PDB-5w5p: Crystal structure of Acinetobacter baumannii phage AM24 tailspike...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w5p

タイトル

Crystal structure of Acinetobacter baumannii phage AM24 tailspike protein

要素

Tail fiber protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / AM27 / Tailspike protein / Bacteriophage / capsular polysaccharide

機能・相同性

metal ion binding / Tail fiber protein

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter phage AM24 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.429 Å

データ登録者

Plattner, M. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Acinetobacter baumannii phage AM24 tailspike protein
著者: Plattner, M. / Shneider, M.M. / Leiman, P.G.

履歴

登録	2017年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5w5p.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5w5p.ent.gz	196.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5w5p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/5w5p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wp1-1 6e1r-2 3gq8-1 5xeb-1 5xeb-2 3gq7-1 5azo-1 2vde-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail fiber protein

ヘテロ分子

67.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tail fiber protein

ヘテロ分子

A: Tail fiber protein

ヘテロ分子

A: Tail fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
202 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.657, 100.657, 307.836
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-905- HOH
2	1	A-960- HOH
3	1	A-1013- HOH
4	1	A-1026- HOH

#1: タンパク質	Tail fiber protein 分子量: 67334.359 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 230-848 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter phage AM24 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): 834 / 参照: UniProt: A0A1J0MGR2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.21 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 38% PEG1000, 120 mM magnesium sulfate, 100 mM sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月18日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.429→50 Å / Num. obs: 64571 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 21.04
反射シェル	最高解像度: 2.429 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2666: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.429→47.836 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2171	3243	5.03 %
R_work	0.1802	-	-
obs	0.182	64470	97.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.429→47.836 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4606	0	2	251	4859

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4690
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.554	6366
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.545	2735
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	727
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	825

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4286-2.4649	0.3126	80	0.3133	1467	X-RAY DIFFRACTION	53
2.4649-2.5034	0.3169	141	0.2725	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5034-2.5444	0.2912	142	0.2621	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5444-2.5883	0.2751	147	0.256	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5883-2.6354	0.2966	143	0.2426	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6354-2.6861	0.2972	140	0.2355	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6861-2.7409	0.2173	145	0.2259	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7409-2.8005	0.2474	147	0.2186	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8005-2.8656	0.2445	147	0.2266	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8656-2.9373	0.2642	143	0.2258	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9373-3.0167	0.2951	150	0.2257	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0167-3.1054	0.2774	144	0.2217	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1054-3.2056	0.2545	142	0.2072	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2056-3.3202	0.2405	142	0.2037	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3202-3.4531	0.2258	149	0.1921	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4531-3.6102	0.2175	137	0.1688	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6102-3.8004	0.1763	144	0.1562	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8004-4.0384	0.1791	145	0.1464	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0384-4.3501	0.1688	143	0.1342	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3501-4.7875	0.182	144	0.1251	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7875-5.4793	0.1658	140	0.1421	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4793-6.9001	0.188	141	0.1651	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9001-47.8454	0.2196	147	0.1775	2738	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6603	0.2932	1.4023	1.5365	1.2949	2.8888	0.0143	-0.3055	-0.0504	0.1815	-0.0167	0.0505	0.1574	-0.3088	-0.0019	0.5525	-0.0223	0.056	0.5706	0.06	0.4369	38.1975	26.1915	47.4937
2	0.6444	-0.1592	-0.152	0.4125	0.2866	2.1387	0.0668	-0.0178	-0.0913	0.0928	0.0462	0.0447	0.1604	-0.2337	-0.1157	0.417	-0.0248	-0.0167	0.4091	0.0418	0.4287	36.6139	18.8791	5.8157
3	0.5638	-0.1193	-0.107	0.5417	-0.1276	1.2797	0.0596	0.2455	0.108	-0.1233	0.0275	-0.1298	-0.1632	0.1246	-0.0878	0.5059	-0.0113	0.0242	0.5241	0.0031	0.3972	56.4601	35.9113	-39.7236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 117 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 118 through 396 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 397 through 619 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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