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万見
- PDB-3gq7: Crystal Structure of the Bacteriophage Phi29 Gene Product 12 N-te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gq7
タイトルCrystal Structure of the Bacteriophage Phi29 Gene Product 12 N-terminal Fragment
要素Preneck appendage protein
キーワードVIRAL PROTEIN / beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Insect antifreeze protein / Peptidase G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Peptidase_G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 ...Insect antifreeze protein / Peptidase G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Peptidase_G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / PHOSPHATE ION / Pre-neck appendage protein / Pre-neck appendage protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Xiang, Y. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Crystallographic insights into the autocatalytic assembly mechanism of a bacteriophage tail spike.
著者: Xiang, Y. / Leiman, P.G. / Li, L. / Grimes, S. / Anderson, D.L. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6305
ポリマ－64,4111
非ポリマー2194
水7,909439
1
A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子

A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子

A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,89115
ポリマ－193,2333
非ポリマー65812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area28040 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area47110 Å2
手法PISA
2
A: Preneck appendage protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,78230
ポリマ－386,4656
非ポリマー1,31624
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
Buried area57290 Å2
ΔGint-447 kcal/mol
Surface area93030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.879, 89.879, 585.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1002-

HOH

21A-1029-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Preneck appendage protein


分子量: 64410.914 Da / 分子数: 1 / 断片: D1*D2D3, residues 89-691 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 89-854 EXPRESSED WITH A N-TERMIINAL HIS6 TAG
由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 遺伝子: 12, gene product 12 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: B3VMP8, UniProt: P20345*PLUS

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非ポリマー , 5種, 443分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THESE MUTATIONS MIGHT BE AN ACCUMULATED RESULT OF THE PHAGE PASSAGING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 100mM Tris-base at ~pH10.5 and 8% PEG3K, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月21日
放射モノクロメーター: SI(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 58072 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.977 / Net I/σ(I): 28.259
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.05-2.128.40.31556600.961199.6
2.12-2.218.40.22157320.706199.7
2.21-2.318.40.18457460.757199.8
2.31-2.438.40.14857680.704199.9
2.43-2.588.50.12157340.706199.9
2.58-2.788.40.09457800.7961100
2.78-3.068.40.07658030.9351100
3.06-3.518.30.06158331.1951100
3.51-4.428.20.0559001.509199.9
4.42-507.70.04661161.531199.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se20.6210.6610.3050.0030.472
2Se26.4540.1270.6260.110.456
3Se35.560.2340.4860.0750.482
4Se28.1820.5020.0140.1280.389
5Se33.1650.5310.5750.1240.416
Phasing dmFOM : 0.63 / FOM acentric: 0.63 / FOM centric: 0.63 / 反射: 67136 / Reflection acentric: 61577 / Reflection centric: 5559
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.5-46.6630.890.920.7630672418649
3.4-5.50.90.910.82912480491075
2.8-3.40.810.820.7111396103951001
2.4-2.80.670.670.581135310503850
2.1-2.40.520.520.5120065187771288
1.9-2.10.350.350.371213111435696

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE2.1位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→43.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 2.523 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 2940 5.1 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.159 58017 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.44 Å2 / Biso mean: 21.551 Å2 / Biso min: 10.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20.3 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4488 0 11 439 4938
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2271.9396318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5495630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78124.488205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.62915735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8121527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.190.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5961.53103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9624838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75731744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7464.51467
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 216 -
Rwork0.188 3969 -
all-4185 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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