exchanges initiation factors with elongation factors to form an elongation complex for processive transcription. Here we report the structure of the Pol II elongation complex bound with the basal elongation factors Spt4/5, Elf1, and TFIIS. Spt4/5 (the Spt4/Spt5 complex) and Elf1 modify a wide area of the Pol II surface. Elf1 bridges the Pol II central cleft, completing a "DNA entry tunnel" for downstream DNA. Spt4 and the Spt5 NGN and KOW1 domains encircle the upstream DNA, constituting a "DNA exit tunnel." The Spt5 KOW4 and KOW5 domains augment the "RNA exit tunnel," directing the exiting nascent RNA. Thus, the elongation complex establishes a completely different transcription and regulation platform from that of the initiation complexes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xog.cif.gz | 877.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xog.ent.gz | 688.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5xog.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/5xog | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI
#1: タンパク質 | 分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4Y0, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, ポリメラーゼ |
#9: タンパク質 | 分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1) (菌類) 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 参照: UniProt: F2QPE6 |
-RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK
#3: タンパク質 | 分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9 |
#7: タンパク質 | 分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5 |
-RNA polymerase subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3P8 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Komagataella phaffii (strain ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1) (菌類) 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 参照: UniProt: F2QMI1 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#13: RNA鎖 | 分子量: 5384.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 TN
#14: DNA鎖 | 分子量: 11909.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#15: DNA鎖 | 分子量: 9315.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 , 2種, 2分子 MW
#16: タンパク質 | 分子量: 9414.886 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-82 / Mutation: N53G, L54Q, S55R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella pastoris (菌類) / 遺伝子: ELF1, ATY40_BA7504229 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2JER8 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 9201.514 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 736-815 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 遺伝子: SPT5, PP7435_Chr3-0027 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QUC3 |
-非ポリマー , 3種, 11分子
#18: 化合物 | ChemComp-ZN / #19: 化合物 | ChemComp-MG / | #20: 化合物 | ChemComp-APC / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.06 % 解説: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM potassium malonate (pH 6.0), 150 mM Tris malonate (malonic acid titrated with Tris(hydroxymethyl) aminomethane, pH 6.0), 6.67% (v/v) glycerol, 6.67% (w/v) trehalose dihydrate and 10% PEG20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→49.552 Å / Num. obs: 134084 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.733 % / Biso Wilson estimate: 84.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 15.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.552 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.98 / 位相誤差: 21.98 詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 348.62 Å2 / Biso mean: 92.111 Å2 / Biso min: 23.73 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→49.552 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %
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