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万見
- PDB-5o5b: Poliovirus type 3 (strain Saukett) stabilized virus-like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o5b
タイトルPoliovirus type 3 (strain Saukett) stabilized virus-like particle
要素
  • Capsid proteins, VP1カプシド
  • Capsid proteins, VP2カプシド
  • Capsid proteins, VP3カプシド
  • Capsid proteins, VP4カプシド
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / Poliovirus (ポリオウイルス) / virus-like particle (ウイルス様粒子) / vaccine (ワクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / カプシド / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / DNA複製 / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Bahar, M.W. / Kotecha, A. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
WHO/Gates foundationRG.IMCB.I8-TSA-083 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Plant-made polio type 3 stabilized VLPs-a candidate synthetic polio vaccine.
著者: Johanna Marsian / Helen Fox / Mohammad W Bahar / Abhay Kotecha / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Andrew J Macadam / David J Rowlands / George P Lomonossoff /
要旨: Poliovirus (PV) is the causative agent of poliomyelitis, a crippling human disease known since antiquity. PV occurs in two distinct antigenic forms, D and C, of which only the D form elicits a robust ...Poliovirus (PV) is the causative agent of poliomyelitis, a crippling human disease known since antiquity. PV occurs in two distinct antigenic forms, D and C, of which only the D form elicits a robust neutralizing response. Developing a synthetically produced stabilized virus-like particle (sVLP)-based vaccine with D antigenicity, without the drawbacks of current vaccines, will be a major step towards the final eradication of poliovirus. Such a sVLP would retain the native antigenic conformation and the repetitive structure of the original virus particle, but lack infectious genomic material. In this study, we report the production of synthetically stabilized PV VLPs in plants. Mice carrying the gene for the human PV receptor are protected from wild-type PV when immunized with the plant-made PV sVLPs. Structural analysis of the stabilized mutant at 3.6 Å resolution by cryo-electron microscopy and single-particle reconstruction reveals a structure almost indistinguishable from wild-type PV3.Despite the success of current vaccination against poliomyelitis, safe, cheap and effective vaccines remain sought for continuing eradication effort. Here the authors use plants to express stabilized virus-like particles of type 3 poliovirus that can induce a protective immune response in mice transgenic for the human poliovirus receptor.
履歴
登録2017年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id
改定 1.22017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32017年8月30日Group: Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria
改定 1.42019年10月2日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 2.02022年9月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3747
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3747
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Capsid proteins, VP1
2: Capsid proteins, VP2
3: Capsid proteins, VP3
4: Capsid proteins, VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5194
ポリマ－97,5194
非ポリマー00
水0
1
1: Capsid proteins, VP1
2: Capsid proteins, VP2
3: Capsid proteins, VP3
4: Capsid proteins, VP4
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,851,139240
ポリマ－5,851,139240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: Capsid proteins, VP1
2: Capsid proteins, VP2
3: Capsid proteins, VP3
4: Capsid proteins, VP4
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 488 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)487,59520
ポリマ－487,59520
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: Capsid proteins, VP1
2: Capsid proteins, VP2
3: Capsid proteins, VP3
4: Capsid proteins, VP4
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 585 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)585,11424
ポリマ－585,11424
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1

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要素

#1: タンパク質 Capsid proteins, VP1 / カプシド


分子量: 33562.785 Da / 分子数: 1 / 変異: T105M, F132L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
株: Saukett / プラスミド: pEAQ-HT
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: Q84895
#2: タンパク質 Capsid proteins, VP2 / カプシド


分子量: 30188.982 Da / 分子数: 1 / 変異: L18I, L215M, D241E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
株: Saukett / プラスミド: pEAQ-HT
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: Q84895
#3: タンパク質 Capsid proteins, VP3 / カプシド


分子量: 26315.100 Da / 分子数: 1 / 変異: H19Y, L85F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
株: Saukett / プラスミド: pEAQ-HT
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: Q84895
#4: タンパク質 Capsid proteins, VP4 / カプシド


分子量: 7452.113 Da / 分子数: 1 / 変異: T67A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
株: Saukett / プラスミド: pEAQ-HT
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: Q84895, UniProt: P03302*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human poliovirus 3ポリオウイルス / タイプ: VIRUS
詳細: Poliovirus type 3 (Saukett strain) virus-like particle produced in plant expression system.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 5.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 3 (ポリオウイルス)
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
プラスミド: pEAQ-HT
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Human poliovirus 3 / 株: Saukett
ウイルス殻名称: Capsidカプシド / 直径: 327 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7 / 詳細: PBS pH 7.0
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Virus-like particles for polio type 3 (strain Saukett) were purified by Nycodenz gradients and assessed for monodispersity by negative stain EM analysis.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat CF-2/1-2C
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 133333 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2768
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4086 / 縦: 4086 / 動画フレーム数/画像: 33 / 利用したフレーム数/画像: 2-33

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12rc0_2787: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1ETHAN粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION1.3CTF補正CTFFIND3 module within RELION
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9PHENIX1.12rc0モデル精密化
10RELION1.3初期オイラー角割当
11RELION1.3最終オイラー角割当
12RELION1.3分類
13RELION1.3３次元再構成
画像処理詳細: The selected images were drift corrected using MotionCorr.
CTF補正詳細: CTF parameters were estimated using CTFFIND3 as part of RELION 1.3.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 37378
詳細: Automated particle picking (ETHAN) was followed by manual cleaning (EMAN2).
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4046 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: phenix.real_space_refine was used to refine the atomic model in the cryo-em map.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0096052
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8698255
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.5413600
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.056909
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071067

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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