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- PDB-2xmn: High resolution snapshots of defined TolC open states present an ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xmn | ||||||
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Title | High resolution snapshots of defined TolC open states present an iris- like movement of periplasmic entrance helices | ||||||
![]() | Outer membrane protein TolC | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / OUTER-MEMBRANE / DRUG-EFFLUX / TYPE-I SECRETION | ||||||
Function / homology | ![]() MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pei, X.Y. / Koronakis, E. / Hughes, C. / Koronakis, V. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of sequential open states in a symmetrical opening transition of the TolC exit duct. Authors: Pei, X.Y. / Hinchliffe, P. / Symmons, M.F. / Koronakis, E. / Benz, R. / Hughes, C. / Koronakis, V. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 510.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 423.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 710.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 758.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 65.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2wmzC ![]() 1ek9S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 46917.723 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: RESIDUES 23-450 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: K12 Gene: tolC, colE1-i, mtcB, mukA, refI, toc, weeA, b3035, JW5503 Variant: C41 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Sugar | ChemComp-LMT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 384 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 389 TO SER ...ENGINEERED | Sequence details | V169L IS A KNOWN SEQUENCE (UNIPROT) DISCREPANC | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.4 Å3/Da / Density % sol: 72.06 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.4 / Details: PH 7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 12, 2005 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: NI FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→48 Å / Num. obs: 56719 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 51.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.9 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 87.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1EK9 Resolution: 2.85→16.941 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.22 / Phase error: 39.33 / Stereochemistry target values: ML Details: STATISTICAL DATA IN TABLE HEADED FIT TO DATA USED IN REFINEMENT (IN BINS), ARE PRESENTED FOR FULL ANOMALOUS DATA (BEFORE MERGING).
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.429 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→16.941 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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