[日本語] English
万見
- PDB-2wmz: Structure of a mutated TolC -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wmz
タイトルStructure of a mutated TolC
要素OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TYPE-I SECRETION / CELL OUTER MEMBRANE / TRANSPORT / DRUG-EFFLUX
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / porin activity / bile acid and bile salt transport ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / porin activity / bile acid and bile salt transport / monoatomic ion channel activity / efflux transmembrane transporter activity / cell outer membrane / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion transmembrane transport / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Outer membrane protein TolC
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hinchliffe, P. / Pei, X.Y. / Symmons, M.F. / Koronakis, E. / Hughes, C. / Koronakis, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structures of Sequential Open States in a Symmetrical Opening Transition of the Tolc Exit Duct.
著者: Pei, X.Y. / Hinchliffe, P. / Symmons, M.F. / Koronakis, E. / Benz, R. / Hughes, C. / Koronakis, V.
履歴
登録2009年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 13-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 14-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
B: OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
C: OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,68112
ポリマ－140,8013
非ポリマー8809
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16370 Å2
ΔGint-66.6 kcal/mol
Surface area56520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.690, 135.220, 136.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.50531, -0.72483, -0.46828), (0.70181, -0.02944, -0.71175), (0.50212, -0.6883, 0.52357)-82.09022, -0.20813, 1.29388
2given(-0.49161, 0.71149, 0.5021), (-0.73022, -0.02268, -0.68283), (-0.47444, -0.70233, 0.53069)-40.76891, -58.58141, -39.16811

-
要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC / TOLC OUTER MEMBRANE PROTEIN


分子量: 46933.723 Da / 分子数: 3
断片: MATURE PROTEIN WITH 43 C-TERMINAL RESIDUES REMOVED, RESIDUES 23-450
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PT7TOLC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL923(DE3) / Variant (発現宿主): TOLC- / 参照: UniProt: P02930
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 389 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 389 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 389 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 389 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 389 TO SER
非ポリマーの詳細TRIETHYLENE GLYCOL (PGE): FRAGMENT OF PRECIPITANT
配列の詳細V TO L AT GENE POSITION 191 IN ISOLATE USED FOR STRUCTURE DETERMINATION - CORRESPONDS TO L169 IN ...V TO L AT GENE POSITION 191 IN ISOLATE USED FOR STRUCTURE DETERMINATION - CORRESPONDS TO L169 IN THE MATURE FORM OF PROTEIN CRYSTALLIZED

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.059 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 50 MM TRIS PH 8.2, 50 MM NACL, 14% PEG2000, 0.075% N-DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE, 0.3% N-OCTYL BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月3日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.93 Å / Num. obs: 51195 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 61.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EK9 CHAIN A

1ek9


解像度: 2.9→29.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2898038.02 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: GEOMETRIC REFINEMENT WAS CARRIED OUT USING CNS VERSION 1.1. B-FACTOR REFINEMENT, BULK SOLVENT MODELLING, AND FINAL R-FACTORS ARE FROM PHENIX. TRIETHYLENE GLYCOL PARAMETER FILE AND TOPOLOGY ...詳細: GEOMETRIC REFINEMENT WAS CARRIED OUT USING CNS VERSION 1.1. B-FACTOR REFINEMENT, BULK SOLVENT MODELLING, AND FINAL R-FACTORS ARE FROM PHENIX. TRIETHYLENE GLYCOL PARAMETER FILE AND TOPOLOGY FILE WERE FROM HIC-UP DATABASE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 2611 5.1 %RANDOM
Rwork0.258 ---
obs0.258 51195 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: PHENIX FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.73 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-51.0078 Å20 Å20 Å2
2---22.77 Å20 Å2
3----28.2361 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.58 Å0.49 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.18 Å1.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9903 0 54 24 9981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINEDX-RAY DIFFRACTION0.04200
22X-RAY DIFFRACTION0.04200
33X-RAY DIFFRACTION0.07300
44X-RAY DIFFRACTION0.06100
55X-RAY DIFFRACTION0.06100
66X-RAY DIFFRACTION0.04200
77X-RAY DIFFRACTION0.06100
88X-RAY DIFFRACTION0.06100
99X-RAY DIFFRACTION0.06100
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5 425 5.1 %
Rwork0.446 7909 -
obs--98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る