+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6eu4 | ||||||
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Title | Structure of Acinetobacter phage vb_AbaP_AS12 gp42 tailspike | ||||||
Components | Tail spike protein | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / bacteriophage / tailspike / Acinetobacter baumannii / gp42 | ||||||
Function / homology | Intramolecular chaperone auto-processing domain / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile. / virus tail, fiber / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Tail spike protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Acinetobacter phage vB_AbaP_AS12 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.794 Å | ||||||
Authors | Taylor, N.M.I. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of Acinetobacter phage vb_AbaP_AS12 gp42 tailspike Authors: Taylor, N.M.I. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6eu4.cif.gz | 981 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6eu4.ent.gz | 859 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6eu4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6eu4_validation.pdf.gz | 446 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6eu4_full_validation.pdf.gz | 454 KB | Display | |
Data in XML | 6eu4_validation.xml.gz | 79.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6eu4_validation.cif.gz | 124.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eu4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 78440.273 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Tax ID 1932885 Source: (gene. exp.) Acinetobacter phage vB_AbaP_AS12 (virus) Gene: AS12_gp42 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A218KRF6 #2: Chemical | ChemComp-ZN / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: PEG 6,000, malic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.97882 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 21, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97882 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.79→50 Å / Num. obs: 425170 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 6.94 % / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16 |
Reflection shell | Resolution: 1.79→1.9 Å / Redundancy: 6.75 % / Mean I/σ(I) obs: 4.71 / Num. unique obs: 66612 / Rrim(I) all: 0.378 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.794→47.771 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.94 / Phase error: 11.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.794→47.771 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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