[日本語] English
万見
- PDB-5zl2: Crystal structure of Bourbon virus envelope glycoprotein at pH8.0 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zl2
タイトルCrystal structure of Bourbon virus envelope glycoprotein at pH8.0
要素Envelope glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / BOUV / glycoprotein
機能・相同性Baculovirus Gp64, envelope glycoprotein / Baculovirus gp64 envelope glycoprotein / symbiont-mediated perturbation of host process / viral envelope / virion membrane / membrane / Envelope glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Bourbon virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.703 Å
データ登録者Qi, J.X. / Peng, R.C. / Wu, Y. / Gao, F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31741041 中国
National Natural Science Foundation of China81301465 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The postfusion structure of human-infecting Bourbon virus envelope glycoprotein implicates the host adaptation properties of thogotoviruses
著者: Bai, C.Z. / Qi, J.X. / Wu, Y. / Wang, X.J. / Gao, G.F. / Peng, R.C. / Gao, F.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein
B: Envelope glycoprotein
C: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,7953
ポリマ－158,7953
非ポリマー00
水2,090116
1
A: Envelope glycoprotein

A: Envelope glycoprotein

A: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,7953
ポリマ－158,7953
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area28850 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area50480 Å2
手法PISA
2
B: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein

B: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,7953
ポリマ－158,7953
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area29010 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area50060 Å2
手法PISA
3
C: Envelope glycoprotein

C: Envelope glycoprotein

C: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,7953
ポリマ－158,7953
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area28930 Å2
ΔGint-239 kcal/mol
Surface area50870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.255, 102.255, 134.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein


分子量: 52931.625 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 19-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bourbon virus (ウイルス)
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0A140H4W8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris, pH 8.0 and 30%(v/v) polyethylene glycol 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.48
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 42840 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.961 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 8.579
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / CC1/2: 0.662 / Rpim(I) all: 0.483

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.703→47.79 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 1736 4.99 %
Rwork0.2014 --
obs0.304332 34756 80.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.703→47.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9267 0 0 116 9383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62112882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3033504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041650
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7044-2.7840.3053360.2962903X-RAY DIFFRACTION25
2.784-2.87380.3104690.29441202X-RAY DIFFRACTION34
2.8738-2.97640.2552860.27931688X-RAY DIFFRACTION47
2.9764-3.09550.27681090.27212453X-RAY DIFFRACTION68
3.0955-3.23620.27061120.2643100X-RAY DIFFRACTION87
3.2362-3.40670.24751590.25513343X-RAY DIFFRACTION93
3.4067-3.61980.25181940.2563353X-RAY DIFFRACTION94
3.6198-3.89880.24251860.26133400X-RAY DIFFRACTION95
3.8988-4.29030.26412110.26993384X-RAY DIFFRACTION94
4.2903-4.90910.27491440.28853426X-RAY DIFFRACTION96
4.9091-6.17720.32982120.34493362X-RAY DIFFRACTION94
6.1772-31.43160.43111580.41463425X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.6296 Å / Origin y: 26.1858 Å / Origin z: -23.1632 Å
111213212223313233
T0.0643 Å2-0.0077 Å2-0.0063 Å2-0.0573 Å20.0094 Å2--0.0007 Å2
L0.0161 °2-0.0083 °2-0.0062 °2-0.0036 °20.0109 °2--0.0036 °2
S-0.0071 Å °-0.0028 Å °-0.0133 Å °-0.0054 Å °-0.0043 Å °0.0045 Å °-0.0247 Å °0.0082 Å °-0.0008 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る