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Yorodumi- PDB-4bss: Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bss | |||||||||
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Title | Structure of the ectodomain of LGR5 in complex with R-spondin-1 (Fu1Fu2) in P21 crystal form | |||||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / ADULT STEM CELL / LEUCINE-RICH REPEAT G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR / LEUCINE-RICH REPEAT / FURIN DOMAIN / WNT SIGNALING / CONGENITAL ANONYCHIA | |||||||||
Function / homology | Function and homology information oocyte differentiation / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / regulation of receptor internalization / G protein-coupled peptide receptor activity / inner ear development / positive regulation of Wnt signaling pathway / hair follicle development / Regulation of FZD by ubiquitination / trans-Golgi network membrane ...oocyte differentiation / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / protein-hormone receptor activity / regulation of receptor internalization / G protein-coupled peptide receptor activity / inner ear development / positive regulation of Wnt signaling pathway / hair follicle development / Regulation of FZD by ubiquitination / trans-Golgi network membrane / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / heparin binding / regulation of cell population proliferation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / Golgi apparatus / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / OTHER / Resolution: 3.2 Å | |||||||||
Authors | Peng, W.C. / de Lau, W. / Forneris, F. / Granneman, J.C.M. / Huch, M. / Clevers, H. / Gros, P. | |||||||||
Citation | Journal: Cell Rep. / Year: 2013 Title: Structure of Stem Cell Growth Factor R-Spondin 1 in Complex with the Ectodomain of its Receptor Lgr5. Authors: Peng, W.C. / De Lau, W. / Forneris, F. / Granneman, J.C.M. / Huch, M. / Clevers, H. / Gros, P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bss.cif.gz | 902 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bss.ent.gz | 758.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bss.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/4bss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/4bss | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
#1: Protein | Mass: 60366.457 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: EXTRACELLULAR LRR DOMAIN, RESIDUES 22-543 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-LINKED GLYCOSYLATIONS AT ASN 63,77,208,500 / Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: HOMO SAPIENS (human) / References: UniProt: O75473 #2: Protein | Mass: 13706.780 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: FU1FU2, RESIDUES 31-146 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: HOMO SAPIENS (human) / References: UniProt: Q2MKA7 #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Sugar | ChemComp-NAG / Sequence details | N-TERMINAL 6XHISTAG, PLUS ENLYFQGS AND C-TERMINAL AAA INTRODUCED BY CLONING N-TERMINAL GS AND C- ...N-TERMINAL 6XHISTAG, PLUS ENLYFQGS AND C-TERMINAL AAA INTRODUCED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.89 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→28.9 Å / Num. obs: 52333 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1.21 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 96.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.39 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (PHENIX.REFINE) / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: OTHER Starting model: NONE Resolution: 3.2→28.902 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.34 / Phase error: 34.31 / Stereochemistry target values: ML Details: EXTENDED C-TERMINAL REGION MODELLED WITH ZERO OCCUPANCY
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 126.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→28.902 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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