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- PDB-5mp7: Crystal structure of phosphoribosylpyrophosphate synthetase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mp7
タイトルCrystal structure of phosphoribosylpyrophosphate synthetase from Mycobacterium smegmatis
要素Ribose-phosphate pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / phosphoribosylpyrophosphate synthetase / PRPP synthetase (リボースリン酸ジホスホキナーゼ) / Mycobacterium smegmatis
機能・相同性
機能・相同性情報


リボースリン酸ジホスホキナーゼ / ribose phosphate diphosphokinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / nucleotide biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleoside metabolic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain ...Phosphoribosyl pyrophosphate synthetase, conserved site / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase signature. / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Ribose-phosphate pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Donini, S. / Garavaglia, S. / Ferraris, D.M. / Miggiano, R. / Mori, S. / Shibayama, K. / Rizzi, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
EU 7th Framework Program260872 イタリア
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Biochemical and structural investigations on phosphoribosylpyrophosphate synthetase from Mycobacterium smegmatis.
著者: Donini, S. / Garavaglia, S. / Ferraris, D.M. / Miggiano, R. / Mori, S. / Shibayama, K. / Rizzi, M.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.22022年7月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,9886
ポリマ－106,8113
非ポリマー1773
水1,22568
1
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子

A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
C: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,97612
ポリマ－213,6216
非ポリマー3546
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area16240 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area69840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.292, 85.292, 249.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22B
13C
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 10 - 316 / Label seq-ID: 10 - 316

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21CB
12AA
22BC
13CB
23BC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Ribose-phosphate pyrophosphokinase / RPPK / 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate / Phosphoribosyl diphosphate synthase / ...RPPK / 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate / Phosphoribosyl diphosphate synthase / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase


分子量: 35603.562 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
遺伝子: prs, MSMEG_5427, MSMEI_5278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0R3C8, リボースリン酸ジホスホキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Sodium acetate, 30% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→43.38 Å / Num. obs: 35723 / % possible obs: 96.18 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 38.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 6.24
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 97.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DKR

1dkr


解像度: 2.4→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 9.942 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 1820 5.1 %RANDOM
Rwork0.19817 ---
obs0.1996 33860 96.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.983 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å20 Å20 Å2
2---2.53 Å2-0 Å2
3---5.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6864 0 12 68 6944
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.026876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.651.9649468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.549315756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1865888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.10723.558312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.216151188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2781563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1333.8793573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1193.8773569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8315.8124452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.835.8124453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0474.6543417
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0474.6543418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.1466.6715017
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.15937.79327958
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.15937.79427955
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A355360.1
12C355360.1
21A353860.11
22B353860.11
31C352340.11
32B352340.11
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 117 -
Rwork0.298 2484 -
obs--97.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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