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- PDB-3tad: Crystal Structure of the Liprin-alpha/Liprin-beta complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tad
タイトルCrystal Structure of the Liprin-alpha/Liprin-beta complex
要素
  • Liprin-alpha-2
  • Liprin-beta-1
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of presynapse / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / dense core granule cytoskeletal transport / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / structural constituent of postsynaptic density / regulation of dendritic spine development / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle ...structural constituent of presynapse / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / dense core granule cytoskeletal transport / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / structural constituent of postsynaptic density / regulation of dendritic spine development / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / cortical microtubule organization / regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone / cell-matrix adhesion / synapse organization / synaptic vesicle / presynaptic membrane / cell cortex / dendritic spine / postsynaptic density / axon / glutamatergic synapse / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Liprin-beta, SAM domain repeat 1 / Liprin-beta, SAM domain repeat 2 / Liprin-beta, SAM domain repeat 3 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 1 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 2 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 3 / LAR-interacting protein, Liprin / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain (Sterile alpha motif) ...Liprin-beta, SAM domain repeat 1 / Liprin-beta, SAM domain repeat 2 / Liprin-beta, SAM domain repeat 3 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 1 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 2 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 3 / LAR-interacting protein, Liprin / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Liprin-alpha-2 / Liprin-beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wei, Z. / Zheng, S. / Yu, C. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Liprin-mediated large signaling complex organization revealed by the liprin-alpha/CASK and liprin-alpha/liprin-beta complex structures
著者: Wei, Z. / Zheng, S. / Spangler, S.A. / Yu, C. / Hoogenraad, C.C. / Zhang, M.
履歴
登録2011年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Liprin-alpha-2
B: Liprin-alpha-2
C: Liprin-beta-1
D: Liprin-beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,7749
ポリマ－129,3144
非ポリマー4605
水23413
1
A: Liprin-alpha-2
C: Liprin-beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8414
ポリマ－64,6572
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Liprin-alpha-2
D: Liprin-beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9335
ポリマ－64,6572
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.880, 141.880, 181.059
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12D
22C

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNSERSERBB871 - 96612 - 107
211GLNGLNSERSERAA871 - 96612 - 107
121TYRTYRLEULEUBB1016 - 1177120 - 281
221TYRTYRLEULEUAA1016 - 1177120 - 281
112LYSLYSGLYGLYDD608 - 62120 - 33
212LYSLYSGLYGLYCC608 - 62120 - 33
122SERSERSERSERDD633 - 66945 - 81
222SERSERSERSERCC633 - 66945 - 81
132THRTHRLEULEUDD759 - 853171 - 265
232THRTHRLEULEUCC759 - 853171 - 265
142THRTHRARGARGDD673 - 75085 - 162
242THRTHRARGARGCC673 - 75085 - 162

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Liprin-alpha-2 / Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-2 / PTPRF- ...Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-2 / PTPRF-interacting protein alpha-2


分子量: 34349.305 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 866-975, 1113-1193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPFIA2 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75334
#2: タンパク質 Liprin-beta-1 / Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein-binding protein 1 / ...Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein-binding protein 1 / PTPRF-interacting protein-binding protein 1


分子量: 30307.514 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 593-853 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ppfibp1 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8C8U0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 3-5% PEG8000, 0.15M NaCl, 0.1M Bis-Tris buffer, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 45715 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→44.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 29.671 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 2263 5 %RANDOM
Rwork0.2136 ---
obs0.2159 45029 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 229.82 Å2 / Biso mean: 102.4018 Å2 / Biso min: 16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20.54 Å2-0 Å2
2--1.09 Å2-0 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8113 0 30 13 8156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0218318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2641.95511291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.14351027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.71223.958384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.493151409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3171559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.59925136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.97738196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.67143182
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.35863094
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B1032medium positional0.210.5
2D895medium positional0.30.5
1B982loose positional0.455
2D866loose positional0.475
1B1032medium thermal0.462
2D895medium thermal3.262
1B982loose thermal0.7410
2D866loose thermal4.110
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 148 -
Rwork0.271 3093 -
all-3241 -
obs--96.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30962.9817-1.33688.0342-3.17241.9968-0.04640.1535-0.31570.64280.13580.97420.1238-0.4381-0.08940.7257-0.31420.24880.4779-0.11040.7872-29.8165-41.847768.9404
22.2252.03531.25857.29722.54612.67740.01170.14330.3540.56710.2794-1.5315-0.2910.6684-0.29110.5797-0.31330.05480.5231-0.11890.923949.78737.058366.0934
32.98080.04220.00493.61920.53553.93110.1910.32650.5106-0.3986-0.1421-0.1671-0.8392-0.2096-0.04880.30830.09650.06350.25770.03350.1016-2.70728.878442.7732
42.0570.81690.33023.65181.26373.49060.12240.0902-0.24640.01870.05-0.08470.29910.0951-0.17240.08230.0724-0.0220.2052-0.02830.040218.6047-12.409842.3751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A870 - 1177
2X-RAY DIFFRACTION2B871 - 1177
3X-RAY DIFFRACTION3C602 - 853
4X-RAY DIFFRACTION4D601 - 853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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